经过马尼拉当地华人公正的指正，一级罪犯一共有四十三人，二级罪犯一万多人，三级罪犯三万多人，这几乎是马尼拉周围所有的土着，因为马尼拉周围的土着都参与了屠杀。
乱世须用重典，吕宋就是一个非常混乱的地方，西班牙人、土着、华人三种势力错中复杂，特别是愚昧无知且胆大包天的土着，更是社会的不安定因素，所以大明想要长期统治吕宋，就必须先把土着威慑住。
在叶思文的授意下，大明政府对四十三名一级罪犯的处理方法只有一个--凌迟处死，只有这种极其恐怖的处死方法，才能在土着的心里留下恐怖的种子，让他们以后一动坏脑筋，就想起这些被凌迟的同类。
不过凌迟是个技术活，放眼吕宋，放眼叶思文的军中，没有人能胜任这份工作，没有人，叶思文不怕，他修书一封，朱由检立刻给他派了二十个可以执行凌迟的刽子手。
本来二级罪犯也是要全部处死的，但是人太多了，一万多人，杀了影响不好，不符合叶思文一贯以来的温和形象，所以在叶思文的授意下，一万人中，每一百人中挑出一个代表，代表什么？当然是代笔大家去死！
这种挑选方法，没有规律可行，谁倒霉谁上，挑出来的一百个土着，也只能怪他们的运气不好，代人受过了。
至于剩余的二级犯罪，叶思文给他们取了一个很好听的名字--终身监禁劳改犯，他们将承担马尼拉港和马尼拉城的重建任务，说不定他们还会承担吕宋岛其他的地方的建设任务，最后，他们有可能死在工地上，有可能死在矿山里，谁知道呢？
这就是代价，头脑一时发热的代价，有因必有果，土着既然敢屠杀华人，就应该有被反倒清算的觉悟。
最后犯罪行为最轻的三级罪犯，给他们的宣判是，有期劳改二十年，也就是说，他们只要能免费给大明干上二十年苦力，他们就可以重新获得自由，至于他们能不能活过二十年，还真是个未知数。
为了显示大明皇帝朱由检的仁慈，也同时显示叶思文的仁慈，其中还是有免罚条款的，土着男子十二岁以下、六十岁以上免责，土着女子十四岁以下、五十五岁以上免责，其余人，一个都跑不掉，即使现在跑掉了，以后也会被揪出来。
处理了土着人，叶思文又开始处置当地的西班牙人，以科奎拉为首的西班牙军人并没有得到审判，他们乃是整个屠华事件的策划者和参与者，他们将会被押回大明本土接受审判，其实这也就是叶思文的一句话，他要利用科奎拉这些人，和西班牙政府谈判。
处置西班牙人，最主要的还是处置吕宋当地的西班牙富人，文明的西班牙绅士虽然没有参与屠杀，但是他们有见死不救的罪过，也有没有阻止科奎拉的罪过，所以叶大侯爷也要对他们进行处罚。
对于西班牙富人，没啥好说的，直接没收财产，然后把他们赶上一艘开往西方的商船，送他们回家，不过，仁慈的叶侯爷也没有把西班牙富人往死里坑，他还是给了西班牙人留了一点车马费，十两银子，爱要不要。
接到叶侯爷的十两银子，西班牙富人都哭了，往昔的腰缠万贯已成浮云，只余十两银子回家，这让当惯了富人的西班牙人情何以堪？
自此，土着杀的被杀，服刑的服刑，留下来的，不过是一些老弱妇孺罢了，而西班牙人，基本上被赶出了马尼拉。
叶思文在马尼拉执行的政策，让马尼拉的社会构成产生了剧烈的变化，以前高高在上的西班牙人被赶跑了，二等公民被拉去干苦力了，而地位最低的华人，现在翻身当了主人，成为了马尼拉的核心力量。
现在在马尼拉的大街上，行走的基本上都是华人，要不是当地的华人，要不就是大明的将士；土着们寒蝉若惊，一个个躲在家里不敢出来；至于西方人，更是少见，除了和叶思文有约定的荷兰人，还暂时没有西方人敢登上马尼拉的土地。
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