其后南宗袭封衍圣公的有孔玠、孔搢、孔文远、孔万春、孔洙等人。
宋廷南迁后，刘豫建立了伪齐政权，于阜昌三年封孔端友的弟弟孔端『操』之子孔璠为衍圣公，主持曲阜孔庙祀事。伪齐政权被推翻后，金熙宗于天眷三年继封孔璠为衍圣公。
其后有孔拯、孔摠、孔元措等袭封衍圣公，是为北宗。
后因蒙古族起兵南下，孔元措随金政权迁往汴京，曲阜孔庙则由其族兄孔元用主持祀事。蒙古族占领曲阜，先后以孔元用、孔之全父子为衍圣公。这样，宋金元三朝并起，各有一个衍圣公。
虽然各有一个衍圣公，但是元和金的衍圣公其实是出于一脉，孔家南北二宗也是兄弟。
元太宗五年，蒙古骑兵攻下金汴都，金封衍圣公孔元措被元政权所得，仍封孔元措为衍圣公，而改封孔之全止充曲阜令。在这个时候，孔家北宗完成了合一，正式成为了北宗。
元朝统一，元世祖忽必烈于至元十九年访查孔子后裔宗子，曾召孔洙至京师，孔洙让位于曲阜宗子，忽必烈对孔洙大加赏识曰：“乃真圣人后也。“于是命孔洙为国子监祭酒、承务郎兼提举浙东学校事，赐护持林庙玺书，免去衍圣公封号。
从这个时候开始，衍圣公的爵位彻底落入了孔家北宗，与南宗就没什么关系了。
到了明末，天下大『乱』，江淮一带打了一个沸反盈天，蒙古人、张士诚、陈友谅、朱元璋，在江淮大打特打，战『乱』的时候，孔家南宗就更没落了。
相比较起来，北宗被战『乱』『骚』扰的就少很多了，等到朱元璋北伐，北宗也没有受到太大的波及。
洪武十七年，朱元璋下旨册封了当时的孔家北宗为衍圣公，孔家北宗再一次成为了大明的衍圣公。关于这件事情朱翊钧前世还看到过一个传闻，那就是关于孔家北宗的dna。
经过检测，孔家北宗其实已经不是孔子后裔了，而是一个叫做张仁玉的蒙古人冒充的。
事实上真假朱翊钧不得而知，不过孔家北宗亲元是肯定的，至于孔洙让位的事情，朱翊钧也就一笑置之，这种事情谁相信谁就是傻蛋了。
孔家南宗是什么身份？随着南宋南迁的，北宗呢？一直在北方。
这一支的孔家是元的孔家，现在元统一了天下，会立南宗的孔家为衍圣公？开什么玩笑，一旦孔洙不答应，那整个南宗孔家估计就灭门在即了。
事实上孔家北宗这些年一直在打压南宗，这是不可否认的事实。
在江淮战『乱』的时候，北宗也没伸出援手，大明一统天下，册立了北宗为衍圣公，也没见帮帮南宗。要知道南宗被朝廷册封，那都是弘治间了。
弘治十八年，衢州知府沈杰奏言：“衢州圣庙，自孔洙让爵之後，衣冠礼仪，猥同氓庶。今访得洙之六世孙彦绳，请授以官，俾主祀事。”又言：“其先世祭田，洪武初，轻则起科，后改征重税，请仍改轻，以供祀费。”
帝可之，正德元年授彦绳翰林院五经博士，子孙世袭，并减其祭田之税。
从这段记载就能看得出来，孔家南宗过得有多惨了，“猥同氓庶”的形容足以说明。可见南宗不但没得到北宗的帮助，还被人给打压了。
即便是有了上奏，也不过是封了一个翰林院的世袭五经博士，给了一些祭田，减免了祭田之税。
原本朱翊钧没想着大动干戈的，让徐德去就是告诉孔尚贤，别嘚瑟，孔家不是只有你们一家，还有一个南宗。如果这一次不同意纳税，那就废了你们。
只不过孔尚贤连徐德都不见，想威胁都威胁不到了。
朱翊钧这个时候就生气了，真的是生气了，毫无骨头的孔家，居然还如此颐指气使，居然连皇帝的面子都不给，朱翊钧很想拎着孔尚贤的衣领子问问他：跟谁俩呢！
要知道朱翊钧对孔家就没什么好感，如果说墙头草，谁来了就捧谁臭脚，包括女真蒙元甚至后来的大清，为的是家族传承，不得不为之，是皇家没保护好你们，现在你们这样子给谁脸『色』看？
况且孔家是什么人家？一项倡导忠义理智信，忠排在第一位。
你们享受着天下百姓的供奉，享受着皇家的礼遇，凌驾于整个天下的百姓之上，你们的忠呢？
为了取悦忽必烈，孔府派出大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。堂堂华夏“圣学”，竟然请得一位双手沾满数千万汉人鲜血的酋首来做大宗师，孔府真正实现了“以德报怨”的最高境界。
孔府衍圣公中最具与时俱进顺应大势素质的，莫过于明末孔府衍圣公孔胤植，朱家待他那真是没得说，此公本非嫡传，却不但受封衍圣公，还先后被加太子太保和太子太傅，可谓“君恩如山”。
可李自成一入山东，离曲阜还远着的时候，孔府就出朱示，令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。
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