义军在这几年从高潮走向差点儿完全覆灭，而满清在完善政府架构制度外，主要仍然是在清除周边隐患。首先是在草原上打得察罕儿部远遁荒漠，然后完全占领辽东仅剩的一些岸边据点后，在崇祯十年又攻打了东江镇的最后据点皮岛。
此时的东江镇总兵沈世魁为人虽然品德差一点儿，但骨头却是硬朗，在皮岛守卫战中，拼命抵抗用大量台湾造佛郎机予清军沉重打击，还在粮尽弹绝后毁了火炮用冷兵器作战宁死不屈。
对沈世魁不大熟悉历史的沈磊而言难预料他的行为，只能大致上判断他不曾投降，理由是只有三顺王而没有沈世魁的名字。
因这个原因虽然尚可喜及这些年不少东江将领被沈世魁排挤投了台湾，双方关系比较敌对。好在沈世魁没有强大的水军，加有些物资短缺还要找海洋岛解决，不然早出兵攻打海洋岛了。
就算是如此双方虽然未曾决裂也是非常冷淡了，但沈磊因他不曾投敌决定对沈世魁大力援助。一方面将东江镇百姓撤到已经空置的大小长山岛、广鹿岛等岛屿上，承诺东江镇不失败不会主动移民，其次支援了沈世魁许多粮食、火药、炮弹等物资。
但就算如此东江镇仍然不能坚持住，因为毛文龙一死内耗严重，等沈世魁接手实力已只剩下三分之一。沈世魁上台后急欲树立自己的权威，排斥异己。对不投靠者用种种手段刁难、克扣，使仅剩下的兵力也无法同心合力作战。
这一来面对满清攻打仍然如历史上一样败下阵来，唯有在攻打皮岛时因遭大批佛郎机炮击死伤惨重，差一点就放弃了，只因有内奸出卖知沈世魁贮存的火药、炮弹已不多才咬牙坚持了下来。
因沈世魁不得人心守卫皮岛的军队太少，许多中层军头一见满清势大都退到附近岛屿，不管畏敌还是不愿总而言之没有去支援皮岛的。就这样满清终于达到了战役目的，东江镇被彻底打掉了建制外，满清还再次痛击了朝鲜彻底解决了这个方向的潜在威胁。
东江镇在满清攻打前还有二十多万人，被满清掳走一部分，逃到登莱一部分，战死一部分，逃避在沿海岛屿的人达到了十万多人。这时候各岛屿缺粮严重，沈磊决定不再管逃到各岛屿中级军头的意愿一方面向各岛屿运粮救济，一方面将所有的人作为移民运走。
此乃是沈磊第一次下强迫命令，不然还是有人不愿意走的，特别是有的军官还幻想依靠朝廷接济坚守在各岛屿上，不过这不是他们真坚决抵抗，而是到了山东有孔有德等人的例子外，他们觉得自己守在这里应该能升下官了，毕竟仍仍然可以顶东江镇名义。
但他们这些人的愿望被彻底打破，对此普通百姓倒是反应不大，因为他们也就是对自己家乡比较眷恋，能不走才好，留不下来只有遗憾而根本不恨沈磊，因为他们知道自己能活下来多半靠对方运来的粮食与运走不少人，另外也知道移民走的人日子挺好过，心里不愿走只是觉得不踏实。
主要是有几个野心勃勃的军官才对沈磊的决定不满意，但他们也知道仅凭自己守不住岛屿，朝廷的接济一直是给沈世魁的，沈世魁一死一时间很难搞到，所以对海洋岛传达的意愿再不满意也不敢反对，因为逃到岛屿的军人也八九不愿留下，问题还有台湾这个退路，没有太多的人肯陪军头赌命了。
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