在他担任按察使后不久，却又因为兵败庐州而被革职，后又得翁同书和袁甲三保举官复原职，直至累功被任命为浙省巡抚，后升迁至两江总督时，时年47岁。
在当时的清朝官场之上，可以说此人的升迁速度几乎无人能及，从中进士开始，仅仅20年时间，就爬到了两江总督的位置，几乎可以与权倾一时的曾国藩分庭抗礼，也是当时最年轻的总督级别官员。
其次更为传奇的，还是案件本身，刺客张汶祥，是在马新贻阅兵后返回署衙的路上，以拦轿告状的理由近身，随后突然抽到一刀毙命，并且在行刺成功后并未试图逃走，反而弃刀受缚，高呼：“刺客是我张汶祥！”
由于涉及遇刺的是一位封疆大吏，清廷很快派出以曾国藩为首的多位朝廷大员审理此案，最终判决确实语焉不详，更是导致了民间的无数种揣测和传说。
按照其中在民间最广为流传的版本所说，马新贻之所以官运亨通，靠的是假报军功，又结纳权贵才得来的。
他在所谓的“剿匪”战斗中，原本是一个败军之将。被俘以后，又没有骨气，与“匪首”义结金兰，成了拜把兄弟。再由他的把兄弟导演一幕马新贻收复失地的闹剧，欺瞒了朝廷，以至爬上封疆大吏的宝座。
飞黄腾达以后，那些拜把兄弟原以为可以攀附于他，千里迢迢来投靠。马新贻奸占了拜把兄弟的妻室，又诱杀了拜把兄弟。张文祥因偶然的原因逃脱他的魔掌，才弄出这一出刺马的大案来。
如此离奇的剧情，加之民间各种戏曲、话本的宣传，这才导致这桩“刺马案”，最终成为了大名鼎鼎的“清朝四大奇案”之一。
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