在德川家康建立起德川幕府之后，他就让服部正成和宫水一族，一同管理忍者的事务，宫水一族在当时只是名义上共同管理者，实际管理的是服部家。宫水，从名字来看就是来自日本国王的家族。虽然幕府是架空日本国王，但是有些事也需要日本国王他们参与。
当时随着日本进入幕府时期，日本大体和平，用到忍者的地方越来越小，而忍者又被严格地管理起来，忍者面临生存危机，很多人不得不转业，后来很多的忍术由此而失传。在现今，大多数人对其中的忍术所知不多，其中一部分来源是日本忍术大师【初见良昭】。
刚开始的时候，德川家康对忍者进行了相应的补偿。在德川幕府的后期，武士的地位越来越低，昔日的荣光不在。原来德川家康的德川幕府，把日本人分为士、农、工、商四等，即武士、农民、手工业者、商贩。其中武士的地位很高，忍者也是武士的一种。
在德川家康以后，对忍者的补偿越来越少，忍者当中有相当的一部分对德川家非常不满，他们也曾发动过叛乱，但是都被服部家和宫水家镇压了，这些小事日本历史并没有记载下来。而最大规模的一次是在1837年大盐平八郎的叛乱，这件事幕后参与的人就有忍者，而平息这次叛乱的也是忍者，出卖大盐平八郎的人也是忍者。事后，经过调查，参与大盐平八郎事件的忍者，就有来自宫水家族、服部家族、望月家族、不知火家族、土御门家族、金田一家族、宫本家族等等，出于某些原因，这些人没有被杀，后来这些人成为日本【倒幕】的支持者，在往后，让德川幕府退出了日本的历史舞台。
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