在珍珠港突袭战役中，日军事实歼灭了大量美军舰艇。
山本五十六在受到天皇的褒奖和国人满街欢庆之后，带领全日本的主力联合舰队，转而参加大日本帝国陆军及日本帝国海军参谋本部策划的战略计划。
在三本五十六准备偷袭美国珍珠港后的同一时。
日本的第一航空舰队，在太平洋上大兜圈子，攻击了美国、英国、荷兰、澳大利亚等国的大量目标，包括威克岛、澳大利亚近海、印度洋的锡兰。
第一航空战队则在珍珠港偷袭开始后一小时内，便将美国第5航空队摧毁在菲律宾的机场上，此后又击沉了英国皇家海军的威尔士亲王号战列舰以及反击号战列巡洋舰。
在山本属下的海军将领小泽治三郎、近藤信竹、高桥伊望等人的指挥下，日军通过以“爪哇海海战”为代表的一系列两栖登陆或水面舰艇交战，将滞留在荷属东印度的美国、英国、荷兰及澳大利亚残余部队一扫而空。
紧跟着，日军占领荷属东印度，并将菲律宾的美军部队压缩到困守巴丹半岛和科雷希多岛一隅，至此确保了东南亚的重要资源产地。日军在袭击珍珠港之后的这一些列的军事行动，都以超乎想象的效率和极小的损失，达成了日军所有初步战略目标。
日军借此停止行动，以考虑进一步的军事计划。
既然英国和美国都没有谈判的意图，日军开始着重守卫已经到手的占领区，并着眼于进一步进攻以便胁迫一个或更多敌国单独停战。
在这个阶段日军的各类战略计划纷纷涌现，包括向西进攻印度，向南进攻澳大利亚，或向东进攻美国。
山本五十六参加了因此引发的内阁军事战略目标的辩论，他也是在各种不同观点之间摇摆不定，有时暂时支持某一方的意见也仅仅是为了给自己的部队争取更多的利益。
但是在这些计划中，就包括了入侵印度或澳大利亚甚至夏威夷的大胆想法，这些浮夸的臆想很快就因陆军身陷中国战场、事实上军事实施的人手不足，也没有足够运力来调动大部队的行动而遭否决。
山本五十六系一个从开战以前开始就是一个坚决的早期决战主义者，军令部的切断美澳联系的作战思想，在山本五十六看来是最危险的作战选择，因为见效太慢，而且还有促使美国舰队力量加快增强的危险。山本五十六的想法是既然无法直接进攻夏威夷，也要设法使夏威夷的美国舰队出动与日本舰队决战。
在这之前，要消除后顾之忧，就得先跑到锡兰，去把英国东方舰队消灭了。
但是作战中一直态度较为保守的海军军令部永野修身，并未支持山本的意见。
此刻正在大家因此辩论得不可开交之际，......东京和周边城市遭到美军的意外空袭。这使得参谋军官们意识到了美军航母对日本核心岛屿事实上存在的严重威胁。
于是，一群主战稳妥打仗的人迅速倒向山本一方。
此刻海军军令部正式授权山本五十六大佐，紧接在试图切断澳大利亚与美国联系的战役（珊瑚海海战）之后，立刻组织和发动中途岛战役（又称MI作战）。
与此同时，日军夺取阿留申群岛的作战也同步进行。
山本等于是同时赶工，完成中途岛与阿留申群岛的作战计划。
早期的山本策划中途岛作战的意图，重心在于进一步摧毁美军太平洋地区的舰队，以便日本海军可以在太平洋岛链上专心巩固防御。
有介于此，山本认为必须尽早的进行这类决定性的战役。毕竟日本的军备后勤拖不起持久战。
该战役计划包括一次佯攻作战：派遣第五舰队（包括轻型航母两艘，巡洋舰五艘，驱逐舰十三艘，运输船四艘）进攻阿留申群岛，空袭荷兰港，并进一步入侵基斯卡岛和阿图岛，山本相信这次攻击足以将美国舰队，可能包括航母，从珍珠港吸引到北方。
最近的研究在日语文件资料中发现，这次作战其实是山本为换取军令本部的支持，而发动的与中途岛作战平行的作战行动。
当第五舰队攻击阿留申群岛时，第一突击编队（包括舰队航母四艘，战列舰二艘，巡洋舰三艘，驱逐舰十二艘）将对中途岛发动空袭并摧毁后者的空中力量。
上述行动完成后，第二舰队（轻型航母一艘，战列舰二艘，巡洋舰十艘，驱逐舰二十一艘，运兵船十一艘）将派出5000步兵从美国海军陆战队手中夺取中途岛环礁。
山本五十六拟定的整个对中途岛的占领行动，其结果会将美国航母编队重新吸引向西方，......而日军的第一突击编队，将设下埋伏将它们逐个歼灭。
此后，第一舰队（轻型航母一艘，战列舰七艘，巡洋舰三艘，驱逐舰十三艘）将与第二舰队的部分兵力会合，共同将剩余的美国海军太平洋舰队兵力继续聚歼。
可以说整个的太平洋日军舰群的作战军事计划，是从战术上推断系天衣无缝的，它得到了整个日军本部内阁的赞许。
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