参见2001年美国对阿富汗攻击。奥萨马·*通过半岛电视台的卫星节目警告布什，如果美国动用核武器的话，他将会使用生化武器作为还击。2001年11月，由美英部队支持的北方联盟控制了首都喀布尔。*被迫撤离至坎大哈。
美国国内反应
政府的各级部门展开了对事件的调查。美国政府在事件发生后立即秘密拘留、逮捕、盘问了至少1200人，大多数是非美国公民的阿拉伯或*男子。美国司法部也查问了5000名来自中东的男子。政府后来承认，当中只有10到15人与*有关，但是无人牵涉九一一事件。但是依然有500人因触犯移民条例而被监禁，70名以色列人因违反旅游观光签证而被拘留。国会通过了400亿美元紧急拨款，还有大约200亿美元拨款用于航空公司补助。多部被指责为侵犯人身自由，为政府监视民众提供便利的法律也获得通过。2001年10月10日，联邦调查局公布了“FBI恐怖份子通缉令”名单。
2016年9月9日，美国国会众议院通过一项法案，允许“9·11”恐怖袭击事件受害者及其亲属起诉沙特阿拉伯政府。
美国纽约市2002年9月11日举行各种活动，纪念“9-11”恐怖袭击事件一周年 。
当地时间2002年9月11日午，纽约州州长帕塔基、纽约市市长布隆伯格以及其他政要和“9-11”事件中遇难者的家属聚集在世贸中心原址。纽约5个区的消防队员、警察和港务局工作人员代表一早就敲着鼓点、吹着风笛来到同一地点。8时46 分，即第一架被劫持民航客机撞击世贸中心1号楼的时刻，布隆伯格号召全市市民向“9-11”事件遇难者默哀。
帕塔基州长朗读了美国前总统林肯于1863年发表的葛底斯堡演说：“我们要从这些光荣的死者身上汲取更多的献 身精神，来完成他们已经完全彻底为之献身的事业。”
纽约前市长朱利安尼、其他知名人士和罹难者家属宣读了“9-11”事件中丧生的2801人名单，其中包括现场 执行抢救任务的343名消防队员、75名港务局工作人员和23名警察。
近3个小时的纪念活动穿插了3次默哀，纪念第2架飞机撞击2号楼和双子楼先后倒塌。许多罹难者家属手捧玫瑰， 下到世贸中心废墟底层临时修建的圆形花坛，敬献鲜花。这些花束将成为未来世贸中心纪念馆收藏物的一部分。新泽西州州长麦克格里维朗读了美国《独立宣言》后仪式结束。
美国总统布什夫妇在参加了五角大楼和宾夕法尼亚的纪念活动后，2002年9月11日下午抵达世贸中心原址，向“9-11”事 件的罹难者敬献花圈。晚上9时布什向全国发表纪念讲话。
纽约市的纪念活动是在高度戒备下进行的。警察在陆上、空中和水面加强巡逻，机场、电站、大桥、隧道、重要建筑 设施严加保卫，以防*袭击。
2003年9月11日上午，纽约人再次聚到世贸废墟，纪念在二零零一年九月十一日上午，纽约、华盛顿和宾夕法尼亚受袭事件中死难的三千零一十六人。
数千人自发地来到世贸中心遗址敬献鲜花。美国东部时间二零零三年九月十一日上午八点四十六分和九点零三分，人们两次默哀。那是两年前，两架飞机撞向世贸双塔的时刻。孩子们逐个宣读两千七百九十二名纽约遇难者的名单。
纽约市2004年9月11日又进入了戒备森严的状态，而纪念仪式仍将是世人注目的焦点。
纽约市2004年9月11日的纪念仪式将于上午8时40分在曼哈顿下城的世贸中心遗址举行，配合宣读2749名罹难者姓名及纪念双塔遇袭及倒塌的时刻，仪式中共有四次默哀。黄昏时将点燃两道光芒，射向天空，以象征双塔永远屹立不摇。
与往年纪念活动不同的是，2004年将突出遇难者家属的内容，在“9.11”当天遇难者的父母、祖父母和他们的亲人，将高声宣读亲人的名字。在宾州，所有教堂的时钟将在第四架飞机坠毁的时刻敲响。过去三年从未参加过活动的美国居民布兰马蒂，将在2004年的纪念活动上为她的儿子献上一首诗，她的儿子作为金融分析师曾在世贸中心南楼工作，如果他还活着的话，这个月他就满25岁了。
美国国防部长拉姆斯菲尔德将在阿灵顿国家公墓献花，向五角大楼遇袭的184名罹难者致哀。*当天除了劫机撞向世贸大楼和五角大楼外，还劫持了一架民航机，可能准备撞向白宫，但因乘客起而反抗而未事成，飞机坠毁于宾州，劫机者与乘客44人同归于尽。
布什总统于2004年9月11日上午8时26分在白宫南草坪默哀追悼，这是第一架被劫飞机撞上世贸大楼的时刻。民主党总统候选人克里将在他的家乡波士顿纪念“9.11”。纪念日将届之际，美军在伊拉克的死亡人数已突破1000人大关，雅加达发生澳大利亚大使馆被炸案，俄罗斯发生*在学校劫持人质造成数百儿童丧生案，都在提醒人们，反恐战争代价远比预期估计的要高出许多，而且还看不到胜利的曙光。
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