而同一时间，耶稣会在日本的事业却在蓬勃兴起。到1605年止，日本的天主教徒达到了75万之众，拥有天主教堂200多所，而长崎更是被传教士们称为东方的罗马。
日本天主教事业的兴盛，自然就引起了中国耶稣会内一些反对合儒传教方式传教士的羡慕，比如龙华民等人。他们主张抛弃现在的传教方式，按照日本传教的方式在中国传教。
这些反合儒派曾经一度在中国耶稣会内部占据了上风，但是他们改变传教方式，却引起了中国士大夫们的不满，最终激起了南京教案，利玛窦等人在中国建立的传教基础被毁坏殆尽，而耶稣会也一度被驱逐出了大明。
当耶稣会在中国遭遇挫折时，统一了全日本的德川幕府也终于开始了对日本天主教信徒的清理。这时的耶稣会亚洲分部的传教士们才发觉，看似更容易接受天主教信仰的日本，其对天主教信徒的迫害远远超过了中国。
中国皇帝禁止传播天主教，也不过就是把西洋传教士赶出大明。但是中国皇帝并没有强迫已经信奉天主教的本国民众改信，但是日本则不然，德川幕府在日本禁止天主教的同时，还强迫那些日本的天主教徒放弃自己的信仰。
如此以来，利玛窦所主张的合儒超儒的传教理念，再度在中国耶稣会占据了上风。而金尼阁正是这一派的领袖人物。
金尼阁在大明生活十多年得出了一个结论，天主教想要在大明传播开来，光靠在士大夫中宣传是不够的。想要在这样一个有着独立思想和道德体系的社会中传播天主教，必须要得到这个国家最为尊贵者的支持。
大明民众对于大明皇帝的崇拜，就如同欧洲民众对于教皇的崇拜。如果大明皇帝愿意支持天主教，那么耶稣会就有了抵抗大明本土宗教和儒教的大义名分。而假设有一位大明皇帝愿意受洗加入天主教，那么中国耶稣会就会成为东方的教廷。
而以大明在亚洲各国的宗主身份，中国耶稣会更能通过大明的权威深入到亚洲各地去。因此，金尼阁极为重视这次被朱由检召见的机会，他希望这一次的见面能给这位少年皇帝留下一个好印象，让这位少年皇帝亲近天主教。
和金尼阁以流利的汉语向朱由检介绍欧洲的风俗，和海上旅行的风景不同。另一位传教士邓玉函就显得比较沉闷，他的汉语口音接近于粤语，这让朱由检往往难以听懂，有时候还需要金尼阁进行翻译。
这让朱由检刚开始时，并不怎么重视这位来自德国康斯坦茨的传教士。直到当他们开始讨论历书时，说到推算日月食的方法时，从这位口音浓重的德国传教士口中蹦出了，伽利略、J.开普勒等人的名字时。
朱由检才诧异的看着这位大胡子传教士，鬼使神差的说了一句：“伽利略先生还没死吗？”
邓玉函冷不丁的听到了崇祯这句问话，他都没去想这位中国皇帝是怎么知道自己的朋友的名字的，而是睁大了眼睛有些生气的反驳道：“当然没有，我最近才收到他的来信。在信中他还向我炫耀，自己发现了一种推算日月食的新计算方式，我的朋友怎么可能会死亡了呢？”
邓玉函反驳的声音有些大，站在阶下的王承恩顿时转身对着他喊道：“大胆，你敢…”
王承恩的话没说完，就看到了朱由检对他摆手的手势，顿时把后半截话堵在了嘴里。边上原本摩拳擦掌，准备听候王公公的号令，抓拿在君前失仪的西洋番人的侍卫们，也顿时放下了袖子，退回了原位。
邓玉函不自觉的提高了声音之后，就知道要糟。这个时代东、西方的贵族都差不多，一样的自大和无耻。他要是触怒了大明皇帝，不仅让耶稣会未来的希望毁于一旦，也会拖累了这次上京来的耶稣会同事。因此邓玉函马上学着大明士大夫们的举动，向着崇祯跪拜请罪。
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