而刚一登基就下令召回王在晋的崇祯皇帝，从立场上看也是偏向于放弃辽东的一派官员的。
而在万历二十年进士，历官中书舍人、江西布政使、右副都御史、兵部侍郎、南京兵部尚书、兵部尚书的王在晋面前，袁崇焕的履历简直寒酸的不能看。
袁崇焕立刻觉察到了，他是无法在王在晋的阻拦下，担任辽东巡抚，并自专辽东事务的。
于是他便说动了韩爌举荐，说服了座师孙承宗出面，和王在晋争夺对辽东兵事的主导权。
然而在朝堂之上，也不知道崇祯是怎么说的，这位孙先生居然糊里糊涂就放弃了，和王在晋争夺辽东事务的管理权力，反而开始筹备起什么新军和将官学校的建立起来了。
袁崇焕虽然得到了座师孙承宗的举荐而起复了，但是却只得了一个兵部主事的头衔，兼任军官培训学校的教务主任。
袁崇焕对于这个起复官职起点之低，大为震惊。随后吏部的同僚告诉他，这是陛下的新规定，除非是因为错误的朝廷决定导致的革职，否则起复使用都比照原来官职减去3等。
袁崇焕自然是不耐烦从什么武学教务主任的起点，再慢慢爬上去的。他是万历十二年生，现在已经43岁了。
如果按部就班的上去，到他致仕的时候，估计也就恢复到他被革职前的品阶，兵部侍郎的位置罢了。
他仔细阅读了孙承宗给他送来的，一份新军、军校筹备及卫所改制等事宜的扎子。
孙承宗的本意是让袁崇焕关心下新军和军校的筹备方案，看看有什么遗漏之处。
他对自己这位弟子期望很大，认为今后能代替他接任辽东防务的，也只有袁崇焕一人了，其他人皆不足任。
不管是新军还是军校，都是从头开始草创，要想等到开花结果，起码也要3、5年后。
袁崇焕对于前者只是略翻了翻，认为主持这些事务也只能捞些油水，但是想要借此立功升官，大约是很难了。
他倒是对扎子后面有关卫所改制的事，起了很大的兴趣。以他在辽东任职的经历，让他知道这军屯不但猫腻很多，而且有着现成的卫所兵，很快就能拉出一只军队。
在少年天子面前，还是那些急功好利的朝臣面前，这都是一个可圈可点的大功劳。
袁崇焕认为自己找到了终南捷径，于是不顾天寒地冻，日夜兼程赶到了京城，希望能接手卫所改制及清理军屯等事务。
不料从京城友人口中，袁崇焕得知了，这清理军屯激起了当地侵占卫所土地的缙绅和勋贵的反击，孙承宗和韩爌正在商议如何压制言官，强行推动卫所改制和侵占军屯事务的正常进行。
袁崇焕感觉赶到了两位座师面前，向两人进言道：“这田尔耕乃是阉党鹰犬，也是残害我东林前辈的凶手之一，两位老师现在压制这些言官，岂不是替这阉党余孽出头吗？”
韩爌默然不语，而孙承宗皱着眉头说道：“但是这卫所改制和清理军屯事务的主事者，是老夫啊。且这些事务能否推行下去，也关系着新军的建成，老夫若是无动于衷，岂不是自毁根基？”
袁崇焕立刻说道：“新军建成的关键，在于卫所改制，而不是清理侵占军屯事务。那些勋贵豪族，想要阻止的也是清理侵占军屯事务，不是卫所改制。
而新军筹集关系这老师的功业，又怎么能把它交给一群阉党鹰犬去操办呢？今后天下士林清流，岂不是要攻击老师和厂卫勾结，欺压地方名士？”
孙承宗顿时大怒，但他也不得不承认袁崇焕说的还是有些道理的。
最后韩爌和孙承宗都被袁崇焕说服了，借着勋贵豪族弹劾田尔耕的机会，把卫所改制的权力抓回到东林党人的手中。
用对清理侵占军屯田地上的让步，换取这些勋贵豪族只把目标放田尔耕等锦衣卫身上，而不是扩大到主持整个卫所改制工作的孙承宗等东林党人的身上。
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