当时大量白银从吕宋及日本进入大明，造成明末通货贬值危机。
历经三大征的万历皇帝，万历三十年七月听从矿税使者阎应龙、张嶷所言，派遣张嶷、海澄县丞王时和、百户干一成前往吕宋机易山勘矿。
因吕宋原为明朝朝贡国，但朝廷根本弄不清楚，以一张牛皮圈地诓骗吕宋原住民，进而入侵吕宋的西班牙人。
和之前的吕宋国王有何不同，该次谈判后西班牙殖民政府怀疑在吕宋华人可能是内应，大明可能会袭取其国，潜谋杀之。
隔年西班牙诓骗华人将攻打旁国，高价收购铁器，华人贪利尽鬻之，于是家无寸铁。
西班牙总督乃下令录华人姓名，分三百人为一院，入即屠杀，华人无兵仗抵抗，死无算，奔大仑山。
饥困于山中后开始攻城，遭遇西班牙埋伏，前后死者二万五千人。
之后，在诓骗大明朝廷说华人将谋乱，不得已，才杀害华人。
三十二年十二月万历帝下旨：吕宋酋擅杀商民，抚按官议罪以闻。
巡抚徐学聚等乃移檄吕宋，数以擅杀罪，令送死者妻子归，竟不能讨也。
其后，华人复稍稍往，而蛮人利中国互市，亦不拒，久之复成聚。
1609年，因为华商抗议税收过重，又有2万多华人被谋杀。距离六年前的大屠杀，在菲律宾吕宋岛就有5万华商被西班牙人屠杀。
1639年（明崇祯十二年），西班牙人强迫华人缴纳高价的身份证税和租税，遭到了反抗，西班牙人又再次集体屠杀华人。
此时的明朝政府很忙，崇祯帝正在下禁烟令，明令“嗜烟者死”；陕西、河南、山东等地发生蝗害、旱灾、大饥荒、人吃人。
李自成率50骑闯河南，饥民起义，聚众达50万；岳阳楼毁于战火；张献忠在湖北谷城起义反明。明廷无暇顾及海外事务。
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