朝廷对于西藏的治理，是通过驻藏大臣完成的。驻藏大臣拥有西藏一切重要事务的最后决定权，但并不直接管理藏政，说到底，朝廷对西藏的治理，是一种间接的治理。
这是一种低水平的治理，西藏出现了什么问题、矛盾，必须累计到将近爆发的时候，甚至到爆发之后，才能被发现，并着手解决。就算问题最终得到解决，损失也已经造成，事倍功半，代价过重。
还有，如果西藏内部出现了对朝廷的离心力，也不能及时发现，未雨绸缪，预为之备。
改革西藏官制，关卓凡定下两个原则：一，改间接治理为间接治理、直接治理并举；二，削弱黄教寺院集团在政府中的影响力。
先说第一个。
仿朝廷的六部，改革噶夏政府。四噶伦增加到六噶伦，犹如六部堂官，两正四副，其中，一正二副为藏人，正噶伦为僧噶伦，副噶伦为俗噶伦；另一正二副，则或汉或满，由朝廷委派。这个情形，被称为“半朝半藏”，亦仿佛六部堂官的满、汉各半。
朝廷一伸手，就拿走了噶夏政府一半的行政权，藏人“自治”的权力，自然是被大幅度削减了。不过，僧噶伦名正言顺变成正噶伦，又似乎巩固了寺院集团的势力，一班藏人上层，面对新官制，面面相觑，五味具陈。
新噶夏政府，名义上，一如其旧，位居摄政之下；副噶伦亦位居正噶伦之下。可是，即便黄口小儿。也晓得，摄政如何支使得动“朝噶伦”?正职的“藏噶伦”又如何支使得动副职的“朝噶伦”？副职的“朝噶伦”，只有正职的“朝噶伦”才支使得动，而正职的“朝噶伦”，自然是越过摄政。直接对驻藏大臣负责的。
则新官制之下，摄政的权力，也被间接地削弱了。
噶厦下面，有两个最重要的机构，一个叫“译仓”，相当于秘书处。主事者为两名四品僧官；一个叫“孜康”，相当于审计处，主事者为三名四品俗官。同时，这两个机构也兼组织处的功能，“译仓”管理僧官。“孜康”管理俗官。
新官制中，“译仓”和“孜康”的主事官员，统统增加到四名，各为“二朝二藏”。这样一来，噶厦政府三项最重要的办事权——文秘机要、财政赋税、人事管理，每一项，朝廷都拿走了一半。
至于“黄教寺院集团在政府中的影响力”这个问题嘛……
嗯，这样吧。咱们以后就不召开什么“噶伦扩大会议”了，名不正言不顺的，对与会的“三大寺”不够尊重嘛！
嗯。为隆重其事，咱们成立一个“大参事会议”，请帮办大臣和摄政做“名誉主任委员”，请一僧一朝的两位正噶伦做“主任委员”，请四位副噶伦和“三大寺”的“堪布”做“副主任委员”。
看，“三大寺”的“堪布”。同噶厦政府的噶伦，名正言顺地平起平坐。这，才是尊重各位活佛的道理嘛！
你问“委员”都是些什么人？哦。这个“大参事会议”的“委员”，包括前藏其余所有黄教寺庙的“堪布”，也包括重要的官员、头人，等等等等，总之——“各界贤达”。
你想一想，“大参事会议”召开，前藏朝野要人全部与会，帮办大臣和摄政，既为“名誉主任委员”，自然也要莅会的，也会带来驻藏大臣和达赖喇嘛的训谕。这个“大参事会议”，群贤毕集，济济一堂，何等气魄，何等热闹？委员们畅所欲言，共商藏是，有所得的，便可上书，“大参事会议”的“译仓”整理之后，即上呈驻藏大臣和达赖喇嘛审阅，说的有理的，自然就会发下来，噶厦自然照章执行。
呃，请问，这个“大参事会议”，多久召开一次啊？
这个嘛，开得太频繁，就显不出“隆重其事”来了，再者说了，前藏地方这么大，拉萨之外的堪布、官员、头人，来会议一次也不容易，这样吧，一年一次如何？
啊？
还是太频繁了？那就两年一次吧！
呃……
千万只草泥马在心头奔腾而过……
改了政府，改了寺庙参政议政的形式，还有一样要紧物事，也是要改的——藏军。
国初的时候，西藏并没有正式的军队，平时就是耕作、放牧的普通百姓，既不进行军事训练，更没有固定的编制，遇有战事，当政者按各部落大小，征调“差兵”，并由服役者自备马匹、粮草、武器。
这样的军队，能有什么战斗力？敌人稍稍强悍一些，便一触即溃。所以，西藏碰到蒙古，一点法子也没有，先后受制于和硕特、准噶尔，全然动弹不得。同廓尔喀见仗，也是一败涂地。
有鉴于此，平定廓尔喀之乱后，高宗命西藏组建了一只三千人的正规部队，额设“代本”六员，四品官，每人辖五百人，一切军需物资皆由噶夏政府发给。
这支所谓的“正规部队”，战斗力也十分可疑，平日纪律松懈，训练水平低下，基本是三天打鱼、两天晒网的状态，且一直缺额严重，不过聊胜于无罢了。
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