随后丁魁楚历任右佥都御史、保定巡抚、兵部右侍郎，代傅宗龙任总督蓟、辽、保定军务。
于崇祯九年七月，因后金大军入塞，畿辅被兵，丁魁楚被究失机之责遣戍，崇祯十一年之后才被释放。
历史上，崇祯十七年五月甲申国难后，由福王朱由崧即帝位，同年十月，以原官起用丁魁楚，以兵部右侍郎总督河南、湖广兼巡抚承天、德安、襄阳等地。
隆武元年，唐王朱聿键于福州称帝，命丁魁楚以原官协理戎政，寻加兵部尚书，太子太保，赐尚方宝剑。靖江王朱亨嘉于桂林反叛，攻下梧州，监禁广西巡抚瞿式耜，丁魁楚檄令思恩参将陈邦传等突袭朱亨嘉，于桂林捕获朱亨嘉押送福州。
隆武帝封丁魁楚为平粤伯，乃留镇两广。唐王灭亡后，丁魁楚与瞿式耜、兵部尚书吕大器等拥立桂王朱由榔在广东肇庆称帝，是为永历帝，进东阁大学士，兼理戎政。
丁魁楚派军士在肇庆灵羊峡一带挖掘端砚，并将其制成精美的砚台。清兵南下攻下广州，进逼肇庆，丁魁楚奉永历帝逃亡梧州，随即又改道去岑溪，因锱重太多，有船三百余艘载黄金二十万两、白金二百四十余万两，被清将李成栋追上，丁魁楚投降。
李成栋与丁魁楚曾经结怨，李成栋于是杀魁楚家人数百人。魁楚乞求饶恕保全一个儿子，李成栋笑说：“汝身且莫保，尚求活人耶？”一并被杀。
可以说，历史上的丁魁楚便是一个上事权贵，临机变节之辈，刘衍对于此人的印象很不好。
如今丁魁楚又暗中准备起兵作乱，完全就是要与朝廷争夺权柄，刘衍无论如何都无法容忍此人。
于是刘衍对吴国金说道：“立即将两广、云贵的相关情报移交国防部。”
“是。”
随后当日下午，刘衍便急忙赶到内阁官署，并且已经提前将国防部尚书田辉叙找来。
“情报都收到了？”
“是的。”
田辉叙说道：“阁老，按照军情部提供的情报，当下的局势很严峻，两广、云贵，再加上福建，可以说南方五省都要反，按照国防部的估算，至少要调集两到三个军的国防军才能稳住局面。如果是调集驻防军的话，则要调集七到八个营的兵力才行。”
田辉叙微微皱眉，继续说道：“此外，如此规模的兵力调集，朝廷至少要准备半年的军费，折合白银八百万银币，粮草一百一十万石！”
刘衍点了点头，说道：“钱粮不是问题，现在朝廷有钱有粮，这场大战打得起，别说半年了，就算是两年、三年也打得起！”
“只是兵力问题……”
刘衍顿了顿，说道：“目前国防军第一军到第八军都集结在山海关一带，主要防备满清鞑子，第九军到第十一军随着巡视组在各地，第十二军、十三军、十四军驻防京城，都很难抽调兵力出来。”
“能出战的，只有山东、北直隶的驻防军兵力，山西、宣府还能抽调出一些驻防军兵力。另外四川秦良玉处，也应该可以出兵。”
“国防部立即研究一下，制定一个迎战的方案，特别是兵力调动上面，要仔细斟酌一下。”
“是！”
随后田辉叙便急忙赶回国防部衙门，准备召集一众部下拟定迎战的方略了。
而刘衍则坐在内阁官署内，不由得长叹一声，心中也是感叹着，别看现在国防军有十四个军、数十万兵马，可是却被北方边防、新政军改、北京防务各自牵扯着兵力，现在看来一旦南方反叛，平乱的主力只能暂时依靠各地的驻防军了。
“不过也要给山海关的国防军各军通个气，一旦南方战事不利，就要从山海关抽调兵力南下参战了。”
“至于出关北上的事情，就只能暂停了！”
想到这里，刘衍对丁魁楚等南方实力就生出了浓浓的怒气，冷声自语道：“既然丁魁楚等人想死，那本公就敢埋，现在就看南方能否乱起来了！”
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