此时城外的明军各部都傻了眼，所有人都想不到此战竟然会突生变故，郑成功在接到禀报的时候也是大笑起来，当即命令各部火炮开始轰击城墙，给眼下的乱势推波助澜。
轰！
很快，明军各部的两千多门火炮猛烈的轰击起来，城内的混战更加激烈，数万土人大军在城内疯狂的杀戮着，大批的华人也加入其中，与土人一起在城内冲杀，见到的任何一个西班牙人，哪怕是女人和孩子，都会被当场围杀。
毕竟在这段时间以来，又或者说是长时间以来，西班牙人对吕宋各地的华人、土人始终保持着高压态势。平日里的欺压自不必说，甚至被屠杀的事情也曾多次发生。
可以说，在吕宋这里，华人、土人与西班牙人之间有着血海深仇，此时城外大明帝国的十几万大军已经掌控了局势，现在不去报仇更待何时？
短短一个时辰的时间里，整个马尼拉城就彻底陷入了战乱之中，城内的一万四千多西班牙正规军在很短的时间内就被彻底打乱，这些所谓的正规军已经溃不成军，被原本就是乌合之众的土人大军打得溃不成军。
那些土人大军踩着己方的尸体，悍不畏死的向前进攻，这种无视死亡的勇气，已经超出了那些西班牙人的见识，直接成了压垮西班牙人的最后一根稻草。
当天傍晚时分，朝鲜国、日本国仆从军率先冲进马尼拉成，随后明军驻防军各营开始进入城内，对城内残余的西班牙人进行围剿，同时开始收缴马尼拉城内外土人大军的兵器，并且将救治各地的华人伤员。
在这一过程中，还有许多土人杀红了眼，或者说，这些土人之中有许多人，在击败了西班牙人之后自信心空前膨胀起来，认为己方已经有了与强军对战的实力。
于是开始有大批的土人对明军各部发起进攻，刚刚要平息下来的马尼拉城，很快又喧嚣了起来，各处都响起了鸟铳的轰鸣声，以及震天雷的爆炸声。
不过这一次那些土人找错了对手，明军驻防军可不是被吓破胆的西班牙人，面对这些主动进攻的土人，明军各部当即还击，猛烈的齐射，从未见过的震天雷，明晃晃的刺刀，都给那些土人造成了巨大的上望
就连那些朝鲜国、日本国的仆从军，此时也是兴奋非常，杀起土人来毫不手软，甚至可以说用“残酷”两个字来形容。
那些朝鲜士兵和日本士兵为了在明军面前积极表现，全都是悍不畏死，往往可以与几倍的土人厮杀而不败，这种战力让得到禀报的郑成功也赞叹不已：看来仆从军还可以多组建一些，当然前提是明军自身要实力足够才行。
这场杀戮持续了整整一个晚上，到了第二天早上，血红色的朝阳洒在了马尼拉城的城墙上，此时大批的朝鲜国、日本国仆从军开始从城内搬运尸体出来，城外已经堆积了数个“尸体堆”，由此也可以看出，昨天一昼夜马尼拉城死去了多少人！
此时郑成功在大批驻防军将士的保护下进入了马尼拉城，巡视一番之后，便来到了城内的总督府。
“将这里打扫一下，本督在出战之前曾接到朝廷的命令：此战之后，朝廷将重建吕宋都护府，到时候这里就作为都护府的所在吧。”
“是。”
随后郑成功便将自己的临时中军设立在这里，在随后的十几天时间里，郑成功命朝鲜国、日本国仆从军四处出击，开始在吕宋各地威慑臣服各部落的土人，并且搜索清剿西班牙人的残余势力。
当然，郑成功也派出了两个驻防营将士随行，以免出现意外情况。
随后葡萄牙总督布加路也赶到了马尼拉城，在与郑成功“会晤”了一个多时辰之后，二人签订了一份补充条约，将吕宋岛西南端的一处未经开发过的港湾划给了葡萄牙人。
在将来的一年时间里，作为直接收回濠镜澳，给葡萄牙人财产造成损失的赔偿，大明将在这里开辟修建一座港口，并且建设一处小型城池，以此来作为葡萄牙人在远东地区的落脚点。
不过这处后来被命名为南里港的小镇并不是葡萄牙人的领地，依旧算作是葡萄牙人向大明帝国租借的地方，葡萄牙总督每年需要向大明帝国支付七万银币的租金。
不过对于这个结果，葡萄牙总督布加路还是非常满意的，毕竟面对如此强势的大明帝国，葡萄牙人还能够在远东地区保留一个据点，并且维持了与大明帝国的良好关系，可以继续在远东地区做生意，这样的结果足以让布加路免去本土的责罚，甚至还可能在将来可以预见的欧洲动荡中，获得足够多的利益。
崇祯二十七年六月一日，郑成功留下东南都督府驻防军第六营驻守马尼拉城，并且留下一万日本国仆从军，继续对吕宋各地进行清剿及巡逻，自己则率领北洋舰队、东洋舰队，以及明军、仆从军主力出发，朝着爪哇方向杀去。
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