教令院开启“造神工程”后，赛诺查到教令院记录研究工程企划与执行的档案中留有空白。那些数据，明显与现实进度对不上。作为大风纪官，赛诺有责任也有权力提出核对。可没想到，对那部分内容负责的竟是大贤者阿扎尔本人。提交核对申请之前，赛诺私下进行了许多调查。但不论是线索还是可作为物证的一切东西，都精妙地避过了他的视线。赛诺逐渐意识到，贤者们从一开始就在提防他。不出所料，申请提交后，大贤者驳回了赛诺的申请，甚至还对他说——“大风纪官的权力本就由贤者赋予，你无权审判我们。”
赛诺意识到，在大贤者眼中，风纪官不过是贤者们统御“知识”的工具而已。风纪官最初的誓言，迄今为止坚守的原则，在当下的教令院里显得毫无意义。所以赶在贤者们针对他采取措施之前，赛诺以辞职为由自我放逐，脱离他们的视野。然后继续调查这件事，不需要他人赋予权力，以自己的名义去审判。
在教令院调查期间，赛诺曾撞见书记官艾尔海森与贤者面谈，知道贤者要求艾尔海森去调查一位金发旅行者。而这项任务，同样没有任何档案记录，再加上他与“神明罐装知识”的关联，赛诺便追踪艾尔海森来到阿如村，对其进行审判。未料这场审判因为镀金旅团迪希雅的介入和沙尘暴的到来而中断，赛诺在阿如村守护者坎蒂丝的协调下不得不开诚布公，交代自己来此地的原因，也因此与同为教令院重点提防对象的艾尔海森消除误会。
沙尘暴结束后，应村长安普的请求，赛诺调查起导致守村人莫名其妙失踪的原因。出于观察的目的，旅行者主动提出帮忙。守村人是在道成林修行后精神失常的学者，由于能在地震时保护阿如村而得名。旅行者与派蒙一听就知道这是纳西妲为保护子民留存的力量，而通过常年累积的审讯经验，赛诺判断出空没有说谎，他意识到原来神明一直都在他们身边。一旁偷听的村童伊萨克在这时跳了出来，请求与赛诺一起行动。跟坎蒂丝确认情况后，二人带着伊萨克开始调查。
伊萨克认了一个老年守村人当爷爷，他带领旅行者和赛诺来到爷爷居住的地方。根据此地的线索，旅行者和赛诺判断守村人是被人用灵酚香引走的。联想到此前跟当地村民打听消息时听到的传闻，赛诺猜测守村人的失踪可能与赤王激进派有关。在赛诺和旅行者外出调查时，留在村内的迪希雅和艾尔海森也开始各自的行动。迪希雅通过两个激进派小喽啰揪出了所有主谋，将他们带回阿如村。经坎蒂丝彻夜拷问，激进派交代赤王复活的消息和守村人都是一个神秘人委托他们传播和抓走的。村长安普猜测神秘人可能来自教令院。另一边，艾尔海森发现村民夏妮为了自保隐瞒了一些信息。赛诺知道夏妮畏惧他，即便他再次造访也不会得到信息，便将此事拜托给艾尔海森和旅行者。
艾尔海森和旅行者在医院找到了疯掉的学者拉扎克，确认此地是教令院提取神明罐装知识的据点。神明罐装知识不是近期才流行的，但医院这个据点里的人却像未卜先知一般，在他们靠近阿如村时就提前撤离了。艾尔海森想起教令院曾把赛诺的信息录入虚空，而身为大风纪官的赛诺肯定会被教令院特别监视，以虚空的计算能力，根据录入的数据反向预测赛诺的行动，自然能提前撤离医院。
既然知道了教令院预判的方法，那么他们的逃亡路线也一目了然。旅行者、艾尔海森和伊萨克跟着赛诺逆着他的行动路线一路追击，在半途找到了两台提取神明罐装知识的仪器，猜测撤离者多半遭到了袭击。一行人继续调查，最终找到了迪希雅和袭击撤离者的激进派镀金旅团。伊扎克误以为和激进派首领拉赫曼交涉的迪希雅背叛了阿如村，冲出来质问迪希雅。眼见交涉失败，艾尔海森提出作为人质跟守村人交换。为了促成这一交换，迪希雅以右臂作为担保取得拉赫曼的信任，双方约定翌日中午交换人质。
当一行人前往拉赫曼指定的地点时，却发现拉赫曼只带来一个守村人。拉赫曼的言而无信激怒了迪希雅，她提剑上前与拉赫曼一行人缠斗起来。危急关头，地震发生了。突如其来的地震眼看就要将所有人卷入地下，小吉祥草王残留在守村人身上的力量及时扩散，形成巨大的保护罩，将众人笼罩其中。保护罩散去后，众人发现他们身处流沙坍塌后露出的地下结构，眼前是一座赤王神庙。一行人进入神庙探索，发现了守护神庙的赤王的祭司卡萨勒留下的信息。
信息记载了千年前赤王陨落的真相：原来千年前赤王从世界之外带来禁忌的知识，导致了魔鳞病的出现。大慈树王伸出援手，召集祭司修建起数座神庙，并倾注了生命的神力，赤王文明的星火得以在阿如村留存。赤王选择自我牺牲，将禁忌知识送回世界之外。树王为了配合赤王根除禁忌知识而透支力量，身形变得像孩童一般。见到这些信息的拉赫曼崩溃了，原来他们一直相信的树王背叛赤王的历史就是个笑话，两位神明是生死与共的好友。拉赫曼花了好长时间才平复心情，他决定与一行人结盟，共同对抗教令院。
翌日，拉赫曼将守村人和撤离者尽数交付赛诺。撤离者坦白了贤者与愚人众执行官“博士”多托雷的计划，他们首先花费许久，以执行官“散兵”斯卡拉姆齐精妙的仿生人偶躯体为基础，建造了所谓“神明的躯体”；又利用“花神诞祭的轮回”收割梦境，最大化虚空终端的输出功率。同时在多托雷的帮助下，最高输出态的虚空，成功导出了神之心蕴含的力量，使之成为“神明的核心”。随后，贤者们提出，要令新神拥有“神明的智慧”，为此需要大量罐装神明知识。他们认为导致学者发疯的知识研究了数百年都无法读懂，肯定是神明才能解读的知识，也就是智慧之神全知全能的来源。一切都已明了，旅行者分享了在须弥的见闻，与艾尔海森、赛诺、迪希雅确定了最终目的——击垮贤者，拯救神明。
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