昏迷中的他，听到了一串未知的编号和计划，但是并未详细了解这个计划是什么，只知道这个医院和医生都是属于“R组织”的地盘，并且听到晚上就要实施最后一段的计划了，而他是这个计划的其中一环。
白天的他，顺道探查了医院的其他病房以及财宝团长的日记，同时解开了这个日记的一部分使用方法，对于自身实力有了一定的提升。
随着夜晚的到来，这个世界的另外一面开始展现，孙诩也发现了这个世界的诡异和不同之处，而瞳宫雨也在夜晚准时来到了房间之内准备实施计划。
借助遗物【团长的日记】的帮助，孙诩成功解决了这群医生，只是并未得到太多有关的消息，随即他离开了医院，但是他没有注意到的是，被他击杀的瞳宫雨，并未真正的死去，而是重新“复活”后注视着孙诩的离开。
孙诩离开医院后，顺着线索来到了【灯之城】内，开始调查起了R组织的事情，随着线索的调查，他发现了混沌世界和光之世界的交接之处，也发觉了r组织和星环教派不同目的却偶然撞到一起的行动。
R组织想要用光世界基石联通光之世界和混沌世界的交接处，而星环教派则是想要将黑夜女神献祭给他们的神灵，企图让他们的神灵降临在混沌时间内，但因为孙诩阴差阳错的阻拦，献祭计划失败，而孙诩也因为两方教派同时的力量不可避免的来到了光之世界内。
孙诩与灯之城内认识的几人，在最后关头阻止了r组织的阴谋，并且认识了真正的神灵黑夜女神萝拉，成为了萝拉的人间代理人。
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