苏联军事侦察机关试图摸清雅科夫的下落，派出了几个营救组，均无功而返。许多地下工作者和侦察员在向莫斯科通报雅科夫的情况时暴露了身份。
德寇兴高采烈。斯大林一怒之下，命令逮捕雅科夫之妻尤丽娅·梅尔策，罪名是给德国人当间谍。尤丽娅在古比雪夫蹲了一年半的监狱，直至雅科夫去世的消息传来方才获释。
成吨的传单继续撒向苏联军队和毗邻前线的地区，传单上印有斯大林长子同德国高级军官和特工人员在一起的照片，照片下面则是“放下武器”之类的呼吁。
【雅科夫惨死的经过】
雅科夫被俘，是确有其事？还是纳粹德国的谣言攻势?当初忽而说雅科夫不在人世，忽而又说他已逃出虎口，令人莫衷一是。
关于雅科夫为国捐躯的详情，直至37年后才大白于天下，此时距斯大林去世也有27年之久了。实际上，早在1945年德国投降时，英国政府即已获悉斯大林长子的惨死的经过。英外交部官员建议将这份文件束之高阁，他们说：儿子牺牲的详情细节，只会引起斯大林元帅无谓的悲痛。直至后来英国媒体获准查阅档案材料，方知当初为何要做出这个决定。
雅科夫被俘后曾先后辗转好几个地方：柏林盖世太保的拷问室、吕贝克战俘营、哈默尔堡战俘营。起初关入集中营的监狱，后来则移至对外保密的囚室，囚室位于特别监禁营，用一道高墙和通上高压电流的铁丝网与集中营隔绝开来，由党卫军看守。
1943年2月，因德军在斯大林格勒遭受惨败后，雅科夫拒绝参加反苏宣传，盖世太保首脑希姆莱亲自下令将他押送至距柏林仅20公里的萨克森豪森集中营。当时德方曾试图通过红十字会的渠道，用雅科夫同斯大林格勒被俘的保卢斯元帅作交换。但斯大林斩钉截铁地表示：“我决不拿士兵去换元帅!”
雅科夫牺牲的经过骇人听闻：他是在萨克森豪森集中营自杀身亡的。英国飞行员托马斯·库欣曾与雅科夫同在该集中营，所有与雅科夫一起关在该集中营的英国飞行员，仅托马斯·库欣一人活的长寿。他对此记忆犹新：
即使在纳粹分子中间，萨克森豪森集中营也是臭名远扬。押送到该处的多半是苏联战俘。仅1941年一年，这个集中营就枪杀了1800名苏联战俘。随后几年，战俘死亡率更是一路走高，因为丧尽天良的纳粹医生拿战俘充当试验中的“海豚”。萨克森豪森原有20万苏联战俘，至战争结束时，幸存者已不到一半。
集中营旁边有个单独的囚室，是“珍贵战俘”的住处，纳粹可以用他们与同盟国手中的德国俘虏作交换。雅科夫被押送至此，胸中块垒挥之不去，他为红军在斯摩棱斯克市郊的失败感到羞愧，且良心上受到谴责：未能履行父亲誓死保卫斯摩棱斯克的命令。德寇千方百计地摧垮他的意志，却未能得逞。
雅科夫本想去做苦工，德方却让他享受“高级战俘”的特权。他所居住的一号囚室，共住了5个人。有客厅、两间卧室和两个洗手间。雅科夫和莫洛托夫的侄子瓦西里·科科林占了一半的面积，另外一半居住着被击落英国战机的机长托马斯·库欣和其他两名飞行员——威廉·墨菲和奥布赖因。由于思想意识方面的分歧，雅科夫与英国飞行员之间常有语言冲突。据文献记载，雅科夫经常说等战争结束，红军就要把英国的公爵、王子、伯爵、勋爵和男爵统统消灭，他认为这些人都充当了“希特勒的傀儡”。
1943年年初，一号囚室内的气氛骤然紧张起来。往往区区小事即可触发疯狂的争吵：因分发红十字会寄来的包裹，因英国人和俄国人的生活习惯不同等。就是在这种情况下，发生了使雅科夫走上自杀之路的事件。
1943年4月14日，库欣挑起了针对雅科夫的争执。其他战俘也参与进来。威廉·墨菲站在库欣一边，奥布赖因则用污言秽语辱骂科科林。斗殴中奥布赖因把科科林打得满脸是血。不知雅科夫在这次争执中扮演了什么角色，也不知他针对英国人的行为有多大的敌意，但有一点很清楚，当天他的神经系统已经彻底崩溃。天色已晚，他却不肯回到囚室，坚持要集中营警卫长接见他，听取他对英国战俘的意见。但雅科夫的要求遭到拒绝，于是他彻底丧失理智，一把抓起地上的木棍，边跑边喊：“毙了我吧!毙了我吧!”喊着喊着，雅科夫在猛跑中，一头扑向通上高压电流的铁丝网。这时库欣正在往囚室的窗户上挂床单，他看见院里乱轰轰的，便一跃而出，眼睁睁地看着这场惨剧的发生。
库欣讲述道：“雅科夫·斯大林疯也似地朝着铁丝网奔跑。转瞬间，我看见了淡蓝色的闪光，也听到了枪声，集中营里的反光灯瞬间熄灭。我明白，雅科夫已经完了。”
哨兵孔拉德·哈尔费什在呈交给党卫军警卫长的报告中，详细描述了雅科夫生命中的最后几分钟：“雅科夫·斯大林把右脚伸到铁丝网的方形空档，左脚踩到电线上。那一刹那，他一动不动，右脚前伸，身子后仰。然后喊道：‘哈尔费什，你是个当兵的!别胆怯，朝我开枪啊!’我就朝雅科夫开了一枪。”子弹从雅科夫右耳旁击穿头部，他当即死亡。然后才是放电。库欣说：“德国人叫我把雅科夫的尸体裹好搬走。”
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