冯妙莲一见拓跋宏就变了脸色。拓跋宏令宫女搜检冯妙莲的衣服，搜到了一柄小匕首。拓跋宏大怒，喝令将冯妙莲立即斩首。冯妙莲泪流满面，叩头无数。拓跋宏命她先坐在离他两丈远的东窗下，让高菩萨先说。
待高菩萨说完，拓跋宏冷笑：“你听见了?将你的妖术说来听听。”
冯妙莲欲言不止，大约还想使些神秘手段打动拓跋宏。她乞求先屏去左右，然后密陈。拓跋宏使中宫侍女都出去，只留下他们二人和长秋卿白整。冯妙莲还不肯说，含着一双盈盈的泪眼，注视着白整。拓跋宏让白整用棉花塞住两耳，冯妙莲呜咽着说了与高菩萨的不伦之事。拓跋宏无比愤怒，直唾在冯妙莲的脸上。然后暂时将冯妙莲还送到皇后宫里。
可能拓跋宏尚顾念旧情，不忍将冯妙莲废死，只诛杀了高菩萨了事。废后的敕书，迟迟不下。不久拓跋宏得了大病，病骨支离，自知不起，召彭城王拓跋勰嘱咐后事，最后说：“后宫久乖阴德，自寻死路，我死后可赐她自尽，惟葬用后礼，亦可掩冯门大过。”接着拉住彭城王的手，喘息良久，撒手而去，时年三十三岁。
太子拓跋恪即位，按遗嘱派侍臣持毒药入宫，赐冯后死。冯妙莲见了毒药骇走悲号：“官家哪有此事，无非是诸王恨我!”内侍把她拉住，强迫喝下毒药自尽。魏主拓跋恪遵照遗言，用后礼葬冯妙莲，谥为幽皇后。
北魏拓跋历史显得单薄，史料遗存少，可能是由于其自身的文化内涵不够丰富的缘故。许多东西只能依靠仅有的资料推测。北魏几代君主都靠母后护持才能得位。史载孝文帝拓跋宏雅好读书，手不释卷，遍览经史，善谈庄老，平时爱奇好士，礼贤任能。也曾告诫史官说：“直书时事，无讳国恶，人主威福自擅，若史复不书，尚复何惧!”宫室必须破得不能再破了才修理，身上的衣服不知洗了多少遍。只是宠幸冯妙莲，以致酿成宫闱丑事。
孝文帝终其一生都没有亲自处死冯妙莲，这或许与他仁慈的个性有关，但更多的是夫妻之间的感情在内，这种感情包含嫉妒与宽容，临死留下处死冯妙莲的遗诏也可以如此分析，惟有不舍的感情才恐惧他死后冯妙莲会再与别的男人有染，若那样他死了也不瞑目。但即使孝文帝未留下杀冯妙莲的遗诏，冯妙莲也没有好下场，彭城王、咸阳王等知道冯后已死的消息后，相视说：“若无遗诏，我兄弟亦当做计去之。岂可令失行妇人宰制天下，杀我辈也?”
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