上午7时，安重根坐马车来到哈尔滨站，俄国官兵忙着做欢迎准备，同时也加强了警备。戒备虽严，可安重根还是随着日本的欢迎队伍进入了候车室，这是因为日本驻哈尔滨总领事川上俊彦告诉俄方，只对欧洲人、中国人查看通行证，日本人则一律放行。在俄国人眼里，安重根外貌装束与日本人无异。在候车室里有个小卖店，安重根就坐在那里等待。
9时整，俄国专列驶入站台。可可夫切夫登上列车，与伊藤博文见礼、寒暄，20分钟后，可可夫切夫对伊藤说：“稍后有宴席款待公爵。如蒙阁下能检阅我的仪仗队，我将十分荣幸。”伊藤博文说：“能在哈尔滨一睹贵国军队的威仪，非常高兴。”
这时日本侨民舞动太阳旗大喊“欢迎”，俄国军乐队奏响了乐曲，伊藤已走下车来，在众人陪同下开始检阅。
9时30分，伊藤博文走到俄国仪仗队前，距安重根10步左右时，安重根穿过俄国军人空隙，冲过仪仗队，相距伊藤博文五步左右，拔出手枪对准伊藤博文连发三枪。三发子弹命中伊藤博文的胸部、腹部，伊藤博文扑倒在地。20分钟后，伊藤博文命绝。
随后，他又射伤日本驻哈总领事川上俊彦、满铁理事田中清次郎和秘书官森泰二郎三人。
场面顿时大乱，俄国宪兵冲了过来，安重根抛掉手枪，用俄语高呼三声：“高丽亚乌拉!”(朝鲜万岁)然后从容被捕。
4.慷慨就义
中午11时40分，俄国专列载着伊藤的尸体驶向大连。安重根则被带到火车站内的俄国宪兵派出所，简单审讯后，日方便来要人。晚上9时许，安重根被移交到秦家岗义州街27号(今哈尔滨南岗区花园街97号)的日本驻哈尔滨总领事馆，关在地下室里。俄当局下令逮捕哈尔滨周围所有可疑的朝鲜人。安重根刺杀伊藤的2个小时后，禹德淳、曹道先在蔡家沟车站被捕。
11月1日，安重根等9名涉案者被押送至旅顺监狱，3日到达旅顺。
日本外务省于12月2日下达了将“安重根处以极刑”的密令，并把旅顺高等法院院长平石召回东京，命令他保证执行。
安重根在最后的遗言中曾说：“我死之后，希望把我的遗骨埋在哈尔滨公园旁，等我们恢复主权后返葬到故国。当大韩独立的消息传到天国时，我一定会欢呼，高唱万岁。”
在1910年2月7日到14日期间，共进行了六次庭审。法院当局背弃允约，拒绝俄国律师米哈伊洛夫、英国律师道格拉斯及“大韩帝国”律师安秉瓒等出庭辩护，只允许日本官方选定的日本律师“辩护”。
安重根在法庭上阐述了义举的正当理由和目的，揭露了伊藤博文侵略朝鲜半岛，破坏东亚和平的15条罪状。安重根在公判庭上陈述：“我杀伊藤博文是韩国独立战争的一部分，而我站在日本法庭，是因为战争中失败当俘虏所致，我不是以个人资格干此事的，而是以韩国义兵参谋中将的身份，为祖国的独立和东洋的和平而做的。所以，我应当根据万国公法来处理。”
1910年3月26日上午10时，在旅顺监狱处刑室，安重根被处以绞刑。安重根就义后，安重根的两个弟弟要求日本政府引渡安重根的遗体，按照安重根的遗愿安葬在哈尔滨公园(今兆麟公园)旁。
日本拒绝这一要求，将安重根的遗体秘密埋在旅顺某地。近几年，中、韩、朝人士为寻找安重根的遗骸作了很大努力，但至今没有找到。
5.忠烈千秋
安重根在哈尔滨的义举，不但震惊了远东，也震惊了世界。当天这条简短的电报“伊藤博文今日在哈尔滨被一朝鲜人弹毙，刺客已被获”一发出，全球报刊争相报道这一特大新闻。
安重根殉国后，中国各界名人纷纷题词。孙中山的题词是：“功盖三韩名万国，生无百岁死千秋。弱国罪人强国相，纵然易地亦藤侯。”章太炎题写了“亚洲第一义侠”，还有蔡元培等二十多位名人题了词。身在日本的梁启超作了一首《秋风断藤曲》，其赞颂部分为：“黄沙卷地风怒号，黑龙江外雪如刀，流血五步大事毕，狂笑一声山月高。”
“五四”前后，中国各地纷纷演出反映义举的戏剧。
早在20世纪初，有关安重根的韩文版着述便有数种，也有德国人和俄国人写的相关书籍。20世纪50年代初，中国的小学教科书也都有安重根事迹的课文。朝鲜在1979年为纪念安重根诞辰100周年，拍摄了故事片《安重根击毙伊藤博文》，朝鲜在新世纪也拍摄了《安重根传》。
安重根的纪念馆、纪念碑遍及朝鲜、韩国、中国、俄罗斯，甚至日本。在中国旅顺、哈尔滨都有不同形式的安重根纪念场所，20世纪90年代，哈尔滨上演了歌剧《安重根》，还出版了几种相关着作。
当年在旅顺日俄监狱，安重根为日本人写了二百余幅题词，现已发现约六十余幅。其中一幅“为国献身军人本分”，是临刑前应看守他的日本宪兵千叶十七所题，在日本的安重根纪念碑上就刻有这首题词。随着时间的推进，题词还陆续有所发现，2008年在中国拍卖行亮相的一幅《临敌先进为将义务》，以55万元(人民币)成交。
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