顺治十五年二月庚戌，顺治帝在中南海瀛台，又亲试该科江南考中的正副榜举子。和上次亲试的情景差不多，每个举人都身带刑具，由护军营的军校持刀监视，戒备森严，如临大敌，不像考场，倒像刑场！皇帝以春雨诗五十韵命题，结果，只有吴珂鸣三试皆优，文列第一，当了解元，准许参加当年殿试。余者，74人准许参加下科会试，24人罚停会试，24文理不通，革去举人。此案的审理一直延续到十一月
十一月二十八日最后结案，顺治帝在刑部奏折上谕批：方猷、钱开宗俱着即正法，妻子家产籍没入官。其余叶楚槐等“南闱”全部考官18人（其中1人已经病死）立即处以绞刑（绞刑得全尸，与斩刑不同），妻子家产籍没入官。8名被控告有“关节”的新举人，各责打40大板，家产籍没入官，父母、妻、子流放宁古塔（今黑龙江宁安县，是清朝前期重犯流放地）。
值得一提的是，在这场科举大案中，还有一个插曲，就是出现了一位“张铁生式”的人物——吴兆骞交了白卷。吴兆骞大名鼎鼎，号汉槎，江苏吴江人，乃江南名士。平常，大家都认为他的文章“惊才绝艳”，而这次皇帝亲试，他却交了一张白卷。于是舆论大哗，有人说他是惊魂未定，吓得提笔忘字了；也有人说他是恃才傲物，故意卖弄。其实是吴兆骞看到当时考场如同刑场的景象，感慨万端，把笔一扔，说：“焉有吴兆骞而以一举人行贿的吗？”语气和态度真是清高的很。这就触怒了顺治皇帝，也把他发配到宁古塔充军，你不是看不起举人嘛，那也请你到北疆凉快凉快吧！据说，吴兆骞临行时，京中好友顾贞观、徐乾学、吴梅村等人都来为他送行。吴梅村还作了一首长诗《悲歌赠吴季子》送他上路。然而这一去就是20多年，其间吴兆骞诗兴大发，写了许多悲愤慷慨的诗歌和感人泪下的书信，后来编成了《归来草堂尺牍》和《秋笳集》，流行于士林。
为防止考生作弊和官方腐败，保证科考的公平与公正，清政府对考生作弊处罚很严厉。一旦发现，按照《大清律例》，作弊者要被枷号（在街头带枷示众）三个月，然后发烟瘴（边疆）地区充军。而顺治帝对“南北闱”案的严酷处理，显然含有严厉警告汉族士人尤其是江南士子的用意，由此开了清代严惩科考作弊的先例，受贿考官处死，竟成为法律。
顺治帝对科场案的严酷处理，使人想到当下日益升温的国家公务员考试，想到考场作弊之风的愈演愈烈。但对它的处罚无非是“考试成绩无效、取消录用、五年内不得报考公务员”，再重的不过“终身不得报考公务员”而已，他们和大清朝的莘莘学子们相比真算幸运之至了。
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