1921年，广州成为了地级市，孙科担任了首任市长。
但是这个市长并不好当，首先是军政府刚刚成立，百废待兴。过去清政府留下的封建官僚架构已被摧毁，新的机制还未建立。
孙科走马上任后，马上着手运用他自己所学的专业知识,亲自拟定了《广州市暂行条例》57条。
条例内设公安、公务、财政、教育、卫生等市政管理条款。
接着，他又做出了广州市政建设的全面规划,包括拆除旧城墙，拓展道路等。
孙科的市政建设计划一公布，守旧人士立即愕然。当时，争议最大的是双门底城楼的拆除。
拆除城楼，为的是拓宽道路，以利交通，促进经济的发展。
但是一些顽固守旧人士借口破坏老城的“风水”，把广州的“九大善堂”和“七十二行”商董联合起来，发起了反对拆迁的行动。
一时间，广州城内乌云密布，形势非常严峻。
对此，孙科冷静异常。
他坚信自己的计划是符合市民的长远利益的，但却不与被挑拨闹事的市民硬碰。他相信，只要把道理说清楚，市民最终会理解及支持的。
他把那些别有用心，为首闹事的善堂和商董会负责人请来开会，向他们详细解释:
“厚厚的城墙，在过去抡刀弄枪的年代，或许还有-一点防卫的作用。可是到了现代，它变得就像-个蛋壳，把古老的广州城团团封闭住了。
不把“蛋壳”啄开，里面的雏鸟怎么能破壳而出，在蓝天上自由飞翔?
你看那个双门底城楼，城门狭窄，就像一个酒樽的樽颈，把出人城市的道路堵住了，当广州进一-步发展时,越来越多的车辆又怎么通过?
至于“风水”之说，无非是方士们编造的无稻之谈，双门底城楼建起了这么多年，广州还不是战乱频仍，它的“风水”又能好到了哪里去?
你们看看外国的纽约、伦敦等大城市，又有哪一个是笨到用城墙把自己围困起来的!
经过孙科心平气和的解释，终于把反对派―一说服，拆城修路的工程顺利启动了。
孙科作为广州市长，为官一方，也算造福一方。
孙科曾自豪地说，那时：“环顾国内，城市的规模略微完备的，其实是从我广州开始；从那以后，市政一词才开始风靡南北，研究试验的人渐渐多起来。”
到1926年，他曾三次担任广州市市长。在孙科的治理之下，广州有了新的变化，一座古城展现了无数的青春活力。有学者一度认为，开创了中国近代城市制度的人，当属孙科莫属。
周兴梁教授也认为，孙科是中国近代城市制度的开创者。
对于这个儿子，孙中山是十分看重的，但孙科的种种作为却令孙中山大为失望。甚至还流传着这么一个故事，气得孙中山当场就想枪毙这个儿子。
孙科年少成名，自负的他逐渐变得脾气十分暴躁。
年纪轻轻就得到了太多与他年纪不相称的尊崇地位，他难免膨胀。
风华正茂的孙科，少年得志；渐入而立的孙科，却以爱耍少爷脾气着称。
对于孙科的大少爷脾气，孙中山的助手、代行大元帅职务胡汉民最有发言权。因为他多次深受其害。
作为市政厅厅长、市长，最令孙科头疼的还是财政问题。
当时，广州军政府虽然已经成立多时，但由于大大小小的军阀割据，军政府的管治范围其实远远还未能抵达基层。
这样，税收就很难征集，军政府的资金来源也就完全没有着落，所需的军费只能由大本营广州市来解决。
有一个时期，孙中山规定孙科每天要提供军费3万银元。
所以孙科这位市长，最重要的工作就是不断地筹款，每天孙科办公室的电话响个不停，说来说去都是--个字:“钱”。
而筹款的主要办法，暂时就只有变卖市属资产。久而久之，流言蜚语就冒出来了，许多人都在指责孙科敛聚、贪污。
这些言论终于传到孙中山那里去。孙中山立即询问胡汉民，你看这事到底怎样?
胡汉民回答说:“除非不做官，做官就免不了招致谤怨。如果不是哲生尽力工作,大本营的每天3万元军饷从何而来?这一点，我是绝对信任和支持哲生的。”
听胡汉民这样说，孙中山这才放了心。
胡汉民只是就事论事，绝非偏袒孙科。
但是他们两人在共事的过程中，因为孙科的少爷脾气,倒是常有矛盾,有时甚至闹到胡汉民跑到孙中山跟前要求辞职的地步。
有一次，孙中山亲往东江前线督战，急需把20万元的军饷发给滇、桂军，他们才肯出征。他命令胡汉民以大元帅府的名义发出手令，让孙科立即照办。
孙科从卫侍副官张猛手中接过手令，看了一眼，又是20万、这不是一个小数目啊,就很不耐烦地说:“我又不会印银纸(广东方言，意即钞票)，哪有这么多钱!”
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