于是大院君在日本人的扶持下第三次上台摄政。闵妃集团再次倒台，闵泳翊、闵泳骏、闵应植、闵炯植、闵致宪、金世基等闵妃集团官吏被逐出朝廷，有的甚至被流放到远方恶岛。
另一方面日本则指使大院君政权断绝与清朝的关系，将朝鲜强行拉入日本阵营。于是两天后，即7月25日，日本在丰岛海面袭击清军运兵船，挑起了中日甲午战争。闵妃尽管已经失势，但日本仍然感到她的威胁。于是日本人又策划了李埈镕谋逆事件，企图扶植大院君之孙李埈镕夺取王位。但大院君与日本貌合神离，并不支持这个行动，日本也只好作罢。
之后日本又发现了大院君在平壤战役中向清军传递情报的信件，于是彻底废弃了大院君，转而收买闵妃。日本公使井上馨向闵妃贷款三百万元，可闵妃却将这些钱暗中拿去买新式武器，另外当时闵妃主张“朝鲜中立论”，在汉城成立了贞洞俱乐部，作为西方各国驻朝外交官的会所，并利用这个俱乐部四处游说欧美列强，帮助朝鲜获得独立地位以至承认朝鲜为永久中立国。闵妃的这些行为让日本人愈发感到了她对日本吞并朝鲜的阻碍和威胁。
日本先是利用朝鲜内部的亲日派来剪除闵妃。高宗三十二年（1895年）五月，曾参与甲申政变的亲日内阁内部大臣朴泳孝企图谋杀闵妃，事泄后朴泳孝被迫亡命日本。闵妃趁机解散了亲日内阁，重新获得政权，成立了以朴定阳为首的“贞洞派”亲西方内阁，并利用俄国向日本施加压力，迫使其撤走在朝鲜的军队。从这时起，日本便开始策划杀害闵妃的行动。而闵妃亦有所察觉，下令解散日本训练的训练队，改以自己的亲信洪启薰为队长的侍卫队以拱卫宫廷。这件事成为了日本杀害闵妃的导火线。
日本人做好了杀害闵妃的准备，他们先收买了以亲日分子禹范善为队长的训练队，让他们作为前锋入宫，又挟持了大院君，以造成大院君发动政变的假象。高宗三十二年（1895年，农历乙未年）八月二十日（10月8日）凌晨，在日本驻朝公使三浦梧楼的策划下，日本陆军中佐楠濑幸彦、公使馆武官冈本柳之助等率领数百名日本浪人、500名日军守备队和1000名日本训练的朝鲜训练队冲进景福宫，遭遇朝鲜侍卫队的顽强反抗。但侍卫队只有200人，且没有配发到新式武器，故很快被日军击败，洪启薰战死。攻占景福宫的日本人一路闯入长安堂，挟持高宗，逼迫其在亲日派拟好的《王妃废位诏敕》上签字，废闵妃为庶人；一路则攻进闵妃的住所乾清宫，四处搜寻闵妃。日本专门派浪人行动，目的就是避免政府参与。日本浪人在搜寻闵妃的过程中杀死了不少宫女和宦官，甚至杀死了前来劝阻的宫内府大臣李耕植。
最终，一名叫中村楯雄的日本浪人在玉壶楼的集玉轩发现了躲藏的闵妃。他凶狠地扯着闵妃的头发，将她拖出来，顺手就是一刀，闵妃试图反抗，她嘴里喊着世子，另一名浪人又一刀砍下去。暴徒们将奄奄一息的闵妃放在木板上，让宫女来确认。
证实闵妃的身份后他们就轮 奸闵妃，并最终将她乱刀砍死。历史上将这次事件称为“乙未事变”。
根据日本作家角田房子所着《明成皇后——最后的黎明》记载：明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件，暴徒们高喊着“闵妃在哪里”冲进宫中，在一群被吓呆的宫中女官中，他们选出两名美貌者残忍杀害，其中一人在太阳穴处留有出过天花的痕迹，他们认出就是闵妃。杀人者中的一人后来承认那是非常残暴的行为，杀害明成皇后之后又对她的尸体施以了用言语无法形容的暴行。
日本人销毁罪证：焚烧尸体
为了销毁罪证，日本人杀害了闵妃以后，还将她的尸体焚烧，把骨灰丢进了池塘里。因此现在闵妃的陵墓内没有她的遗体，而是残存的一点骨灰和生前所用的衣履而已。
杀害闵妃后，日本罢免了朴定阳等亲西方大臣，又迫使大院君组阁，但大院君早已心灰意懒，于是日本人扶植金弘集第三次上台，成立亲日内阁。虽然日本人极力将乙未事变掩饰成朝鲜内部的政变，是大院君雇佣日本浪人杀害闵妃，与日本政府无关；谁料日军行动的全过程被两个西洋人目击，一个是当时在宫中的美国军事教官，另一个是俄罗斯技师。两人向外通报了事件，在汉城的各国公使强烈抗议日本的行为。
日本政府一面指使亲日政权收回将闵妃废为庶人的谕旨，追封为“嫔”，以缓和朝鲜国内外的舆论压力；一面慌忙把包括三浦梧楼公使在内的48名凶手“逮捕”，但只是做了个形式上的审判，凶手们被判无罪。日本国民还把他们当成凯旋的将军来迎接，日本人的残忍和虚伪可见一斑。
乙未事变的真相被公布以后，极大地伤害朝鲜人民的民族感情，接着金弘集内阁又发布了断发令，压抑已久的朝鲜人终于掀起了反日的怒潮。他们高呼“为国母报仇”，纷纷起兵反抗，史称“乙未义兵”（即第一次义兵运动）。建阳元年（1896年）2月10日，高宗乘妇女的轿子，逃离被日本人控制的宫廷，来到俄国公使馆，史称“俄馆播迁”。“俄馆播迁”后，高宗下令诛杀亲日内阁大臣，金弘集、郑秉夏、鱼允中先后被愤怒的民众所杀，其余亲日分子逃跑，日本在朝鲜的扩张亦得到一定遏制，算是为闵妃报了一点血海深仇。
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