相比北城的顽强抵抗南城的八路军进展就顺畅的多，经过两个小时的战斗。城南的八路军已经攻占了衙门和军营，结果一个主官都没有。剩余的都是小职员，八路军来了也不抵抗，乖乖投降，都十分配合。
城南的八路军占领南城后马不停蹄的开始包夹北城的守军。北城守军被两面夹击后，开始捉襟见肘。军心也开始慢慢涣散，在一个院子里，一个参谋说：“团长，城南的八路军已经将咱们包夹了，说明咱们彻彻底底成为孤军了。”
参谋长说：“团长，咱们继续下去就是白白牺牲战士们的性命，已经没有反抗下去的意义了。”
团长像泄气的皮球一样瘫坐在椅子上说：“是啊，旅长虽然带我不薄。但是我也算对得起他了，南城的八路军都包夹咱们了，还没有接到旅长的命令，他十有八九是跑了。通知下去，打白旗投降吧。”
八路军看见被包夹的部队举了白旗，全都停止进攻。接收投降的八路军并没有为难对方，虽然有很多战友死在对方手里，有很多战士很激动。但都被指导员和老兵劝住了，直到最后一队八路军战士押着北城守军团级指挥部出来，巴彦淖尔的战争已经结束了。
整个战斗持续三个多小时，中午十二点开始。不到三点半结束，八路军杀敌俘虏一共4500多人，自己损失一共不到1000人。其中城北损失600多人，损失最大。
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