埃琳娜通过实时成像数据与模拟结果的对比，发现了这个关键的协同效应。
第三个发现则是超越SFR-1的“影子网络”。
利用升级后的动态网络模型，在“神威”上对更大范围的相互作用组数据进行挖掘时，赵栋团队发现，与SFR-1存在强关联的，并不仅仅是已知的几个候选蛋白。
模型预测出一个由数个之前被忽略的、丰度较低或相互作用较弱的蛋白组成的“影子网络”。这个网络似乎与SFR-1存在功能上的互补或备份关系。
这很可能就是陆时羡之前提到的，更复杂的‘调度网络’的雏形，很显然，SFR-1可能只是这个网络中最突出、最容易捕捉的一个节点，而不是全部。
这些发现，每一个都足以形成一篇高水平的论文。
但它们此刻都被严格保密，作为后续决定性冲刺的弹药。
科尔德斯普林发表的PNAS论文，在陆时羡团队基于“神威”获得的这些新认知面前，显得如此单薄和表面他们仅仅抓住了SFR-1最显而易见的那部分功能，却完全错过了其背后更为精妙的调控逻辑。
在“神威”上运行的这两个多月，对陆时羡团队而言，不仅仅是一次算力的提升，更是一次全方位的淬炼。
他们不仅获得了颠覆性的新数据和新假说，更重要的是，他们提前熟悉了E级超算的编程模式和思维方式，为未来“方舟”的投入使用积累了宝贵的经验、优化了核心算法、甚至培养了一支能打硬仗的计算生物学团队。
陆时羡站在计算中心的大屏幕前，看着代表计算任务进度的光流如银河般奔涌。
他知道，科尔德斯普林此刻或许仍在为他们抢先发表的成果而沾沾自喜，国际学界或许仍在看衰繁缕的未来。
但他们不会知道，在东方这片土地上，一台国之重器正为一项绝密的研究开足马力。
他们更不会知道，他们以为的终点，在陆时羡的眼中，早已只是一个微不足道的起点。
时间来到2025年的10月。
金秋的江南，天高云淡。位于长三角生态绿色一体化示范区的“方舟”生物超算中心，如同一片巨大的、泛着金属冷光的繁缕草叶，静静地卧在湖畔。
在经历了近二十四个月、几乎是二十四小时不间断的加班加点后，这台承载了无数期望与压力的国家重器，终于宣告一期工程正式竣工并完成初步调试，可以投入试运行。
这一天，繁缕研究院核心团队几乎全员到齐。陆时羡、罗伯特·莱夫科维茨、埃琳娜·沃森、赵栋梁，以及所有参与了前期“神威”攻关和“枢纽蛋白”项目的研究员们，齐聚在“方舟”的主控室内。
空气中弥漫着一种混合了紧张、兴奋与庄严的情绪。
主控室前方，是巨大的弧形可视化屏幕，下方是简洁的控制台。
与“神威”那种充满工业力量感的风格不同，“方舟”的主控室更显精密与未来感，灯光柔和，环境噪音被控制在极低的水平。
华国发改委、科技部，以及“方舟”建设方的总工程师也莅临现场。
简单的启用仪式后，象征性的水晶钥匙被交到了陆时羡手中。
没有过多的喧哗，所有人的目光都聚焦在那块即将点亮的主屏幕上。
“陆院士，‘方舟’一期，总计1.7 Exaflops的峰值算力，生物专用架构，现已就绪。请下达第一个正式计算任务！”超算中心主任郑重宣布。
陆时羡深吸一口气，与罗伯特和埃琳娜交换了一个眼神，点了点头。
他走到控制台前，接入自己的加密权限，从随身携带的固态硬盘中，调出了那份凝聚了他们在“神威”上数月心血的、关于“枢纽蛋白”最核心也最大胆的猜想与数据包。
“启动‘方舟’任务序列T-001。项目代号：‘天网’。
加载‘枢纽蛋白多维验证与网络推演’数据集。”陆时羡的声音平静，却清晰地传遍了寂静的主控室。
巨大的屏幕上，数据流开始如瀑布般倾泻而下，但又以一种前所未见的、高度组织化的形式呈现出来。
与在“神威”上需要深度优化才能勉强运行不同，这些为生物学问题量身定制的计算任务，仿佛游鱼归海，几乎是无缝地、丝滑地被“方舟”的系统接纳、分解并开始执行。
第一轮进行验证的课题是SFR-1的“双面人格”与变构调控。
在“神威”上，他们通过片段式的微秒级模拟，猜测SFR-1可能存在与不同GPCR状态结合的“双面性”。
而现在，在“方舟”上，他们首次启动了全尺度、长程（毫秒级）的分子动力学模拟，将完整的SFR-1蛋白、嵌入脂质双层的多种GPCR构象包括激活、失活、中间态等等、以及关键的脂质分子和小分子配体置于同一个模拟体系中。
相对于传统超算，结果几乎是瞬间涌现。
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