大明鲁军统帅张名振和监军使张煌言侥幸逃至上海城中，计点军士，原本出征时的鲁军主力六万余人、战船千艘，如今还剩下五千余人、伤兵三千和船只百余艘。
这一次大战，明鲁军的精兵猛将损失巨大，张名振十余年苦心孤诣搜集起来的猛士良将仅仅剩下罗蕴章一人。
定西侯张名振与监军使张煌言抱头痛哭，这次的损失实在是太大了，他们也不知道为何情况变成了如此糟糕。
只是眼下不是自叹自艾的时候。
为了尽快地从清军的包围圈中撤退，痛定思痛的张名振和张煌言不得不下令放弃伤兵，开始组织兵力从上海城撤退。
明军离开后，滞留在上海城内的明军伤兵三千余人被清国江南巡抚土国宝下令全部就地处死。
而选择离开的明军也好不到哪里去，他们乘船刚刚离开吴淞口，准备航向舟山，途径崇明外海时，被清军崇明左营游击仝光英和崇明右营游击陈定率领的水师联合击败，明军将领阮骥战死，士兵更是损失了四千余人。
张名振、张煌言率领鲍国祥、阮美、罗蕴章、阮骏等将以兵数百人历经千辛万苦终于撤退至岱山，并在这里见到了秘密躲在此处的鲁监国朱以海。
朱以海闻听明军六万人马出征，返回时不足六百，那种感觉就像是天塌了一般。
鲁监国朱以海顿时大哭出声，惹得张名振和张煌言等人急忙伏地请死。
朱以海逐渐镇定下来，他当然不能杀害自己的股肱之臣张名振和张煌言，反而温和地安慰了一番，要求他们尽快协调其他两路人马，争取将正面的清军打败。
只是上天好像是在开玩笑一样，正面的明鲁军的防守也发生了令人啼笑皆非的场景。
原本率领明军水师偏师的荡胡侯阮进，与大明平夷侯周鹤芝一起和衷共济，连续打退了清军前锋将领张杰组织的数十次进攻。
明军主将阮进更是如同一头猛虎一般，始终奋战在第一线。
阮进命令部下近距离发炮：
“来人，给我瞄准敌船的桅杆，使劲打！”
阮进的部下还是很听话的，准确无误的将实心弹和点燃的大火球朝着清军船只打了过去，但是命运弄人，或许是两船距离太近，加上清军船只的桅杆和帆布韧性极强，竟然将明军打出去的大火球给反弹了回来，正好砸中了明军主将阮进所乘坐的旗舰，顿时引燃了明军旗舰上的火药，燃起大火，导致船上的阮进被大火烧伤，不得不跳入海中扑灭大火，却不幸被路过的清军士兵用钩镰枪从水中捞起。
次日，伤重的明鲁军重要将领阮进不屈而死。
清军趁机发动猛攻，发炮将明军旗舰的大纛旗扯断，后方的大量明军船只见状顿时大惊失色，在各级明将的率领下纷纷向后撤退。
清军方面看到明军的阵营出现松动和后退，原本还在后方观战的清国平南将军、固山额真金砺亲自带着汉军镶黄旗固山额真刘之源和浙江绿营提督田雄，率领船队开始冲击明军大阵。
明军水师的副统帅平夷侯周鹤芝，在阮进受伤昏迷时，正在阵后压队，看到情况有变，急忙传令副将李让率领亲信船队向北进发探明情况。
只是清军来势迅猛，很快便将阮进的旗舰俘虏，明军将领李让见到明军赖以维系士气的统帅阮进失陷，明白大势已去，本来就是已故肃虏侯黄斌卿的副将的他，非常具有大局观，一面派人告诉平夷侯周鹤芝立刻撤退，一面率领少数勇敢的船只迎着清军主力船只反攻了过去，想要尽可能挽回颓势。
尽管明军副将李让已经非常勇敢，但是终究寡不敌众，很快便被清将田雄带队所杀。
明军将领李让的将旗倒下后，负责明军水师中军的总兵金允彦再也没有了继续抵抗的勇气，率领部下明军将领章云飞、尹文举、蔡应选、涂登华、周名臣、郑国化等，带着大量的船只向清军投降。
大明平夷侯周鹤芝再也支持不住，急忙率领剩余的船只一百余艘，向后急速退去，半路上正好遇到了匆匆赶来的张名振和张煌言，彼此叙述了战况，都是痛哭不已。
张名振和张煌言果断向前，利用自身的威望，再次招揽了数十艘明军水师船只向自己靠拢。
只是明军水师各部人马已经人心惶惶，全不堪战，不得不暂时撤入岱山进行休整，希望养精蓄锐以后再来解救舟山城。
在朱以海和张名振的眼中看来，舟山城汇聚了最为精锐的火器部队，加上城墙坚固，坚守个把月应该不成问题。
只是清军的进军速度实在是太快，完全打乱了明军的节奏。
此时的清军前线总指挥已经从田雄和张杰变成了金砺和刘之源，作为老牌的汉军旗将领，金砺和刘之源身经百战，作战更是迅猛无比，他们利用投降的明军为先导，很快攻克了舟山的前沿阵地。
明军将领定海总兵王培元被清军的进攻所吓倒，率领所部人马千余人投降，清军得以兵不血刃地来到了舟山城下，并迅速将舟山城包围。
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