九月二十八日，天主教起义军在九州岛中部平原决战进入了尾声，战斗最后是以肉搏战的方式进行的，铁炮军的个人武艺比萨摩武士要差一些，但是他们都是三五个人一组配合拼刺刀，反而略占上风，不过人数劣势让铁炮军也是伤亡越来越大，萨摩武士的个人武勇发挥的淋漓尽致，虽然初期造到了火枪齐射的打击，损失大于铁炮军，但是进入肉搏战后双方基本上是势均力敌，难分上下，惨烈的肉搏战持续了二个小时，最后铁炮军还剩下二百多葡萄牙雇佣兵教官和不到一千的伤兵，而萨摩武士虽然还有一千多伤兵，但是在所有领主阵亡的情况下，回去也没有好果子吃，萨摩藩也会被取代，所以武士们投降了，不过不是向天主教起义军投降而是向人民军投降，人民军济州岛特区的山地旅在最后进入了战场。
天主教起义军兵力损失殆尽，天草四郎也战死，此刻是群龙无首，在葡萄牙教官的劝说下最后也投降了人民军，九州岛决战双方天主教起义军和萨摩藩军没有一个赢家，人民军占领了九州岛，九月底人民军边防部队和工作团纷纷进入九州岛，九州岛的天变了！
原本历史上岛原起义被幕府镇压后天主教徒基本上被杀光，幕府对天主教进行残酷的镇压，并且禁止天主教在倭传教，开始长达二百多年的闭关锁国政策，一开始连对外贸易都禁绝了，回来只允许荷兰和大明商船进入长崎港进行贸易，直到明治维新。现在这个时代，对倭贸易是华夏在掌控，幕府已经没有了实力进行全国的统一行动，所以天主教徒的结果不会再是那么悲惨，今后经过华夏的思想改造后，每一个天主教徒都会有一个光明的未来！
本州岛的混战在幕府军加入后快速分化，形成了三个大的军事同盟，本州岛东南部的幕府同盟，本州岛西北部的熊本藩联盟，本州岛西面的织田同盟。而四国岛恰如其名，分裂成四方势力互相攻伐，不停的上演结盟背叛再结盟再背叛的反复争战中，无休无止！
进入1638年底，本州岛的局势明朗化，熊本藩联盟和织田同盟联手围攻东京都，在最初的野战中，消灭了一半幕府军，剩下的四万幕府军退入东京都固守，一场东京都攻防战拉开了序幕。
东京都，是倭国幕府的所在地，位于本州岛关东地区。东京都古称江户，城市始建于康正三年（1457年）。庆长八年（1603年），德川家康在江户城建立幕府。
康正三年（1457年），奉京都足利幕府之命，武藏国川越城（今埼玉县）城主上杉定正始建江户城；由于关东平原被山和海所环绕，上杉定正的家臣太田道灌将此处选为城址。
天正十八年（1590年），德川家康受封进入江户城。
庆长八年（1603年），随着德川家康在此建立幕府，江户成为了日本的政治、经济中心。
经过近四十年的发展，江户城已经是倭国最繁华的城市，虽然规模还比不上天皇所在地京都城大，但是掌握倭国政权的德川幕府在此几十年的发展，又背山靠海，经济总量已经是倭国第一。
如果不是华夏的打压，德川幕府的实力甚至可能成为东亚的一霸，经过华夏十多年的分化瓦解和打压，幕府的实力已经衰落的了一个极点，不然也不会全国叛乱，内战不止，现在德川家光在江户城内惴惴不安，暂时守住江户城不是问题，但是长期坚守就是大问题！兵力不足，难以支持长期消耗，粮食物资也不能坚持太久，毕竟贸易和海运掌握在华夏手里，陆路交通全部阻断，只有海运才能维持的长久一些，而华夏的答复迟迟不来，让德川家光的心七上八下不得安稳，另外军火武器的消耗补给，现在是除了华夏也再没有谁能帮上幕府一方了！华夏的使者在十二月二十日抵达江户，带给德川家光一份协议书，只要德川家光签字盖章，华夏就出兵帮助幕府叛乱，保留德川家的生命财产安全，但是德川幕府必须宣布废除幕府将军名号，把倭国治理权转交给华夏，并且废除天皇年号，倭国作为华夏的附属国可以继续存在，但是德川家光的权力也全部被收走了！不过好赖命是保住了，财产也一分不少留给了德川家族，现在就看德川家光的选择了。
德川家光原本准备委曲求全，换得德川幕府的一线生机，让出大部分权力可以，废除幕府将军万万不能！所以德川家光拒绝了华夏的协议，准备背水一战！
十二月二十九日，熊本藩联盟、织田同盟发起了对江户城的总攻，他们从华夏购买的十二磅野战炮集火向江户的南门、东门轰击，在发射了近四千发炮弹后，江户南门轰然倒塌，接着是东门，之后熊本藩联盟、织田同盟联军攻入江户城，激烈的巷战开始了，联军的伤亡突然加大，熟悉地形的幕府军从房顶上、背后的院子里、地下形成立体攻势，不断消灭联军。联军进入江户城后，攻势已成强弩之末，纷纷开始抢劫，杀人放火，甚至为了争夺财物互相火拼，城内大乱，反而是人数不多的幕府军在局部地区占了一些优势。
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