一、即位之初
林丹汗即位之时，正值蒙古内部权力分散且外部压力重重的关键时刻。万历三十二年（1604年），年仅十三岁的林丹汗继承了汗位，成为蒙古大汗，他继承的是一个已经衰败的汗国。此时的蒙古汗权不再像昔日那样强大，各部落各自为政，其中科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯等部已经不再完全服从于蒙古大汗的指挥，而仅仅是名义上的共主。这些部落中，有的已经倾向于独立，有的则与后金有着密切的联系。同时，漠西的瓦剌部依然保持着与北元的敌对状态。
林丹汗即位之初，在明朝的官方记录中也有所体现。万历三十四年（1606年）十月，明朝兵科都给事中宋一韩在其奏文中提到林丹汗，称其为“凌丹憨新立”，暗示了林丹汗刚继位不久且尚未树立权威的事实。同时，宋一韩还指出，尽管当时的蒙古内部存在分裂，但由于土蛮（布延汗）去世，明朝暂时得以喘息。宋一韩认为，林丹汗作为一个“穷饿之虏”，尚未获得足够的实力来应对复杂的局面。
次年七月，兵部尚书萧大亨也在上疏中分析了边防形势，提到了林丹汗“幼憨嗣立，懦弱未威”，这意味着年轻的林丹汗尚未能够建立起强大的个人权威来统领蒙古各部。这种描述反映了明朝对林丹汗早期统治能力的看法。
万历三十七年（1609年），辽东巡按熊廷弼在报告中也提到林丹汗“尚不能统众”。这表明，在林丹汗即位后的几年里，他仍然未能有效地团结蒙古各部，也没有足够的力量来应对明朝或者后金的威胁。
二、崛起壮大
林丹汗即位数年后，其威望与实力逐渐提升。万历四十年（1612年），林丹汗首次率军三万侵入明朝边境，虽然此次行动未能取得显着成果，但显示出了林丹汗扩张领土的野心。随后的几年里，他继续加强自己的军事力量，并在万历四十三年（1615年）秋天发起了更加大规模的军事行动。这一年，林丹汗亲自率领数万军队，连续三次袭击明朝边境，从广宁到锦州的战线绵延数百里，声势浩大，明朝方面对此表示震惊，称林丹汗为“虏中名王，尤称桀骜”。
万历四十五年（1617年），林丹汗送回了之前掳掠的明朝人口，并获得了与明朝进行贸易的权利。这一举动不仅缓解了与明朝的紧张关系，也提升了他在蒙古诸部中的声望。
值得注意的是，在万历四十三年（1615年）的军事行动中，林丹汗与内喀尔喀五部盟主卓里克图洪巴图鲁（明朝称为炒花）联手，显示出内喀尔喀已经屈服于林丹汗的控制之下。这一时期，林丹汗采取了一系列措施加强自己的汗权，包括修建都城察汉浩特（意为“白城”，位于今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗境内的查干浩特城址），并使用《图们汗法典》约束诸部，促使漠南诸部重新向大汗朝觐。林丹汗的理想不仅仅是加强察哈尔部的力量，而是要恢复成吉思汗的霸业，这一点从他的尊号“神中之神全智成吉思隆盛汗”、“林丹呼图克图圣武成吉思大明薛禅战无不胜无比伟大恰克剌瓦尔迪太宗上天之天宇宙之玉皇转金轮法王”中可见一斑。
同样是在万历四十五年（1617年），林丹汗在西藏萨迦派僧侣沙尔巴呼图克图的劝说下，从原本信仰的黄教（格鲁派）改宗为红教（萨迦派，广义上与宁玛派、噶举派皆属红教）。当时，黄教已经在蒙古地区传播了几十年，拥有深厚的根基。林丹汗的改宗行为无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对他的离心倾向，这对他的统一蒙古大业产生了不小的阻碍。
三、交恶后金
随着努尔哈赤在东方建立起后金汗国，林丹汗面临了一个新的强大对手。努尔哈赤不仅对明朝构成了威胁，同时也对林丹汗的统治造成了压力。努尔哈赤通过与科尔沁、内喀尔喀等部的联姻，逐步削弱了林丹汗在蒙古诸部中的影响力。
万历四十六年（1618年），努尔哈赤发动了对明朝的战争，明朝在萨尔浒之战中遭受惨败，辽东地区岌岌可危。明朝开始考虑利用林丹汗来对抗努尔哈赤。同年九月，明朝辽东经略杨镐提出了“制东夷在先款西虏”的策略，旨在利用林丹汗的力量来牵制努尔哈赤。随后，户科给事中应震、山西道御史冯嘉会、兵部尚书黄嘉善等大臣纷纷提出“以夷攻夷”的策略，试图通过支持林丹汗来达到牵制后金的目的。
万历四十七年（1619年），努尔哈赤在萨尔浒之战和开原之战之后，率军围攻铁岭。内喀尔喀部中最强大的宰赛率万人支援明朝，但抵达时铁岭已经失守，宰赛在与后金军交战中大败，本人及其两个儿子被俘。同年八月，明朝的重要盟友叶赫部也被努尔哈赤击败，这迫使明朝将注意力转向林丹汗。
同年秋天，明朝派监军王猷带着四千两白银出使察汉浩特，希望与林丹汗结盟。林丹汗起初以病为由不见明朝使臣，并拒绝接受谕帖，试图抬高谈判的筹码。最终双方达成协议，明朝每年提供四千两白银给林丹汗，以换取他对广宁城的保护。次年，明朝将赏银提高到了四万两。
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