一、早年从军
耿仲明的早年经历颇具传奇色彩，他在后金兴起之初便投降了后金，并在那里担任了千总一职。不过，耿仲明并未久留于此，而是率领辽民投奔了明朝的皮岛，加入了总兵毛文龙的麾下。毛文龙非常赏识耿仲明，不仅收他为养孙，还赐名为“有杰”，并让他掌管军中的财务及贸易事务。耿仲明身材魁梧，皮肤黝黑，但手掌却异常白皙，这让他在军中显得格外与众不同。他以勇猛善战着称，同时为人豪爽且机智狡猾，深受毛文龙的信任和倚重。
然而，毛文龙的命运在崇祯二年（1629年）发生了转折，他被督师蓟辽的袁崇焕所杀。毛文龙死后，耿仲明对新任总兵陈继盛并不服气，于是选择离开皮岛，转投登莱巡抚孙元化帐下。在孙元化的麾下，耿仲明与孔有德共事，两人关系密切，孙元化任命耿仲明为中军参将。
到了崇祯四年（1631年），皮岛上发生了一件大事。当时总兵黄龙镇守皮岛，他的部将李梅私下勾结外敌，从事走私活动。事情败露后，黄龙将李梅逮捕入狱。耿仲明的弟弟耿仲裕也在皮岛上任职都司，他借着为士兵们讨要军饷的机会，带领手下士兵包围了黄龙的衙门。耿仲裕强迫黄龙交出李梅，并对其进行了残酷的虐待，打断了他的腿，割掉了耳朵和鼻子，企图置黄龙于死地，幸亏其他将领及时阻止，才没有酿成更大的悲剧。
不久后，黄龙在另一位将领尚可喜的帮助下重新夺回了权力，并下令抓捕了耿仲裕。随后，黄龙上书朝廷，请求追究耿仲明的责任。与此同时，孙元化也向朝廷呈上了奏折，控诉黄龙贪污军饷，指责正是黄龙的贪腐才导致了此次兵变的发生。此事引起了崇祯皇帝的关注，他派遣使者前来调查此事，试图查明真相。
后来，明朝大臣杨嗣昌对此事发表了自己的看法，他认为这起事件实际上是孙元化与黄龙之间权力斗争的结果。整个事件不仅揭示了明朝末年地方官员间的矛盾和腐败现象，同时也暴露了中央政府对地方控制力的削弱。耿仲明及其弟弟耿仲裕的行为，虽然出于个人恩怨，但也反映了当时军中普遍存在的混乱状态。
二、作乱登州
崇祯四年（1631年）的冬天，孔有德等将领奉命出兵抵御后金，但在行军途中却发生了吴桥兵变。孔有德率领军队返回山东，意图攻打登州。起初，孔有德希望能够得到明朝政府的安抚，孙元化作为登莱巡抚，主张采取安抚政策，命令耿仲明前往城外的教场进行安抚工作。
按照计划，孙元化希望将城外教场居住的辽兵家眷迁入城内，以便腾出空间供步兵使用。然而，登州的士绅阶层对辽人持有歧视态度，拒绝让辽人及其家属进城。这种歧视性行为引发了辽兵的不满，据传士绅甚至对城内的辽兵进行了搜剿和杀害。在这种背景下，耿仲明利用了辽东同乡的情感纽带，充当了孔有德的内应，于翌年的正月初三献出了登州城。孔有德占据登州后，自立为元帅，并任命耿仲明为总兵官。同时，耿仲明还杀害了驻守登州的总兵黄龙的家眷。
随后，孔有德继续率军攻打莱州，留下耿仲明镇守登州。耿仲明在此期间多次击退了前来进攻的官军。天津的裨将孙应龙声称与耿仲明有着深厚的友谊，甚至可以劝说耿仲明捉拿孔有德归降。天津巡抚郑宗周听信了孙应龙的话，于崇祯五年（1632年）四月派遣孙应龙率领两千人从海上前往登州，意图离间耿仲明与孔有德的关系。
耿仲明得知这一消息后，决定将计就计。他制造了一个假象，让人相信他已经杀了孔有德，并将假的首级展示给孙应龙看。当孙应龙进入登州城时，耿仲明率军突然出击，不仅斩杀了孙应龙，还将他的部众全部消灭，并缴获了明军的大型战船，以此组建了自己的水师。
三、降金封王
随着明朝官军不断加强攻势，孔有德、耿仲明等叛军逐渐陷入困境。到了崇祯六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放弃登州城，撤退到海上。明朝的将领黄龙、周文郁等率各路官军紧追不舍，使得耿仲明等人处于极其不利的地位。
耿仲明作为曾经投降后金的逃将，最初并不愿意再次归降后金，而是提出了修复南关、重建金州的建议，以此来赎回自己的过错。然而，由于与黄龙之间的仇恨，耿仲明意识到除了投奔后金之外别无他途。同年四月，孔有德、耿仲明等人最终决定渡海来到辽东，归降了后金。后金大汗皇太极亲自率诸贝勒出盛京十里迎接他们，并给予了他们女真人最为隆重的“抱见礼”，显示了对他们极大的尊重和欢迎。皇太极不仅授予耿仲明总兵官的职务，还将他们带来的军队命名为“天佑兵”。
投降后金之后，耿仲明与孔有德之间出现了矛盾。耿仲明侵夺了孔有德的部分部众，导致孔有德的部下向孔有德投诉。孔有德因此弹劾耿仲明。面对这种情况，耿仲明主动上书认错，并请求将侵夺的部众归还给孔有德。皇太极对此事高度重视，下诏嘉奖孔有德，并命令耿仲明善待自己的部下，不得重蹈覆辙。当天，皇太极邀请二人入宫并设宴款待。
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