王敦的突然起兵，给王导带来很大困难。他每天一早就带上兄弟子侄在皇宫门前请罪，以避免举族受诛。在周顗的极力保举下，司马睿任命王导为前锋大都督，同时命戴渊、周顗、王邃分别统军。他还命右将军周札与刘隗分别守卫建邺城的两个军事要塞——石头城和金城（今江苏南京东北，长江南岸处89
）。此外，司马睿还下诏命梁州刺史甘卓、广州刺史陶侃分领荆、江二州，从后方攻打王敦。然而当王敦进抵建邺时，周札却献上石头城投降。刁协、刘隗、戴渊等人接连发起反攻，最终以失败告终。
当王敦成功攻入建邺后，放兵四处劫掠。司马睿无可奈何，只得派人转告王敦：“如果你没有忘掉朝廷的话，请马上息兵。你要有别的打算，我可以退居琅邪国为你让路。”司马睿见到败退回宫的刘隗、刁协，拉着他们的手，痛哭流涕。他亲自准备了马匹、人力，催促他们逃走。后来，刘隗投奔石勒；年迈的刁协在中途被人杀死。43
不久，在建邺之外反对王敦起兵的各路州镇也陆续遭到失败，司马承、甘卓先后被杀，陶侃退回广州。7
忧愤而死
王敦控制朝政后，先后杀害戴渊、周顗等人，并随意进退内外群臣。他还把司马睿软禁在宫中，取消了人身自由。永昌元年（322年）四月，王敦退军还武昌，临行前又在建邺设置了留府，以控制朝廷。不久，王敦加领宁、益二州都督，并把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。在王敦看来，改朝换代只是时间早晚的问题。7
面对王敦的控制与羞辱，司马睿感到极度痛苦，心力交瘁，最终在永昌元年闰十一月己丑日（323年1月3日）病死在宫中，时年四十七岁。谥号元皇帝（“谥法”称“始建国都曰元”44
），庙号中宗，安葬于建平陵。遗诏由太子司马绍继位，是为晋明帝。2
临终前，司马睿选择王导作为顾命大臣，希望他效仿曹魏陈群辅佐魏明帝的故事，做新帝司马绍的“陈群”。45
明帝即位两年后，依靠其他大族的支持，将第二次起兵企图篡夺帝位的王敦击败，终于平息了王敦之乱。
为政举措
政治
在司马睿称帝立国的过程中，琅邪王氏出力尤多，对其政权建立作出了很大的贡献，故东晋初号称“王与马共天下”。但司马睿即位后，对这种状况十分不满，力图重建皇权的威严。45
为此进行了一系列的行动。
以法御下
司马睿“好刑名家”46
“用申韩以救世”47
，采用法家的法治政策。他通过惩处一些不守法的官员，以显示皇权的威严。太兴元年（318年），司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏奉公守法，“抑齐豪强”，安抚百姓，查实户口，劝课农桑外，还要求“州牧刺史当互相检察”，如果不举荐奉公、惩罚贪赃者，将受到责罚48
。通过这份诏书，司马睿向天下表明了以法治国的理念和加强皇权的决心49
。他还亲自下令重罚了亲信宋典、永康县令胡毋崇90
，处决了桂阳太守程甫（王敦的亲信）、徐州刺史蔡豹等数名违制的官吏，以示惩戒
7
。刘隗在元帝以法御下的政策下，弹劾了王籍之、颜含、王虞、王彬、周嵩、周顗等官员，打击了士族的气焰，展示了皇权，使“王氏深忌疾之”50
。
同时，司马睿也选用刘隗、刁协等支持振兴皇权的人士充任左膀右臂。他的许多意图都由二人执行。在选官用人方面，他采纳了尚书陈税“宜渐循旧制，试以经策”的建议，并且下诏规定，若太守和刺史荐举官员不善，则免官91
。以此改变由士族控制官员任命的现状，加强中央政府的权力。49
司马睿以法御下，又重用刘隗、刁协，疏远王导，这表明了他要摆脱“仲父”的约束，从而建立君臣之道的态度。49
调整中枢
司马睿为加强皇权，还试图通过调整中枢机构及其人员安排，进而掌控中枢。魏晋时期的中枢机构一般由参谋（决策）系统和行政（执行）系统组成。东晋的参谋系统主要有中书省、门下三省（散骑省、门下省、侍中省），主要官员有中书令、中书监，侍中、散骑常侍；行政系统由尚书省构成，主要官员有录尚书事、参录尚书事、尚书令、尚书左右仆射。49
当司马睿即位后，北来士族的代表人物王导被任命为骠骑将军、散骑常侍、都督中外诸军事、中书监、录尚书事、扬州刺史，以一人身兼数职，既是参谋系统的主要人物，又是行政系统的主要指挥者，对司马睿加强皇权是一个很大的障碍。对此，他调整了中枢机构的人员安排。司马睿即位的第二个月，即命太尉荀组与太保西阳王司马羕兼并录尚书事；即位的三个月后，又任命刁协为尚书令，分化王导的行政权。在参谋系统，司马睿也对中枢机构作了调整。在机要之地中书省，王导任中书监，权势极大。为此，元帝将中书省并入散骑省，以削王导决策权。中书省并入散骑省后，门下省的职权扩大，逐渐成为“喉舌之要”51
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