在别无他法的情况下，王重阳只能根据“先天功”的功法特点，果断地去掉了其中需要双丹田辅助修炼的部分，精心创造出了一门适合普通弟子修炼的内功心法——“全真心法”。虽然这门心法对于普通人来说已然足够强大，但与其他内功心法相比较，并没有展现出明显的优势。这也是为什么一向自负的独孤求败始终坚定地坚持不改“先天功”的关键原因所在。
如果没有先天功的辅助，那么全真派里就没有人能够练成一阳指。这就意味着，全真派仅凭全真心法和全真剑法等普通武功，在江湖上想要崭露头角，简直难如登天，更别提成为那顶尖的武林门派了。
面对这种令人焦头烂额的困境，王重阳心急如焚。他深知，如果不能寻觅到一门绝顶的内功功法，全真派将永远无法崛起，只能在江湖的洪流中逐渐没落。
在苦苦寻觅的漫漫长路中，王重阳意外地发现了《九阴真经》这本绝世秘籍。他瞬间意识到，只有成功得到这部经书，才能引领全真派踏上那巅峰之路。于是，他毅然决然地参加了第一次华山论剑。
靠着自己那强大无匹的实力和独步天下的一阳指，再加上先天功的强大加持，王重阳在华山之巅展现出了令人惊叹的实力，以摧枯拉朽之势击败了其他四位顶尖高手，成功登顶天下第一人的宝座。同时，也如愿以偿地夺得《九阴真经》。
王重阳满心欢喜地回到全真教，他原本满心期待地打算把《九阴真经》当作全真教的传家之宝，毫无保留地传授给门下弟子。然而，当他满怀激动地翻开《九阴真经》时，却发现其中的梵文总纲晦涩难懂，难以理解。由于这个意想不到的原因，他误判《九阴真经》是一部过于阴毒的武功秘籍。为了避免弟子们误入歧途，他当机立断，决定将其封存起来，并严厉禁止全真教弟子学习。
在南宋时期，有一个名叫黄裳的人，因其博览群书而被皇帝亲自任命为校对道藏，从而对道教的经典着作有了极为深入的了解。后来，他被朝廷派遣去剿灭明教，但却不幸遭到了武林高手的围攻，最终导致全家惨遭杀害。黄裳心灰意冷，隐居于深山之中四十余年，苦心研究敌人的武功，最终呕心沥血地写成了《九阴真经》。这部真经涵盖了各种武功秘籍和深奥的道家思想，其中就包括了那篇神秘莫测的梵文总纲。
时间来到了南宋末年。郭靖机缘巧合之下得到了《九阴真经》的全文，并通过不懈的努力修炼成功。而后来那位生性顽劣的老顽童周伯通也有幸去过西域，最终成功解读了《九阴真经》的梵文总纲，从而练成了九阴真经。但由于受到王重阳的谆谆教导，周伯通不敢将这门绝世神功传授给全真派的弟子们。
南宋末期，全真派逐渐走向衰落。当全真派传到丘处机手中时，他们不得不依赖于元朝政府，无奈地成为了统治阶级的工具。到了元代，全真教传到火龙真人手中时，《九阴真经》早已消失得无影无踪。此时，全真教已经开始衰败，往昔的辉煌已然不再。不过，火龙真人凭借着高深的内功以及一番别有奇遇的经历，才能勉强维持住全真派作为四大门派之一的地位。
独孤求败在临终之前，将自己三十年来于终南山闭关时对修炼内功的深刻感悟全部记录了下来，这便是后来流传于世的《后天功》。这门功法由独孤求败亲自传授给了他唯一的徒弟王重九。那时的王重九已经年逾五旬，但因为独孤求败后期将全部心思都放在了如何提升内功之上，对于教导弟子并不上心，所以王重九并未学到多少武功，只是学到了一些医术和毒药方面的知识。平日里，王重九也只能依靠这些来消磨时光。
看完《后天功》后，王重九谨遵师父的吩咐，将其遗体庄重地埋在了终南山，并怀着复杂的心情离开这里，独自前往位于贵州东部的西江苗族古寨。
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