杨素继续顺江而下，陈朝守将吕仲肃奉命屯守于长江西陵峡口。他为了激励士气，将自己的全部财产捐出充军，陈军因此斗志颇高，防御非常严密。杨素在40余次的猛攻之下伤亡惨重。
当时，陈朝士兵为了邀功，割下了隋军俘虏的鼻子。
杨素于是利用对方的残忍激怒士兵，士兵们因此拼死奋战，吕仲肃最终战败逃走。杨素对陈朝的俘虏依然不杀不辱。
后，杨素的军队士气越发高昂，继续顺江而下，势如破竹。他的优抚政策也发挥了重要作用，最终控制了整个长江上游地区，保障了下游主力的渡江作战。
因战功卓着，杨素被晋封为越国公，获益3000户，其子杨玄感被封为柱国。
隋灭陈朝统一中国后，杨素规定江南所有人，无论男女老少、贫富贵贱，都必须背诵一本名为《武教》的书籍。此书关于五种人伦道德的教育引起了广大江南百姓的不满。
再加上南方豪强对隋朝实行的限制政策本就不愿接受，便利用百姓的不满发动起义，规模达到了数万之众。
面对如此严峻的形势，隋文帝命杨素为行军总管，率军平叛。杨素于是先后击败了多股起义势力。
隋文帝后来考虑到隋军的战争时间较长，应该休养生息，便命杨素领兵回朝。然而，杨素决定继续剿灭义军，拒绝了隋文帝的诏令。
在此期间，他一共杀死和俘虏的义军多达30多万。隋文帝对此非常高兴。平定起义之后，杨素被封为尚书右仆射，与高颎共同统掌朝政。
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