由于小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便催眠了小智的妈妈，并将她绑架进结晶塔充当小美的妈妈。
小智此时已经无法置身事外，必须设法驱除未知图腾们，解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。
小智、小霞、小刚还有他们的宝可梦在小凌给予的宝可装置的帮助下，一边同在宝可梦中心的大木博士保持联系，一边向着结晶塔进发。
跟踪皮卡丘而来的火箭队三人组也尝试着调查宅邸，结果被炎帝击飞掉入了宅邸深处。
小美在电视里看到小智一行人并进入了梦乡，幻想着她成为了一名宝可梦训练家。
由于在电视中看到小智，花子不被炎帝注意到地从恍惚中摆脱了出来。
随后炎帝在梦境中制造了成年的小美并带她向小智一行人挑战。
为了拖延时间，小刚让小智和小霞先行离开，自己留下与小美对战。
但小美幻想的宝可梦们实力远胜小刚；随后小美又幻想自己成为了一名道馆馆主，与小霞进行了水下友谊赛，但胜负未决。
小智终于找到了小美和花子，但是此时小美心灵已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，厚重的心防使得小美拒绝同小智离开结晶塔。
炎帝阻止小智同花子离开，并向小智发动了攻击。
炎帝虽然是被未知图腾所召唤出来的。
但炎帝不仅仅拥有炎帝的外表，同样也拥有着炎帝的实力。
小智与皮卡丘根本就不是炎帝的对手。
几个回合下来不仅没占到便宜，甚至被逼入到了绝境之中。
就在这时！
远在喷火龙山谷的喷火龙在电视中看到了小智等人的近况之后。
立刻就动身飞往了结晶塔所在的区域。
就在小智与皮卡丘即将遭遇险境之时。
喷火龙成功抵达！
喷火龙朝着小智点了点头。
小智也心领神会，翻身爬上了喷火龙的身上。
小智与喷火龙心念合一。
与诞生于未知图腾的炎帝展开了殊死搏斗。
在四面结晶的包围之下。
喷火龙在小智的指挥之中与炎帝互相纠缠。
但炎帝毕竟是炎帝！
虽说最开始利用飞行的优势取得了一定的领先。
可时间一长，实力上的差距是无法弥补的。
对方的一发神圣之火成功将喷火龙击落。
第一次与神交战。
最终是以喷火龙的落败收场。
愤怒的炎帝想要给予喷火龙致命一击，但清醒过来的小美命令前者住手并恳求其停止战斗。
最终的结果小美走出了房间，炎帝回到了小美的梦中。
而消失的秀力博士也回到了最初的遗迹。
要说这次的经历对谁的感触最大？
那自然是喷火龙。
就算在喷火龙山谷中已经是一人之下的实力了。
可面对炎帝这种甚至不算是神的神都无法战胜。
这让喷火龙再次陷入到了对力量的渴望中。
之后。
喷火龙便与小智道别继续返回喷火龙山谷进行修炼。
而小智也继续着自己的旅行。
【大吾：总感觉没看过瘾，这段大部分的过程都略过了，我总觉得有些可惜。喷火龙的救场还是很出彩的，面对炎帝也能发挥出自己的实力，可以说喷火龙已经得到了很大的成长。】
【米可利：这次我就勉强认同你的观点。
喷火龙确实很优秀，并且刚才的战斗也很令人惊艳，就是过程太少了，只有几个画面没看过瘾。】
【樱木博士：这个时候的小智喷火龙还没有变态，起码还属于是正常宝可梦的范畴，但在这种程度下能做到和炎帝五五开开已经很厉害了！要不是最后那次失误，说不定喷火龙还能坚持！】
【大叶：总感觉作为一名火系的训练家没有一只喷火龙，就和你们脱节了，等我伤好了，我也要去收服一只喷火龙！】
【电次：真有你的。大家说东你扯西，你还是好好养病吧，你的天王位置就由我来代替好了。】
【大叶：不行！我还指望着这份工资来还债呢！】
那你估计是指望不上了。
这句话电次没有说出口。
毕竟大叶现在的工资都是由他直接代领。
没办法，谁让他是临时的四天王呢！
毕竟是要发工资的，那发谁的工资不是发呢！
资本这一套可属实是让负责神奥联盟财政的悟松给玩明白了。
……
画面中——
此时的小智再次出发去旅行。
在这期间，喷火龙也时不时的会被小智召唤回来进行对战。
喷火龙表现出来的实力进步是肉眼可见的！
而在小智前往丰缘地区旅行之后。
这种状态依旧持续着。
寻找对战工厂所在地的小智一行人迷路了。
就在他们打算露营时，一只急冻鸟飞了过去，同时，一架飞机紧跟着急冻鸟。
随着飞机的爆炸，急冻鸟不见了。
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