十月初二，天顺帝朱祁镛下令军机处，组建四个和六部平级的新部门，
其一是，宗教部，
由礼部下面的僧录司、道录司?，改组建而成！
负责统一管理全国的道教、儒教、佛教、西洋天主教等教派。
同时负责收录各教派经典文学语录，为科举用书《大明新语》一书的编写提供素材。
由内阁阁臣工部尚书高谷，
转任宗教部，担任宗教部部长，为正二品，
升工部左侍郎王竑，为工部尚书，负责工部。
同时，命新科状元张釴，榜眼柯潜，两人佐之。
其二是，理藩院
由鸿胪寺?、提督四夷馆，组建而成。
理藩院负责人称为“管理院务大臣”，正二品，
由军机大臣吏部尚书王直，转任为理藩院大臣，原吏部左侍郎李贤升为吏部尚书，负责吏部。
同时提拔新科探花刘升，进士马文升，余子俊，三人佐之，
理藩院可以直接管理蒙古，辽东，西藏，新疆，陕西，云南，贵州，四川，广西，湖广九省之地，大明设置的各民族宣慰司，
对于各地宣慰司的行政建置、官员任免、立法、司法等等，拥有全权；
各地的宣慰司长官，都要向理藩院述职。
其三，是科学院，
主要负责研发，创新新技术，
同时负责科技发展规划编制、科研项目管理与实施、科技成果转化与奖励、科研平台建设与管理、产学研合作、知识产权管理、人才培养与交流、质量管理体系建设、科研保密管理、科普宣传等方面的工作。
由内阁阁臣刑部尚书陈循，
转任科学院，担任科学院院长，为正二品，
升刑部左侍郎江渊，为刑部尚书，负责刑部。
同时升原工部下面营缮所正九品的所丞蒯富，为科学院正三品左侍郎，具体负责。
现工部侍郎黎叔林，兼任科学院右侍郎，
共同管理科学院，以培养科技人才！
任命新科进士蒯祥，佐之！
其四，是发改部，
现主要负责大明的税制改革，
天津港、青岛港两地港口和船舶司的建设，
关税、商税的征收，
北方之地人丁、田亩的统计丈量，
西北马政、马市的开设等工作。
发改部，由首席军机大臣、内阁次辅、户部尚书彭时，担任部长，为正二品
军机大臣左、内阁阁臣，礼部左侍郎代行礼部尚书权的商洛，担任副部长，为正二品。
由户部左侍郎丘浚，户部郎中王佐，两人具体负责。
四部之中，发改部和理藩院，两部职权最重，
都由军机大臣担任部长，
宗教部和科学院，职权比较轻，但也同样重要，由内阁阁臣亲自坐镇。
剩下的本次新科进士，
除王越，徐廷章，秦纮三人可到重用，入兵部担任五品郎中之外，
剩下的进士，统统被安排进入六部，进行为期一年的实习观政。
至从，北方的大明天顺朝堂不仅人员得以充实，
而且士、农、工、商四大阶层的精英分子都充斥其中，还有道、佛、儒、墨，四门门徒群策群力，
真正实现了团结大明朝，大多数阶层之力，为北方大明天顺朝的崛起奠定了坚实的政治基础，更为即将进行的南方平乱提供了无限可能。
此时，北方大明天顺朝的政治格局初步成型。
中央，
皇权之下为，军机处，
军机处下面为内阁，军机处比内阁高半级。
内阁下面为，八部两院
分别为吏部，礼部，兵部，工部，刑部，户部，发改部，宗教部，科学院，理藩院。
八部两院为北方大明天顺朝政府的行政部门，
大理寺，督察院，通政寺，为政府的监督部门，
锦衣卫，探查司为北方大明天顺朝的特务机构。
行政部门和监督部门，为平级。
此外还有翰林院，国子监，太常寺，太仆寺，光禄寺，尚宝寺，太医院，钦天监，八个部门，
至于鸿胪寺已经并入理藩院。
六科则被探查司取代，直接对皇帝负责。
皇宫之内，则被精简为三处，
内侍处，只为皇帝服务，
詹事处，只为太子服务，
内务处，则为皇宫之内的妃嫔和皇子们服务，由皇后负责。
五军都督府不变。
地方，
总督，负责一省或者几省得军政大权，人员由皇帝直接任命，为正二品
三到五年，轮换一次。
总督以下，为一省巡抚，比总督低半级，为从二品，由皇帝任命，直接对皇帝负责，不受总督的节制。
主管一省之政务和地方上得守军。
和巡抚平级的是，一省总兵，负责一省之驻军，受皇帝和总督的双重指挥。
总督，巡抚，总兵，
三人就是地方上得最高长官，
巡抚，总督，总兵，
三人互相制衡，达到一种权利的平衡，以确保中央集权。
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