三月，王敦带兵行至芜湖，再度上书司马睿，要求惩办刁协。晋元帝司马睿一面命令刘隗、戴渊回师保卫建邺，一面下诏讨伐王敦。
王敦的突然起兵，给王导带来很大困难。他每天一早就带上兄弟子侄在皇宫门前请罪，以避免举族受诛。在周顗的极力保举下，司马睿任命王导为前锋大都督，同时命戴渊、周顗、王邃分别统军。他还命右将军周札与刘隗分别守卫建邺城的两个军事要塞——石头城和金城（今江苏南京东北，长江南岸处）。
此外，晋元帝司马睿还下诏命梁州刺史甘卓、广州刺史陶侃分领荆、江二州，从后方攻打王敦。然而当王敦进抵建邺时，周札却献上石头城投降。刁协、刘隗、戴渊等人接连发起反攻，最终以失败告终。
当王敦成功攻入建邺后，放兵四处劫掠。晋元帝司马睿无可奈何，只得派人转告王敦：“如果你没有忘掉朝廷的话，请马上息兵。你要有别的打算，我可以退居琅邪国为你让路。”
晋元帝司马睿见到败退回宫的刘隗、刁协，拉着他们的手，痛哭流涕。他亲自准备了马匹、人力，催促他们逃走。后来，刘隗投奔石勒；年迈的刁协在中途被人杀死。
不久，在建邺之外反对王敦起兵的各路州镇也陆续遭到失败，司马承、甘卓先后被杀，陶侃退回广州。
王敦控制朝政后，先后杀害戴渊、周顗等人，并随意进退内外群臣。他还把司马睿软禁在宫中，取消了人身自由。永昌元年（322年）四月，王敦退军还武昌，临行前又在建邺设置了留府，以控制朝廷。不久，王敦加领宁、益二州都督，并把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。在王敦看来，改朝换代只是时间早晚的问题。
面对王敦的控制与羞辱，晋元帝司马睿感到极度痛苦，心力交瘁，最终在永昌元年闰十一月己丑日（323年1月3日）病死在宫中，时年四十七岁，在位五年，谥号元皇帝（“谥法”称“始建国都曰元”），庙号中宗，安葬于建平陵。
钟离权的道力越加精纯，功行愈深，不仅能神游物外、变化身形，还能预知未来久远之事。
这日，钟离权正在石室内静炼元功，忽然心血一潮，便知祖师法旨到来，慌忙整肃衣冠，恭出洞外，只见半天之中，有赤鸟一双，飞堕山上，化为两位童子。
钟离权认得乃是祖师身边青、白二童，忙着上前唤道：“师弟们送祖师法旨来了。”二童笑着和他相见。
青童便说：“祖师命师兄可即去杭州一行。”
白童接说道：“什么事情，到了杭州自然知道。”
锺离权心中明白，又是十年前的老蛟龙未了一案。因而口称遵旨，并邀二位仙童入内，馈赠以本山所产的佳果，二位仙童欢跃称谢而去。
太极左宫真人钟离权更不怠慢，现成的装束，挂上佩剑，驾云而起，直至钱塘江头落下。
因为想到自己如此装扮，不方便打探消息，如果遇到老蛟龙的妻子，曾经二次相逢，或者还能记得，反而会使她事先预防，反为不美。
于是钟离权摇身一变，化作一个年老的女子，用缩地之法，走到杭州城内，先在各处游玩了一会。
此时杭州城已有一种谣言传说：从前被雷击碎的老蛟龙，还有一个妻子在世，预备要替他丈夫报仇，正在日夜用功，炼制一个大水桶。此水桶可装尽东海之水，待他修炼成功，便要出来为害民间。
谣言纷纷流传，妇孺皆知。钟离权听在耳中，随便拉住一人，问他这个谣言从何而来？
那人回答说：“老太太也是本地人呀，这等大事情，怎么还不晓得？如今杭州城内城外，人人知老蛟之妻替夫报仇。有钱人家都纷纷往外省搬迁，只剩穷苦人家，家中既没有甚丢不了的东西，也且要走也走不脱身，只好在此听天由命罢了。”
钟离权听了，又问道：“这老蛟之妻，自然也是一条雌蛟。他丈夫有那么大的本领，还弄得身化肉泥，性命不保。难道这雌蛟的道行，还比丈夫更高些儿？”
那人倒笑起来道：“从前老蛟龙造反，有天兵天将下凡剿灭。如今哪里有什么神人前来保护我们这些老百姓，凡人怎能晓得？就说从前之事，说是雷公天仙一起赶来，将老蛟龙击成肉酱的。可是一阵血雨，一场洪水，也够我们受的了。”
化身老太婆的钟离权听了这番话，沉吟了一会。
那人却唠唠叨叨，把古往今来之事说了一回。钟离权只得应着，因而问：“雌蛟作祟，他又不曾出过告示，发过号令，你们是怎么知道的？”
那人回答说：“这话也是有个来历。原因是那个雌蛟本身并不是蛟龙，乃是本城一个殷户何氏之女，叫春瑛小姐的。从前因受老蛟龙迷惑，结成了夫妇。后来老蛟龙死了，天兵又将他子女二人一起击毙。好好一个有福气的女子，便被害得家破人亡。她又在丈夫面前赌过咒，立过誓，答应替他报仇，所以又有今日之事。听说，他还有个舅母，再三劝他不要作此伤天害理之事。她却始终没有答应。他舅母倒是个好人。今年已是六十多岁的人了，亲自跑了出来，逐家逐户，劝他们早作防备，免得受洪水之灾。从此一传两、两传三的讲说开来。如今倒是没有一家不知道的了。但也有许多硬汉，偏说事近荒唐，决无此理，倒劝人不必相信。又有一位曾经做过大官的刘大人，硬说这位老妇造谣惑众，罪该万死。便去通知官府，派人来捉。幸而得左右邻舍大家动了公愤，说她是个好人，不该将功作罪，冤枉人家。大家出来一闹，那些县令大官也就没敢奈何她老人家了。”
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