就在晴生懵逼的时候，艾克西夫人梅德菲斯偷偷给晴生打来通讯。梅德菲斯警告晴生，如果增殖都市消灭了行星哥斯拉，那么增殖都市下一步就是用纳米金属侵蚀同化整个地球。听完梅德菲斯的警告，晴生经过权衡利弊，作出决断，阻止纳米金属吞噬同化地球。晴生操纵秃鹰战机，把枪口对着另外两架秃鹰战机，将它们击落。接着调转枪口，开始攻击增殖都市的控制中心。随着控制中心的毁灭，增殖都市停止运转。此时，通体橘红点缀黑色如同岩浆构成的行星哥斯拉苏醒了过来。
宛如岩浆巨兽的行星哥斯拉就像从地狱深处爬出来的恶魔一般，面容狰狞恐怖，令人毛骨悚然。当它开始积蓄力量准备发射荷电粒子炮时，原本蓝色的等离子能量光圈竟然变成了深紫色。紧接着，一道同样是深紫色的荷电粒子炮喷涌而出，如同一道毁灭之光，瞬间将增殖都市笼罩其中。
轰！伴随着荷电粒子炮的肆虐，爆炸声此起彼伏，增殖都市中的建筑和设施纷纷被摧毁，化为一片废墟。随着荷电粒子炮的释放，行星哥斯拉体内的能量得到了宣泄，身体温度开始逐渐下降。
当增殖都市最终被行星哥斯拉的荷电粒子炮彻底摧毁时，整个城市已经变成了一片荒芜的废墟。就连构建这座增殖都市的无数纳米金属也被荷电粒子炮湮灭，彻底消失。存在了两万年的增殖都市除了人类的记忆和荒凉的空地，再无存在过的证据。当行星哥斯拉身体里的能量被宣泄一空，行星哥斯拉也恢复到了最初的形态，仿佛什么都没有发生过。然而，可能是由于过高的温度对其身体组织造成了极大的损伤，行星哥斯拉在毁灭增殖都市后，再次陷入了沉睡之中。
或许它需要时间来恢复和积攒能量，又或许是为了养伤。但无论如何，人类针对行星哥斯拉的第二次作战以失败告终。
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