就在神性化身拖着昼天使进入时空通道的瞬间，时空通道像是有了自己的意识一般，自动关闭起来。
那原本闪烁着微弱光芒的通道口，在眨眼间就消失得无影无踪，仿佛从来没有出现过一样。
从雷遁神罚落下产生的爆炸结束到昼天使被神性化身拖进时空通道，这一切看似漫长，实则仅仅过去了几分钟而已。
然而，就在这短暂的几分钟里，NERV基地却经历了一场惊心动魄的变故。
由于基地系统在之前的战斗中受到了严重损坏，此时的NERV基地正忙于进行系统维修。
虽然他们能够监控到地面上的战况，但却无法对其进行干涉。
基地内的工作人员们焦急地注视着屏幕，眼睁睁地看着神性化身将昼天使带走，却无能为力。
不过，当神性化身拖着昼天使进入时空通道后，NERV基地的系统恢复正常，他们立刻做出了反应。
他们迅速派出后勤部队，前往战场收拾残局。这些后勤人员的任务不仅是回收失去动力的初号机，还要救援驾驶初号机的真嗣。
好险啊！真嗣一直都待在初号机的插入栓里，犹如被保护在一个坚不可摧的堡垒之中。
不仅如此，还有神性化身的庇护，这双重保护让他在宇智波光和宇智波泉与昼天使的激烈战斗中安然无恙，甚至连一根头发都没有伤到。
然而，碇源堂的脸色却异常难看。因为伴随着神性化身的介入，他依据《死海文书》中所记载的预言而精心策划的成神剧本遭到了严重的破坏。
在碇源堂原本的剧本中，第三使徒水天使和第四使徒昼天使都应该被真嗣驾驶的初号机成功击杀。
这样一来，真嗣就会因为这两场辉煌的胜利而成为人类的英雄，人类高层也会对 EVA 计划越发重视，进而加大对该计划的资源投入。
不仅如此，真嗣还将继续驾驶初号机去迎战那些陆续出现的使徒，通过与它们的殊死搏斗来锤炼自己的意志，最终促使初号机觉醒，达到碇源堂所期望的成神境界。
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