这个过程也没那么简单，是经历了十几年的酝酿才完成的。
当时的蒙古人普遍信仰佛教，秃黑鲁帖木儿一不小心创了个纪录，他是所有蒙古汗王里，第一个皈依伊斯兰教的。
东察合台汗国的贵族一看，也不得不选边站队，最后就带动十六万蒙古人集体皈依。
请注意，这十六万蒙古人是东察合台汗国的“大多数”，但不是全部。
因为当时秃黑鲁帖木儿控制的地盘还没那么大，他在统治区域内强迫其他宗教的教徒改变信仰，别人当然不会心甘情愿。
比如在阿力麻里（今伊犁霍城县一带），基督教有很大势力，而库车（阿克苏东部）等地更是佛教的天下。
阿力麻里曾经是察合台汗国的都城，长春真人丘处机就在阿力麻里吃过苹果，耶律楚材和马可波罗等人也都到过那里，一度繁盛无比，被称为“中亚乐园”。
这些地方的异教徒组织暴动，但被汗国正规军镇压，阿力麻里的基督徒或死或逃，从此不复存在。
伊斯兰教长组织了"库车伊斯兰教社团"，在军队的支持下拆毁佛教寺院，捣毁佛像，焚烧佛教经典文献，屠杀佛教徒。
后来秃黑鲁帖木儿的小儿子黑的儿火者继承了汗位，他以圣战的名义向哈剌火州、吐鲁番发动战争。
哈剌火州军民进行了顽强抵抗，但因为黑的儿火者汗事先派了很多间谍潜入城中，在城中进行策应,哈剌火州最终还是陷落了。
就因为哈剌火州的抵抗，事后黑的儿火者进行了报复，他将哈喇火州被定为重税区，居民被课以重税，并被强制放弃原来的信仰。
此事距今也就十几年时间，长期遭受压迫的哈剌火州人心未附，可说是面和心不和。因为汗国东部人口分散，仍以游牧为主，而且与主体有宗教方面的分歧，故而塞军一开始就没把这些散兵游勇当作主要打击目标。
既然人家主动投诚，蓝太平也就顺水推舟，欣然接受了。
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