经过数日不眠不休的努力，调查终于有了突破性进展。一名守卫在审讯中透露，案发前夜，他曾看到一个身形瘦削的黑衣人鬼鬼祟祟地在国库附近徘徊，但由于夜色昏暗，未能看清其面容。此外，锦衣卫还在国库附近发现了一处隐秘的暗道，推测贼人可能是通过此道潜入国库。
得到这一重要线索后，锦衣卫立即展开全城搜捕，重点排查那些身形瘦削、擅长夜行的人物。同时，对京城内外的各大客栈、酒楼进行监控，以防贼人藏匿其中。
然而，就在案件调查如火如荼之际，一个更加惊人的消息传来：被盗的财物中，有一部分竟出现在了京城黑市中，正以极低的价格出售。
得知此消息，朱祁镇震怒不已，他立即下令锦衣卫加大对黑市的监控力度，务必顺藤摸瓜，揪出幕后黑手。同时，他秘密召见了几位心腹大臣，商议对策。
“此事定有内奸，否则贼人如何能将财物运出国库，又如何在黑市中销赃？”朱祁镇目光冷峻，语气坚定，“我们必须找出这个内奸，彻底摧毁这个犯罪网络。”
几位大臣纷纷点头，表示同意。经过一番商议，他们决定采取双管齐下的策略：一方面，由锦衣卫继续深入调查，追查贼人的下落；另一方面，由户部秘密盘点国库剩余财物，查找是否有其他漏洞，同时加强国库的安保措施，防止类似事件再次发生。
经过数月的艰苦侦查，锦衣卫终于锁定了几个重点嫌疑人。其中，一名曾在户部任职的小官吏引起了他们的特别注意。此人平日里行为诡异，与京城的一些不法之徒有着千丝万缕的联系。更重要的是，案发后，他神秘失踪，下落不明。
为了尽快破案，朱祁镇决定亲自审讯嫌疑人。在锦衣卫的严密监控下，这名小官吏终于落网。面对皇帝的威严审问，他心理防线崩溃，最终供出了全部罪行。
原来，这名小官吏一直对户部侍郎的职位垂涎已久，但由于能力有限，始终未能如愿。于是，他心生邪念，勾结了一伙江湖盗贼，利用自己在户部的职务之便，暗中策划了这起震惊朝野的国库被盗案。
案发前夜，他趁夜色掩护，通过国库附近的暗道，将盗贼引入国库。盗贼们得手后，他又利用自己的关系网，将部分赃物在黑市中出售，以此换取巨额利润。
得知真相后，朱祁镇怒不可遏，立即下令将这名小官吏及其同伙押赴刑场，公开处决，以儆效尤。同时，他责令户部加强内部管理，完善国库安保制度，确保类似事件不再发生。
国库被盗案虽然最终得以告破，但其对大明王朝的影响却深远而复杂。一方面，案件的侦破展示了朝廷打击犯罪的决心和能力，增强了百姓对朝廷的信任和支持；另一方面，案件的曝光也暴露了朝廷在内部管理、安保措施等方面的漏洞和不足，引发了朝野上下对改革和加强制度建设的广泛讨论。
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