尽管修仙界一直秉持着共同探索、和谐发展的理念来对待玉简中的秘密，然而随着时间的推移以及各门派对于力量愈发迫切的追求，围绕着玉简秘密还是不可避免地滋生出了诸多纷争。
起初，纷争只是在学术层面悄然萌芽。不同门派的长老和学者们对于玉简中部分功法神通的解读出现了较大的分歧。比如，关于一种能同时融合多种属性灵力发动强力一击的神通，有的门派认为应当先以土灵力为根基，稳固灵力架构后再依次融入其他属性灵力，可另一些门派却坚称应以火灵力作为主导，凭借其爆发力来牵引其他灵力融合，双方各执一词，互不相让。学术研讨会上，常常因为这样的争论而气氛紧张，原本友好交流的场面逐渐被激烈的辩驳所取代，甚至有时会不欢而散，使得门派间原本融洽的关系出现了一丝不易察觉的裂痕。
而在法宝炼制方面，问题也愈发凸显出来。那些借鉴玉简秘密研制出的新型法宝，因其独特的功效和强大的威力，成为了各门派竞相追逐的对象。一些小门派觉得大门派仗着自身资源丰富、人才众多，在新型法宝的研制过程中占据了太多优势，将原本属于整个修仙界共享的知识据为己有，只想着壮大自身门派，对他们这些小门派的发展却不管不顾。于是，小门派联合起来，要求大门派公开法宝炼制的关键细节以及所涉及的玉简核心秘密，大门派自然不肯轻易应允，毕竟这也是他们耗费大力人力物力研究出来的成果，双方僵持不下，矛盾逐渐升级，私下里的摩擦也越来越多。
更有甚者，部分心怀不轨的势力盯上了那些尚未被完全解读出来的玉简秘密，妄图通过不正当的手段独占这些机密，进而掌控整个修仙界。有一个神秘的组织暗中派出高手，潜入那些对玉简研究较为深入的门派，偷窃记载着关键研究成果的典籍，甚至不惜对知晓重要秘密的修士下毒手，一时间，修仙界人心惶惶，各门派不得不加强戒备，增派人手守护自家的机密之所，往日祥和的氛围被打破，笼罩上了一层紧张与猜忌的阴霾。
在探索与玉简相关的上古遗迹时，纷争也同样激烈。一处据传藏有玉简中后续功法延伸内容的古老洞府现世，消息一经传出，各方势力蜂拥而至。原本应该有序合作、共同探索的场面并没有出现，反而是各门派为了争抢进入洞府的先机，在洞口就大打出手。各种神通法宝齐出，灵力光芒交织闪耀，震耳欲聋的轰鸣声回荡在山谷之间，不仅使得许多无辜的低阶修士受伤，还破坏了洞府周围不少的禁制与防护，导致洞府内原本稳定的灵力环境变得紊乱不堪，一些珍贵的线索和宝物也因此受到了损害，令众人惋惜不已。
面对这些愈演愈烈的纷争，修仙界的一些德高望重的前辈们心急如焚，他们多次出面召集各门派掌门进行协商调解，苦口婆心地劝说大家要以大局为重，莫要因一时的利益和意气之争，破坏了修仙界长久以来的和平与团结，重蹈上古仙魔的覆辙。然而，在巨大的利益诱惑和对力量的渴望面前，部分门派虽然表面上应和，可暗地里依旧我行我素，纷争依旧在暗中持续发酵，仿佛一颗随时可能引爆整个修仙界的炸弹，让所有人都忧心忡忡，却又一时找不到妥善解决的办法，只能眼睁睁地看着局势朝着越发糟糕的方向发展......
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