之后，斗争主义的科学家们研制了最新型的跨世界穿梭机，专门携带火种计划的全部资料。然后他们推举出了最勇敢的、意志最坚定的志愿者去验证这种微型文献飞船的安全可靠性。那两位勇士正巧也是一对热恋中的情侣，男性个体名为康乐，女性个体名为安宁。
为了适应长时间的跨世界旅行，康乐与安宁两人都接受了一定程度的仙子化改造。在拥有了远超常人的身体机能后，两人进入了新款的微型跨世界飞船，然后驾驶这艘承载着文明备份之希望的飞船穿越出了故乡宇宙......然后，他们俩就一去不复返了。
康乐、安宁两人在按计划进行了几次跨世界跳跃，跑出祖国的势力范围之后，突然发现他们丢失了故乡宇宙的坐标信息，很难在短时间内返回故乡宇宙了。然后，他们只能漫无目的地到处穿越，到处寻找故乡......
不知漫游了多少个千年，由于这艘微型文献飞船遭遇了一系列意外，康乐和安宁决定实施逃逸计划。于是，AI核心舱将两人的灵魂和身体数据都收集了起来，然后AI核心舱成功逃逸。
之后，AI核心舱带着两人的灵魂，摔在一个名为地球的星球上了。
......
在两位勇士失踪后，星花联合帝国的斗争派的科学家们在准备救援计划的同时，还费了老大劲儿才解决了微型跨世界飞船的可靠性问题。
然而，即将开始量产新型穿梭机的时候，那场大浩劫不期而至。
就在大多数和平派们再一次将自己的灵魂意识上传到精神网络的虚拟世界中，并快乐地玩游戏的时候，崩坏聚合体轰然入侵了他们的故乡宇宙以及临近的几个秩序宇宙。崩坏天灾横扫了星花文明的几个网络服务中枢，连入中枢服务器的个体都感染了崩坏。崩坏资讯集合体沿着星环联邦的信息网络快速传播，犹如病毒般疯狂蔓延。
短时间内，大部分自然人公民们被崩坏感染，开始攻击身边的一切，越来越多的舰队陷入了疯狂，一个又一个星系纷纷处于混战状态。
更可怕的是，大量的花仙子由于自身的防火墙系统的缺陷，也被崩坏感染了，然后这些超级战士开始了高效率的无差别杀戮。
危难关头，星花联邦的幸存者们展现出了极为团结的一面。他们立刻放下了一切分歧，无论是所剩不多的斗争派，还是依然占据90%以上席位的和平派，都展现出了大无畏的勇气，都参与了镇压崩坏怪物的战斗.......
幸亏还有将近四分之一的花仙子升级了数据网络防火墙。幸存的科学家们用元能技术这样的超凡能量技术升级了他们的防火墙，所以这部分花仙子没被感染。于是，她们成为了镇压崩坏之乱的中坚力量。
其中经过艰苦卓绝的战斗，故乡宇宙的崩坏之乱终于被平定。由于被崩坏意志感染的花仙子太多了，所以平乱过程非常艰难，且代价太过沉重！
投入战斗的斗争派人员绝大部分已经牺牲，幸存下来的和平派们也是万不存一；作为戡乱主力的花仙子们，在生产线持续补充个体的情况下，依然损失了80%以上的建制单位。
......
被崩坏之乱搞得元气大伤的星花文明还未缓过劲的时候，萨尔纳迦势力以及旧日支配者势力再度趁势入侵。它们几乎倾巢而来，企图给予虚弱的星花文明致命一击。
残存的自然人个体们已经是全民皆兵的状态。人们奋勇抵抗入侵者，但大多数人并不擅长战斗，而且人数太少，可操作的先进飞船严重不足。
自然人公民组成的国民军虽然拥有技术先进的舰队，但国民军终究还是寡不敌众。萨尔纳迦与旧日支配者组成的联军的规模实在是太庞大了，它们迅速攻入了星花联邦的故乡宇宙。
这部分最后残存的自然公民组成的最后一支国民军抵抗组织最终决定把各种备份资料输入各型穿梭机，打算让它们搭载着幸存的幼年个体逃离故乡宇宙。可惜为时已晚，敌军封锁了祖宗母星的所在星系的空间，从母星出发的各种穿梭机全部逃逸失败。然后，国民军残余部队把来不及逃离故乡宇宙的幼年个体们全部安置在祖宗母星的内核避难堡垒之后，向敌人发动了最后的冲击。
在临近的多个宇宙中力挽狂澜的花仙子军团赶到故乡宇宙之前，国民军全部牺牲。内核避难堡垒逃离失败，被敌人捕获。
萨尔纳迦与旧日支配者无视了花仙子部队的最终通牒，依然蛮横地摧毁了星花文明的祖宗母星。花之母星被灭星武器碾成游离原子态尘埃，避难核心舱的幼体们也惨遭不测。
......
它们以为胜局已定之时，姗姗来迟的数十支花仙子军团在肃清了敌人的阻碍后，终于进入了故乡宇宙。
然而敌人万万没想到，在星花联合帝国看似亡国灭种的文明濒临毁灭的绝境下，完全由花仙子组成的部队倒是越战越强，并且花仙子部队的规模越战越多！
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