在审讯过程中，孔褒、孔融和孔母竞相承担罪责，地方官难以决断，就上奏朝廷请示裁决。朝廷下诏，处决了孔褒。孔融因此事名声大振，清流名士将他与平原人陶丘洪、陈留人边让并称，称赞他们是青年一辈中的拔尖人物。
入仕司徒府
孔融出名后，州郡官府争着要聘请他做官，但他都推辞不就。直到司徒杨赐请他做司徒府掾属，他才接受，由此步入仕途。当时朝廷正在查处贪官污吏，孔融举报了很多朝中宦官的宗族亲友。尚书台不敢得罪宦官，就责怪孔融，孔融则依旧毫不避讳。
汉灵帝中平元年(184年)，河南尹何进即将升任大将军，时任太尉的杨赐，派孔融持名帖到何府致贺。由于何府门人未及时通报，孔融觉得受到怠慢，一怒之下夺回杨赐名帖，返回官署递交辞呈，自己免官而去。孔融此举让何进手下的官员非常恼火，一度打算派刺客追杀他。何进听取了谋士的建议，没有怪罪孔融，还举荐他到豫州刺史王允那里任职。中平二年，孔融被任命为侍御史，因与顶头上司御史中丞赵舍不和，不久即称病辞职。后来，孔融又历任司空掾、北军中侯，履职北军中侯三天，即升任虎贲中郎将。
主政北海国
永汉元年（189年），汉灵帝崩，少帝刘辩即位，宦党杀了何进，袁术灭了宦党，董卓率虎狼之师入主洛阳，废少帝刘辩，立陈留王刘协为献帝。由于孔融说话不合董卓心意，被转任议郎。不久董卓又授意太尉、司徒、司空“三府”联合举荐，让孔融到黄巾军闹得最厉害的青州北海国任国相。
初平元年（190年），三十八岁的孔融履新北海国。他招集士民，扩充军队，并联络附近各州郡，希望共同抵抗黄巾军。初平二年（191年），青州黄巾军首领张饶进攻冀州失利，率兵二十万欲回北海。孔融亲自领军迎敌，结果兵败，撤退到朱虚县（今山东临朐）。不久，黄巾军再犯北海，孔融兵败退守都昌（今山东昌邑）后，又遭黄巾军管亥部围困。被逼无奈之下，孔融派东莱太史慈向平原相刘备求救，刘备派兵三千为孔融解围。兴平元年（194年）因不敌黄巾军，孔融弃北海国，到了徐州。
再败失青州
兴平二年（195年），刘备上表举荐孔融兼任青州刺史。孔融回到青州北海，在北部边陲安营扎寨，希望背靠山东、外接辽东，能自立于一隅。建安元年（196年），袁绍派长子袁谭攻打青州。双方从春天打到夏天，孔融一方伤亡惨重，最终城池被攻陷。孔融只身潜逃，妻子和孩子都做了袁谭的俘虏。
结怨曹孟德
建安元年（196年），曹操迎汉献帝迁都许昌，招贤纳士、增兵屯田，开始“奉天子以令不臣”。孔融被征召到许都，任将作大匠，后迁任少府，位列“九卿”。
自此到建安十三年（208年），曹操逐步成长为北方霸主。孔融则成为许都清流名士之主，每逢朝会议事，很多公卿大夫挂名附议他的主张。因戒惧曹操的野心，孔融常常以偏激放宕的言辞嘲戏曹操。建安九年（204年）曹操攻屠邺城（今河北临漳），袁氏女子多被掳掠，孔融致信曹操，杜撰“武王伐纣，以妲己赐周公”典故，讥讽曹丕私自纳娶袁熙之妻甄氏。建安十二年（207年）曹操北征三郡乌丸[f]，孔融写信打趣曹操劳师袭远。同年曹操颁行禁酒令，孔融两次致信曹操表示反对，信中多有嘲戏、侮慢之辞。
曹操攻占邺城后，自任冀州牧，并留在那里发号施令，邺城遂变为新的政治文化中心，天子所在地许都成了陪衬。身在许都的孔融非常不满，上书天子请求以周礼之制，在京畿[jī]千里之内不允许封建诸侯，矛头直指曹操。曹操外表宽容忍让，内心非常气恼。光禄勋郗虑揣摩到曹操心事，于建安十二年上书弹劾孔融，要朝廷免去其少府之职，俩人矛盾激化。曹操以劝和为名，给孔融写信，警告他不要做拉帮结派、清谈非议朝政之徒。
丧命闹市口
建安十三年（208年），曹操撤销“三公”，自己出任丞相，任郗虑为御史大夫、孔融为太中大夫。退居闲职后，孔融“坐上客恒满，尊中酒不空”，依旧是宾客盈门。这让曹操非常忌惮，担心以孔融为首的清流派威胁到自己的王图霸业，于是授意郗虑和丞相府军谋祭酒路粹，罗织孔融罪名。
同年八月，路粹状告孔融，说他任北海相时招募军队，意图谋反；私下里会见东吴使者，讪谤朝廷；不着官服出入皇宫，违反朝廷礼仪；与平民祢衡互相吹捧、行为放荡，并宣扬“父母于子女无恩论”，大逆不道，应该处以极刑。曹操遂下令逮捕孔融，连同妻子儿女一并处死，弃尸街头。时年，孔融五十六岁。
辑录概况
《后汉书·孔融传》称孔融“所着诗、颂、碑文、论议、六言、策文、表、檄、教令、书记凡二十五篇”。《隋书·经籍志》、新旧《唐书》称有《孔融集》九卷、十卷。《宋史》未着录，可能在宋时其文集已散佚。明代人开始掇拾孔融诗文，出现多种辑本，其中张溥《汉魏六朝百三名家集》有《孔少府集》一卷，含残文共辑文三十七篇、诗八首。清代严可均《全后汉文》辑有孔融文存，《四库全书》集部别集有《孔北海集》一卷。当代，俞绍初《建安七子集》辑孔融文四十五篇、诗七首，吴云《建安七子校注》辑孔融文四十五篇、诗八首。
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