林默知道，仅凭一段模糊的视频和一份被删除的文档，无法扳倒张启明。他需要更直接的证据。他想起了苏晴的私人储物柜。一年过去了，柜子应该已经被清理，但他还是决定去试试。在废弃物品储藏室的一个角落，他果然找到了那个贴着苏晴名字的柜子。里面空空如也，只剩下一个被遗忘的U盘，藏在夹层的缝隙里。林默的心狂跳起来，他立刻将U盘带回自己的电脑前。U盘里只有一个文件，名为“我的日记”。这不是实验记录，而是苏晴的个人日记。里面详细记录了她发现“幽灵菌”后的兴奋与不安，以及张启明教授在得知她的发现后态度的巨变。日记的最后几页，字迹潦草而绝望：“……他想独吞这个成果，甚至想把它作为生化武器出售给境外机构……我拒绝了……他说我太天真……他毁了我的所有数据，还威胁我……如果我敢说出去，他会让我永远闭嘴……今天，他让我处理一份‘特殊样本’，我感觉不对劲，防护服好像被动了手脚……”看到这里，林默浑身冰凉。这已经不是简单的学术不端，而是叛国和谋杀。
林默打印了日记的关键页面，直接走进了张启明的办公室。张教授看到他，眼神中充满了警惕。“林默，你又想干什么？”“我想给您看样东西。”林默将日记拍在桌上。张启明的脸色瞬间变得惨白，他颤抖着手拿起那几页纸，只看了一眼，便瘫坐在椅子上。“不可能……这不可能……你怎么会找到这个？”“苏晴不会放过你的。”林默冷冷地说，“她的灵魂，就在实验室里，看着你做的一切。”张启明突然神经质地大笑起来：“灵魂？哈哈哈，你疯了！那只是细菌！巧合！”他嘴上强硬，但身体却不受控制地发抖。就在这时，他桌上的电脑屏幕突然自己亮了，上面清晰地显现出一张由无数菌落组成的、哭泣的女人的脸，眼睛的位置，正是两个不断扩大的气泡。“啊！”张启明发出一声凄厉的尖叫，他指着屏幕，惊恐地后退，结果被椅子绊倒，重重地摔在地上。
张启明的精神彻底崩溃了。他被送进了精神病院，嘴里不停地念叨着：“别找我……不是我……苏晴，我错了……”他向医生和警察坦白了一切：如何为了名利窃取苏晴的发现，如何在她拒绝合作后动了杀心，如何故意损坏她的防护服，并伪造了意外事故的现场。他的忏悔，让一年前的悬案终于真相大白。疾控中心内部掀起了一场巨大的震动。而那个“幽灵菌”的培养皿，在张启明被带走的那天，也发生了变化。那张悲伤的脸，表情似乎变得平静了许多。两个气泡“眼睛”不再闪烁，而是变得清澈透明，仿佛流尽了最后的泪水。林默知道，苏晴的怨念，终于得到了安息。她用自己的方式，完成了一场迟到的审判。
林默将那本日记和所有证据，正式上交给了有关部门。张启明受到了应有的法律制裁，而疾控中心也因此进行了内部整顿，加强了对科研伦理和安全的监管。一切似乎都恢复了正常。林默最后一次走进P3实验室，他走到了那个被隔离的培养皿前。皿中的菌落已经开始萎缩，那张人脸已经模糊不清，但依然能辨认出安详的轮廓。林默对着培养皿，轻声说：“苏晴，都结束了。谢谢你，也对不起，我们没能早点发现真相。”他仿佛看到，那张模糊的脸，嘴角微微上扬，像是在对他微笑。然后，整片菌落在一瞬间失去了所有光泽，变回了普通的、死去的微生物，连同那两个气泡，一起消散在琼脂中。什么都没有留下。
事件过后，林默被提拔为项目组长，负责研究苏晴留下的“幽灵菌”资料。他发现，这种微生物虽然具有强大的侵蚀性，但在特定条件下，也能分解剧毒物质，在环境治理上有着巨大的潜力。一个曾被用作杀人工具的发现，最终可能造福人类。林默觉得，这或许是苏晴留下的最后一份礼物。他时常会想起那个在培养皿中凝视他的灵魂，想起她无声的控诉和悲伤。他明白了，真正的恐怖并非来自鬼神，而是来自人性的贪婪与冷漠。而真正的力量，也并非来自怨念的复仇，而是来自对真相的坚守和对正义的渴望。在那个寂静的实验室里，一个年轻的生命虽然逝去，但她的回响，却以一种意想不到的方式，永远地改变了世界。林默继续着他的工作，他知道，他不仅在研究微生物，更是在守护一个灵魂最后的尊严。
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