数日后，城市中出现了一些举止怪异之人。他们眼神呆滞，逢人便问是否见过一个黑袍人。重案六组察觉到异样，开始调查。顺着线索，他们找到了一个地下研究所。所内摆放着各种奇怪的实验器材，还有一些关于精神控制的研究资料。
原来，黑袍人还有党羽企图延续他的计划。这些人抓来路人做实验，想要制造出一支听话的傀儡大军。季洁等人分散开来搜寻证据和解救被困者。李少成发现了一个密室入口，众人进入后，看到里面关着许多昏迷的市民。
就在他们解救市民之际，警报响起，敌人蜂拥而至。重案六组临危不惧，相互配合反击。江汉利用地形设置障碍阻挡敌人，田蕊协助季洁解救市民。李少成则与敌人正面交锋，为队友争取时间。
最终，他们成功捣毁了这个地下研究所，解救出所有被困市民。当最后一个市民被送上救护车时，季洁望着城市繁华的街景，心想：无论多么狡猾的恶势力都会被打败，重案六组会一直守护这座城市。
然而，没过多久，季洁在警局接到一个神秘电话。电话那头传来低沉的声音：“你们以为彻底消灭了我们？错了，我们早已渗透进城市的每个角落，下一次，整个城市都将沦陷。”季洁皱紧眉头，放下电话后立刻通知组员。
他们开始排查城市各个关键设施和人员密集区域。在调查港口时，发现一艘可疑船只。上船检查时，里面空无一人，但有一些奇怪的货物箱。正当他们打开一个箱子时，突然弹出一阵烟雾，众人晕倒。
等醒来时，发现身处一个封闭空间，周围全是电子设备。一个投影画面亮起，竟是之前的幕后主使模样：“欢迎来到我的新基地，这里就是你们的葬身之处。”就在这时，江汉发现脚下有通风口，他暗示队友。接着，他们合力撬开通风口，依次钻了进去。沿着通风管道爬行，意外找到了中控室。季洁冲进中控室关闭了所有安保系统，他们顺利逃离船只，并且在船上安置了炸药。随着一声巨响，敌人的这个据点被炸毁，城市暂时又恢复了安宁。
但季洁心里清楚，这短暂的安宁之下依然暗流涌动。几天后，城中出现一些莫名失踪的流浪汉案例。重案六组介入调查，顺着蛛丝马迹追踪到一个废弃的地铁站。地铁站里弥漫着一股腐臭与金属混合的味道。他们小心翼翼地深入，发现墙壁上刻满了之前见过的诡异符文。
突然，周围温度骤降，一群透明的幽灵状物体浮现。它们呼啸着冲向重案六组。江汉拿起特质喷雾朝着幽灵喷洒，发现有一定的驱散效果。季洁指挥大家边退边寻找根源。
在站台尽头，他们发现一个散发蓝光的水晶球，似乎是召唤这些幽灵的源头。李少成勇敢地冲上前去想要击碎水晶球，却被一股力量弹开。田蕊急中生智，用绝缘手套包裹石块砸向水晶球。水晶球破裂，幽灵瞬间消散。
正当他们以为危机解除时，季洁的手机响了，是老郑打来的，说城里多处出现奇异现象，重案六组又要奔赴新的战场，继续守护城市。
重案六组兵分几路去处理各处突发的奇异现象。季洁和江汉一组，来到一处商场，里面灯光闪烁不定，顾客们惊慌失措地往外跑。他们走进商场，感觉一股寒意扑面而来。江汉发现电梯处有异常，两人走近时，电梯门突然打开，喷出一股黑色雾气，里面隐隐有身影晃动。季洁拿出手枪警戒，江汉用强光手电筒照射，雾中的身影发出痛苦的嘶吼。他们发现这些身影是被怨念附身的人偶模特。
与此同时，李少成和田蕊那边赶到公园，公园里湖水无故沸腾，树木疯狂摇晃。他们在湖边发现一个隐藏的洞口，正欲探查时，突然窜出几只浑身冒火的动物向他们扑来。田蕊捡起石头击打，李少成则脱下外套扑打火苗。
两组人各自奋战，虽艰难但毫不退缩。最终季洁和江汉将人偶模特身上的怨念驱散，商场恢复正常；李少成和田蕊也制服了着火的动物，堵住了洞口。他们会合后，明白敌人的手段越发多样，但他们守护城市的决心不会动摇，准备随时迎接下一轮挑战。
几天后，城市又恢复了平静。重案六组难得有空闲聚在一起喝咖啡聊天。突然，警局警报大作，季洁放下咖啡杯第一个冲了回去。原来是监控显示城市各个路口出现大量戴面具的人，他们行动整齐划一，向着市中心聚集。
重案六组赶到现场，那些人站在那里一动不动。季洁上前交涉，可无人回应。突然，他们同时举起手，一道无形的力量波冲向人群。季洁大喊：“散开！”众人及时躲避。江汉发现这些人的脚底连着电线通往地下。
他们顺着电线找到一个地下配电室，里面有一台大型机器正在发射信号控制那些面具人。李少成想破坏机器，却触发了防护电网。田蕊观察后发现电网有一处频率较弱，江汉用工具干扰频率，季洁趁机冲进去关停了机器。
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