虽然罪犯已被抓获，但季洁总感觉事情有些蹊跷。回局里的路上，她一直沉默不语。到了警局后，她重新查看所有证据，发现一些文件加密方式极为复杂，像是另有隐情。经过技术人员努力破解，发现这个跨国集团背后似乎还有更大的势力在操纵，只是目前还毫无头绪。
几天后，季洁收到一封匿名信，信中只有一句话：“真正的危险还在暗处。”这让她神经紧绷。季洁决定从之前案件中的那些企业入手重新调查。她带着组员走访各个企业高层及其员工家属，经过大量排查，终于发现一条可疑线索。一家企业的前任高管莫名失踪，而他曾经接触过类似的危险品研究项目。
沿着这条线索深挖下去，季洁发现这个失踪的高管被一个神秘组织胁迫，利用他的知识参与到恐怖计划当中。季洁发誓一定要找出这个神秘组织，彻底消除隐患，保护城市安全。她再次踏上充满未知危险的追查之旅。
季洁顺着线索追踪到一个偏僻的海边仓库。夜晚海风呼啸，海浪不断拍打着岸边。季洁带领组员小心靠近。仓库外看似无人看守，但她直觉这是假象。
进入仓库后，里面摆满了各种奇怪的仪器和尚未开封的危险品箱。突然，灯光亮起，一群身着黑衣戴着面具的人出现在四周。季洁握紧手枪，警惕地盯着他们。
为首之人发出一阵大笑：“你们以为能轻易破坏我们的计划？”季洁冷笑回应：“你们的阴谋不会得逞。”双方僵持之时，季洁发现旁边有个控制开关，她佯装不经意地靠近。
当离得足够近时，她猛扑过去按下开关，仓库里瞬间警铃大作，这是她提前设置好的与警局相连的紧急报警系统。黑衣人阵脚大乱，季洁趁机带领组员发动攻击。
一番激烈搏斗后，黑衣人逐渐不敌。这时支援警察赶到，将剩下的黑衣人一网打尽。季洁长舒一口气，她知道这次是真的阻止了背后神秘组织的阴谋，城市的安宁得以保全。
季洁回到警局，大家都松了一口气。然而，季洁却高兴不起来，她总觉得这件事还有些尾巴没处理干净。这天，她在整理案件资料时，发现一份不起眼的文件里提到了一个地址。出于职业敏感，她决定前往查看。
到达那个地址后，是一个普通的民居。她敲门没人应答，于是小心撬开门进去。屋内弥漫着一股淡淡的腐臭味，墙上贴满了各种关于危险物品和重案六组的剪报。季洁意识到这里可能是某个涉案人员的住所。
在卧室的床下，她发现了一本日记，上面记载了一些关于神秘组织招募人员以及他们下一步计划的隐晦提示。季洁眉头紧皱，她知道这是新的线索。正要离开时，门口突然传来一阵脚步声。季洁躲在门后，待来人进屋，她迅速出击将其制服。原来是一个小喽啰前来销毁证据的。季洁从他口中得知，虽然主谋已被抓，但仍有残余势力妄图重启计划。季洁决心要将这些余孽一网打尽，于是带着新的情报匆匆赶回警局。
回到警局后，季洁立马召集组员，将新获得的情报分享给大家。根据小喽啰透露的信息，他们锁定了几处可能是残余势力藏身之所的地点。
季洁带队突袭其中一处疑似据点。那是一个位于城郊废弃医院的地下层，阴暗潮湿，散发着刺鼻的药水味。他们谨慎地前进，突然听到一阵低沉的交谈声。季洁做出噤声手势，众人慢慢靠近声源。
只见一群人围着一张破旧桌子，桌上摊着城市地图，标满了各种标记。季洁大喝一声：“不许动！”众人迅速举枪对准那群人。残余分子惊慌失措，但仍有一人妄图反抗，刚伸手掏枪就被季洁一枪击中手臂。很快，他们被全部制服。
经审讯，确定这就是最后一批妄图重启计划的残余势力。至此，整个事件才算真正画上句号。季洁站在警局窗前，望着城市繁华的街道，心中满是欣慰，重案六组再次扞卫了城市的和平。
几天后，季洁像往常一样上班，却发现警局气氛有些不对。同事告诉她，城市里又发生了一系列离奇盗窃案，被盗的都是高科技公司，而且盗贼作案手法高超，几乎不留痕迹。季洁敏锐地感觉到此事不简单，主动请缨负责此案。
她开始调查被盗公司的共同点，发现它们都曾与之前案件中的企业有过业务往来。季洁推测这可能是某个旧势力卷土重来或者新势力崛起，想要获取高科技产品达到某种目的。
在勘查一个被盗现场时，季洁发现了一个微小的标志，似曾相识。经过回忆，她想起在之前某嫌犯的物品上见过类似符号。沿着这条线索深入追查，她发现一个新兴的黑客组织与盗窃案密切相关。
季洁带领组员展开抓捕行动，巧妙布局，最终在黑客组织的老巢将他们一举拿下。经审讯得知，他们受人指使，想窃取机密技术卖给国外买家。季洁成功破案，重案六组再次维护了城市的安定。
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