汪大尹见局势暂时稳定，派刑房官吏带领快手进入监牢检查，将所有兵器搜出，呈到堂前。看着这些凶器，汪大尹怒火中烧：“这些恶僧，犯下的奸恶之事已是罪大恶极，事到临头居然还敢谋反！若不是我早有防备，不仅我性命难保，满城百姓都要遭殃！今天若不将他们斩尽杀绝，如何能以儆效尤？”
他叫来快手，将搜出的刀斧分发给他们，下令道：“这些恶僧这次谋反虽然没有成功，但难保日后不会再生事端，实在难以防范。趁着他们今夜越狱，除了重要人犯留到明日审问，其余和尚，全部斩首，提首级来报！”
众人领命后，点起火把，冲进监牢。佛显见状，慌忙喊道：“谋反的事与我们无关！”话还没说完，便身首异处。片刻之间，一百多名和尚全部被斩杀，场面触目惊心。
第二天，汪大尹提审剩余囚犯，询问狱中为何会藏有大量兵器。囚犯们如实供出狱卒凌志等人收受钱财，私自放僧人回寺取兵器的事。汪大尹了解详情后，将相关人犯重新收监。可惜凌志等涉事狱卒在昨晚的混乱中已被杀死。汪大尹连夜准备文书，将整个事件详细上报，并下令将宝莲寺彻底烧毁。
他撰写的审判文书中写道：“经查，僧人佛显等人，深陷欲望泥潭，犯下滔天恶行。他们精心设计骗局，哄骗良家妇女到寺中祈求子嗣；暗中挖地道、设机关，强迫信女就范。妇女们被和尚抱住，还以为是菩萨显灵；难以抗拒时，只能无奈接受，幻想是罗汉入梦。这些无辜女子，遭受伤害却难以启齿。多亏李婉儿、张媚姐两位女子，用朱砂、墨汁标记下作恶和尚。如今，和尚们恶行败露，还藏刀剑于铺盖，在狱中发动暴乱，将慈悲之地变成了贼窝。他们奸淫妇女，犯下不可饶恕之罪；杀死狱卒、打伤民壮，更是罪无可赦。此次反狱事件，性质恶劣，必须严惩。佛显作为主犯，应碎尸万段；宝莲寺作为藏污纳垢之所，应焚烧殆尽。只有这样，才能肃清佛门乱象，还世间一个清净。”
这份审判文书一经传出，全城百姓争相传诵，无不拍手称快。那些曾经在宝莲寺求子并生下孩子的妇女，她们的丈夫得知真相后，纷纷拒绝承认孩子。大一点的孩子被赶出家门，小一点的则惨遭溺亡。许多妇女因羞愧难当，选择上吊自尽。经此一事，当地风气逐渐端正。
各省、州、府听闻此事后，纷纷发布告示，严禁妇女入寺烧香。这一禁令此后被多次强调，一直延续下来。汪大尹也因成功处理这起事件声名远扬，被朝廷提拔为监察御史。正如诗中所写：“子嗣原非可强求，况于入寺起淫偷。从今勘破鸳鸯梦，泾渭分源莫混流。”
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