他看向雷克和科学官们：“在莉莉苏醒之前，或者说，在我们找到新的方法之前，我们的任务就是让这座方舟重新强大起来，并将卡珊德拉留下的‘根须’，更隐蔽、更有效地播撒出去。”
目标依旧，道路却已不同。他们失去了疾风骤雨的利刃，转而需要成为耐心而坚韧的园丁，在绝望的土壤中，小心翼翼地培育着那微弱的反抗之火。
方舟之外，宇宙坟场重归死寂，但方才那场短暂而诡异的规则扰动，如同投入深水中的石子，其涟漪正向着“深渊”网络不可测的深处扩散而去。
而在那能量屏障之内，莉莉如同沉睡的冰雪公主，她的意识破碎沉浮于虚无，唯有胸口那一点几乎熄灭的“秩序之种”残光，还在以极其缓慢的频率，顽强地搏动。
余烬尚存，回响未绝。人类的抗争，以另一种形式，在这最终的避难所中，悄然延续。
希望如同风中的残烛，摇曳不定，却并未熄灭。莉莉的沉睡与方舟的创伤是沉重的打击，但战琦的发现——卡珊德拉留下的完整知识库与隐藏设施——为他们指明了在绝境中继续前行的方向。
接下来的日子（以“信使号”残存的计时系统计算），方舟“伊甸”内部如同一个从重创中缓慢复苏的生命体。战琦、雷克和两名科学官几乎不眠不休地投入了工作。
战琦成为了新的“园丁”。他大部分时间都停留在“根源古树”之下，通过蓝印与古树及方舟核心数据库深度连接。他不再试图强行催生，而是像一位耐心的学者，梳理、理解着卡珊德拉留下的浩如烟海的知识。他学习着那些关于规则本质、意识海结构、以及“深渊”网络拓扑的艰深理论，试图找到在不依赖莉莉“混沌潜能”的情况下，优化和培育“反制根须”的方法。
这个过程缓慢而痛苦。没有了莉莉那独特的适应性作为缓冲，卡珊德拉那冰冷、绝对的智慧直接冲刷着战琦的意识，好几次都差点让他精神过载，额间的蓝印也因此时常传来灼痛般的警告。但他坚持了下来，凭借着在无数次生死边缘磨练出的坚韧意志，一点一点地消化着这些远超人类文明巅峰的知识。
成果是显着的。在他的引导下，“根源古树”的活性开始缓慢恢复，虽然远未达到之前的水平，但已经能够重新启动对“隐匿型”和“信息伪装型”根须数据的优化编译。新的根须模型不再追求强力的净化，而是更侧重于极致的隐蔽、信息的伪装渗透，以及利用“深渊”网络自身规则漏洞进行“寄生”和“惰性化”污染。
雷克指挥官则承担起了“守卫者”与“工程师”的角色。他利用获得的权限，仔细检查了方舟的每一个角落，熟悉那些处于休眠状态的防御系统——主要是基于空间扭曲的偏转力场和针对低级别“深渊”造物的信息干扰器。他组织科学官，利用方舟内部尚能运作的纳米修复单元，一点点地修复破损的舱壁和能量管道，稳定内部环境。他甚至在那小片生态培养库中，尝试着激活了最基本的光合作用模块，看着那微弱的人造阳光照射在保存完好的植物种子上时，这位铁血军人眼中也闪过了一丝难以言喻的动容。这不仅仅是生存，这是文明的象征在死寂中倔强地存续。
科学官们则沉浸在数据的海洋里。他们分析着“混沌之光”与“清理者”相互作用后残留的规则畸变数据，虽然无法复制那恐怖的力量，但却从中提炼出了一些关于“深渊”规则稳定性的宝贵参数，为优化根须的“寄生”策略提供了关键依据。同时，他们也时刻监控着方舟外部的能量环境，警惕着任何风吹草动。
时间就在这种高度紧张却又按部就班的节奏中流逝。能源储备在缓慢消耗（维持在 25% 左右），方舟的创伤在一点点愈合，新的、更加隐蔽的“根须”原型正在古树内部逐渐成型。
莉莉依旧沉睡在能量屏障之后，生命体征维持在那个危险的临界值，没有任何苏醒的迹象。战琦每天都会在忙碌的间隙，来到平台边，静静地站上一会儿。他看着屏障内那张苍白而平静的脸，感受着她胸口那微弱却顽强的搏动，这成了支撑他坚持下去的重要动力之一。
然而，绝对的平静在这片被“深渊”笼罩的宇宙中是一种奢望。
就在他们初步完成第一代优化版“隐匿根须”的编译，正准备寻找一个低风险目标进行小规模测试时，负责外部监控的科学官发出了紧急报告！
“检测到异常空间波动！来源并非‘深渊’网络方向！方位：坟场边缘，坐标 Kappa-7！”
所有人的目光瞬间投向主屏幕。只见在远处那片漂浮着巨大星舰残骸的区域边缘，空间如同被投入石子的水面，荡漾开一圈圈不规则的、带着微弱蓝白色泽的涟漪！这波动与“深渊”那充满侵蚀性的暗红能量截然不同，带着一种……陌生的、甚至有些古老的秩序感！
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