在这场规模宏大的军事行动中，三路大军各司其职，协同作战。右路军在陆地上奋勇向前，目标直指独松关；左路军在海上乘风破浪，随时准备应对南宋水师的抵抗；中路军则在伯颜和阿塔海的亲自指挥下，与沿途的宋军展开激烈战斗。他们凭借着坚定的信念、顽强的意志和出色的军事素养，一路披荆斩棘，向着最终的目标——临安进发。
至元十三年正月，经过艰苦的行军与战斗，三路大军成功会师于皋亭山（今杭州北）。
此时的南宋，朝堂之上人心惶惶，一片混乱。面对如此危局，摄政太皇太后谢道清却显得异常冷静，她果断地拒绝了张世杰、文天祥提出的背城一战、以求存之策的请求。
谢道清深知，以南宋目前的实力，与强大的元朝军队正面交锋，无异于以卵击石。她不愿看到更多的百姓受苦，更不愿让南宋的江山社稷毁于一旦。于是，她当机立断，做出了一个艰难的决定。
一方面，她匆忙安排益王赵昰和广王赵昺向南逃亡，希望他们能够逃脱元军的追捕，为赵氏皇族保留一丝血脉。另一方面，她派遣使者前往元朝，请求投降，希望以此来换取南宋残存的喘息机会。
然而，丞相陈宜中却在这个关键时刻临阵脱逃，惶惶然逃往温州（今属浙江）。他的这一举动，使得南宋的朝堂更加动荡不安，人心惶惶。
张世杰、苏刘义等忠义之士，虽然心怀抗元之志，但见太皇太后已经投降，也感到心灰意冷，无心再战。他们各自率领所部离去，留下了一片凄凉的景象。
二月初五，在一片凄凉的氛围中，宋恭宗赵显率领百官在临安正式向元朝投降。伯颜拿到谢道清的手诏后，如获至宝，立即开始招降尚未归附的州县。
淮西制置使夏贵见大势已去，为了自保，毫不犹豫地举起了白旗，率领淮西之地投降了元朝。
然而，淮东制置使李庭芝却坚守着抗元的信念，坚持战斗至七月。但随着时间的推移，南宋流亡政权召李庭芝等人从海路南归。副将朱焕却在此时背叛，以城降元。李庭芝、姜才等虽奋力抵抗，但终因势单力孤，被俘杀，淮东之地尽被元军占领。
在江西战场，宋都带、李恒等元军将领攻势迅猛，他们先攻破隆兴府（今南昌），随后展开招降攻势，成功劝降十一城。紧接着，又在团湖坪（今江西万年西南团湖山下）、龙马坪（今江西进贤北军山湖畔）与宋军展开激烈战斗，凭借着出色的战术和强大的战斗力，先后击败宋军的抵抗。
至元十三年二月，宋都带和李恒指挥元军继续南下，接连攻破建昌军（今江西南城）、临江军（今江西清江西南）。吉、袁（今江西吉安、宜春）、赣（今属江西）等州见元军势大，纷纷投降，至此，江西全境被平定。
而在湖南战场，阿里海牙更是一马当先。至元十三年正月，他就成功攻破潭州（今长沙）。随后，他采用招抚与军事压力并行的策略，成功招降湖南未附州县，以及韶州（今广东韶关）、南雄（今属广东）等州，湖南也成功被元军平定。
至元十三年五月，在局势危急之下，陈宜中、张世杰、陆秀夫、文天祥等南宋大臣在福州拥立益王赵昰为帝，改元景炎。他们封广王赵昺为卫王，陈宜中被任命为左丞相兼枢密使、都督诸路军马；张世杰担任枢密副使；陆秀夫为签书枢密院事；文天祥为枢密使、同都督。随后，他们派遣将领向江西、两浙南部进军，试图继续顽强抵抗元军。
至元十三年六月，为了追歼南宋残部，忽必烈下令于鄂州、临安设立尚书省，下设诸路宣慰司，意图全面统筹南方的军事与政务。同时，他命诸路将帅继续向南推进，不遗余力地消灭南宋最后的抵抗力量。此时的张世杰，无奈之下，被迫带着赵昰和赵昺逃往海上。
至元十三年十一月，平章阿里海牙继续南下进军广西。在静江（今广西桂林），他遭遇了守将马暨的顽强抵抗。马暨凭借着静江坚固的城防，坚守不出。但阿里海牙并未气馁，他精心谋划，充分发挥元军的兵力和装备优势，经过一番苦战，成功击败马暨。随后，他派遣将领，迅速招降了广南西路大部州县。
至元十四年五月，文天祥在江西地区积极组织军事行动。他率领军队在江西各地进攻，各地义军见文天祥奋勇抗元，纷纷响应。一时间，文天祥的军队士气大振，成功收复了除赣州之外所辖九县，吉州的八县也恢复了大半。然而，好景不长，文天祥的军队毕竟势单力薄，加之元军的疯狂围剿，最终陷入孤立无援的境地，只能败退广东。在五坡岭（今广东海丰北），文天祥不幸被俘，他的抗元之路暂时遭受了重创。
至元十五年二月，元西川行院使不花率领重兵将重庆重重包围。经过艰苦的围城之战，城破之时，守将张珏被俘。随后，元军顺势征降夔州。又过了八个月，合州（今四川合川东）守将王立见大势已去，为保城中百姓免遭战火涂炭，以城降。至此，四川全境被元军平定。
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