像孙承宗这样的元老重臣固然要用，但像曹变蛟、左良玉，甚至将来李定国、卢象升这些人，只要他们功勋足够，忠诚不二，未尝不能成为内阁中的一员！
至于兵部，则保留其名，但其职权将仿照古制“大司马府”之权责，进行空前强化！ 统管全国的军政、军令、大规模军屯的推广与管理、军械的研发督造与储备、军法的制定与执行、以及各级军官学堂的设立与管理。兵部尚书，必须是他最信任的心腹重将或能力超卓的干臣，总揽全国军事行政大权。
他还规划了专门培养各级军官、统一军事思想的“武备总院”，以及专门负责研发新式军备、仿制乃至超越系统装备、确保大明未来在军事技术上能形成代差优势的“神机司”。
窗外的天色，已经由最初的鱼肚白，渐渐透出了金色的晨曦。朱由检写完这第一阶段关于军事核心和权力中枢重塑的初步构想，只觉得浑身像是散了架一般，疲惫到了极点，但他的双眼，却闪烁着一种前所未有的坚定与灼热的光芒。
他看着面前那张墨迹淋漓、充满了铁血与变革气息的黄绫，知道，这仅仅是一个开始。接下来，是如何为这庞大的战争机器和高度集权的体制，筹措到足够的、源源不断的金钱与资源……
他的目光，不由自主地投向了地图上山西、陕西以及江南那些富庶之地……那些盘踞其上的巨蠹、以及遍布天下的大小地主官僚们……他们，会“自愿”为大明的中兴，为他这位“神武皇帝”，献上他们的一切吗？
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