东京的夜幕被突如其来的暴雨撕裂，豆大的雨点如钢珠般砸在玻璃幕墙上，折射出诡异的紫光。灰原哀伫立在实验室中央，冷白的灯光在她苍白的脸上投下阴影，显得愈发冷峻。她纤细的指尖划过悬浮的全息屏幕，数十组数据如同困兽般疯狂跳动，在屏幕上划出凌乱的轨迹。三天前量子迷宫崩塌时残留的紫色代码，此刻竟在全球网络中编织出新的纹路，那些流动的线条如同某种未知生物的神经脉络，在数字世界中肆意蔓延。
“这些碎片正在自我修复。”灰原哀的声音带着一丝难以察觉的焦虑，她将检测报告推到众人面前。屏幕上闪烁的波形图显示，暗网深处的能量波动正以指数级增长，每一次跳动都像是黑暗中的心跳，预示着一场更大的危机。柯南凝视着报告上不断变化的数字，突然感觉胸前的侦探徽章微微发烫——这是自上次战斗后，徽章首次产生异常反应，仿佛在预警着即将到来的风暴。
与此同时，在东京湾海底深处，一座被海水包围的秘密实验室里，气氛压抑得令人窒息。一群身着黑色防护服的神秘人正在操作着泛着幽蓝光芒的量子设备，他们的动作机械而精准，宛如没有感情的傀儡。中央控制台的屏幕上，首领残留的意识碎片如同星火般明灭，某个形似六芒星的装置正在将紫色数据流导入海底光缆。“该启动第二阶段了。”为首的男人冷笑一声，他的声音通过变声器变得扭曲而诡异，按下手中的黑色遥控器，实验室的灯光骤然变得血红，仿佛预示着一场可怕的阴谋即将展开。
次日清晨，东京的天空被厚重的乌云笼罩，整个城市都被一种不安的氛围所笼罩。各大医院突然涌入大量昏迷患者，救护车的鸣笛声此起彼伏，划破了清晨的宁静。这些患者的症状如出一辙：手机屏幕残留紫色六芒星图案，如同恶魔的烙印；脑部CT显示海马体区域出现异常量子纠缠现象，仿佛他们的意识被某种神秘力量强行抽离。毛利侦探事务所的电话响个不停，目暮警官的声音带着难以掩饰的焦急：“柯南，这次的情况比上次更棘手，所有患者都处于深度意识昏迷状态，就像...”他顿了顿，声音变得沉重，“就像灵魂被抽离了一样。”
柯南与灰原哀迅速赶到医院，在急救室门口遇见了同样前来调查的安室透和赤井秀一。四人的表情凝重，眼神中充满警惕。透过观察窗，他们看见病床上的年轻女孩，她的面容平静却毫无生气，仿佛只是一具空壳。她的手机屏幕正不断循环播放着一段诡异的画面：扭曲的六芒星在紫色数据流中缓缓转动，背景音是断断续续的电子合成音，拼凑出类似“意识容器”的词汇，让人不寒而栗。
“这是新型意识攻击。”灰原哀迅速调出手机里的检测数据，她的手指在屏幕上快速滑动，眼神专注而严肃，“那些紫色代码正在将人类意识转化为数据，通过网络传输到某个未知终端。”说着，她突然掀开衣袖，脖颈处的紫色纹路再次浮现，如同一条苏醒的毒蛇，“我的身体能感知到这些代码的频率，它们...在召唤某种更强大的存在。这种感觉，比之前任何一次都要强烈。”
快斗伪装成医护人员潜入病房，他戴着特制的护目镜，镜片后的眼神锐利而警惕。护目镜实时解析着手机屏幕的数据流，当镜头对准六芒星图案时，镜片突然剧烈震动，浮现出首领模糊的虚影。“原来如此，”快斗低声自语，声音中带着一丝寒意，“这些昏迷者是用来构建新意识体的原材料。他们把人类当成了工具，真是不可饶恕！”他迅速甩出一张荧光扑克，标记下数据流的传输方向，准备为同伴们开辟一条道路。
追踪线索将众人引向东京郊外废弃的电子工厂。夜幕下，工厂宛如一座沉睡的巨兽，冷却塔闪烁着诡异的紫光，仿佛巨兽的眼睛在黑暗中窥视。空气中弥漫着电流的焦糊味，刺鼻而呛人，预示着这里充满了危险。柯南按下侦探徽章的通讯键，声音沉稳而坚定：“小心，这里的量子能量强度是上次的三倍。稍有不慎，我们就会陷入万劫不复之地。”
话音未落，地面突然裂开无数紫色纹路，如同恶魔的爪痕，将五人分隔开来。安室透与赤井秀一陷入由记忆构建的镜像空间，他们再次回到了警校时期的爆炸案现场。火焰熊熊燃烧，热浪扑面而来，但这次，火焰中浮现出首领的虚影，他的声音带着嘲讽：“沉溺在过去的人，永远无法看到未来。你们的痛苦，就是我的养料。”安室透举枪射击，子弹却穿过虚影，击中的只是不断重组的记忆碎片，仿佛他们的攻击在这个虚幻的世界里毫无作用。
快斗被困在由魔术卡牌组成的牢笼中，每张卡牌都映照着他与青子的过往：游乐园里的欢笑、星空下的约定、危机时刻的相互守护。首领的声音在四周回荡：“魔术师最擅长欺骗，但这次，你连自己都骗不了。你的软弱，就是你的致命伤。”快斗握紧手中的扑克，眼中闪过坚定的光芒：“真正的魔术，是创造奇迹。而我，绝不会被你打败！”他将所有卡牌抛向空中，在光芒炸裂的瞬间，找到了牢笼的破绽，成功撕开了一道逃生的缺口。
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