危机时刻，灰原哀的脑海中突然闪过母亲实验室的最后画面：年幼的自己触摸过一颗镶嵌在量子锁里的金色晶体，而那晶体的纹路，竟与此刻仪表盘上疯狂闪烁的警告符号完全一致。这个记忆如同黑暗中的萤火，给了她一丝希望。
与此同时，地球上的“希望灯塔”计划遭遇前所未有的困境。人类的意识能量在接触虚熵矩阵的瞬间，竟被转化为强化矩阵的燃料，仿佛他们的努力都在为敌人增添力量。但在绝望的深渊中，一位自闭症少年用绘画记录下他“看到”的圣树本源结构——那是超越十二面体的十三维拓扑形态。这个发现如同星火，点燃了全球科学家的灵感，他们紧急改造量子发射器，将意识能量编码成特殊的十三维震荡波，试图打破这死亡的牢笼。
在现实与虚数交织的战场上，柯南和灰原哀将少年的画作数据注入曙光方程式，结合记忆中母亲留下的量子密钥。金色光芒与暗紫色熵能激烈碰撞，如同光明与黑暗的终极对决。十二面体建筑开始出现逻辑矛盾的裂痕，那些坚不可摧的熵能结晶，在这股强大的力量下，逐渐变得脆弱。
当人类集体意识的十三维震荡波抵达战场，虚熵矩阵终于出现致命漏洞。量子圣树抓住机会，从根部释放出所有剩余生命力，金色洪流如开天辟地的巨斧，劈开了虚熵牢笼。耀眼的光芒照亮了整个战场，将邪恶的熵能驱散。
黑衣组织首领发出尖锐的嘶鸣，他的流体身体开始坍缩成黑色奇点。在被彻底湮灭前，他将最后一道虚熵意识注入量子圣树的核心：“就算矩阵崩塌，圣树的凋亡程序已经启动...你们的胜利，不过是更残酷终局的序章。”随着轰鸣，十二面体阵列化作宇宙尘埃，但灰原哀的监测仪显示，量子圣树的核心区域出现了无法修复的熵能黑洞，树汁的流动频率，正悄然指向零。
当方舟重返地球，米花市的天空虽然依旧明亮，却泛着病态的苍白。街道上，人们劫后余生，却也笼罩在新的恐惧之下。柯南望着量子圣树在星空中的投影，发现树冠上的平行世界正在以肉眼可见的速度消失，那些曾经的美好与希望，正在一点点消逝。灰原哀握紧母亲留下的量子密钥，上面浮现出从未见过的文字：“当希望的根系腐烂，唯有超越生死的观测，才能重启宇宙的呼吸。”而在宇宙最深处的维度裂缝中，那个与熵寂余烬产生纠缠的未知存在，终于睁开了布满星云的巨眼，新的危机，正在黑暗中悄然酝酿。
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