第二阶段的行动在绿星人首领的亲自指挥下展开。突击组由五十艘绿星人最先进的隐形突击舰组成，每艘舰上搭载着十名来自同盟各成员星系的精英战士，共计五百人。他们的任务是潜入暗影联盟的核心区域 ——“暗能星系”，找到并摧毁超级人造黑洞研发基地。暗能星系是暗影联盟的发源地，周围环绕着三层能量防御圈，配备了最先进的暗物质探测器和防御武器，潜入难度极大。
绿星人的隐形突击舰采用了最新的量子隐形技术，能完全屏蔽自身的能量信号和物理特征，在常规探测设备上如同不存在一般。突击组利用龙轩提供的暗影联盟防御部署图，小心翼翼地避开巡逻舰队和防御节点，从能量防御圈的薄弱环节潜入。当突击舰穿过最后一层防御圈，进入暗能星系时，所有队员都松了一口气，但随即又绷紧了神经，因为真正的挑战才刚刚开始。
暗能星系的主星是一颗巨大的黑色行星，表面覆盖着暗物质能量晶体，散发着令人窒息的威压。超级人造黑洞研发基地就建在这颗行星的北极区域，被一座巨大的暗物质能量罩保护着，能量罩表面流淌着黑色的能量流，不断吸收着周围的恒星能量。基地周围部署了大量的防御机器人和暗物质炮塔，戒备森严。
“根据卫星图像，研发基地的能量核心位于基地中央的主塔内。” 绿星人首领通过通讯器向突击组下达命令，“我们需要先摧毁能量罩的发生器，打开缺口，然后分三路进攻：东路小队负责摧毁防御机器人控制中心，西路小队负责破坏暗物质炮塔能源供应，中路小队随我直接进攻主塔，摧毁能量核心！”
突击组在距离研发基地五十公里的一处峡谷中降落，队员们穿上隐形作战服，徒步向基地潜行。隐形作战服能根据周围环境改变颜色，配合量子隐形技术，让队员们在敌人眼皮底下行动而不被发现。但基地周围的暗物质能量浓度极高，干扰了隐形作战服的能量供应，队员们必须尽快行动，否则隐形效果会消失。
东路小队首先抵达防御机器人控制中心外围。控制中心是一座圆形建筑，周围有二十名机器人守卫，它们的眼睛能发射暗物质探测射线，任何能量波动都逃不过它们的监测。“用电磁脉冲手雷！” 东路小队队长低声下令，两名队员悄悄绕到守卫后方，扔出两枚电磁脉冲手雷。手雷无声爆炸，释放出强烈的电磁脉冲，机器人的电路瞬间被烧毁，失去了行动能力。
队员们迅速进入控制中心，用定向炸药炸毁了中央的主控电脑。随着主控电脑的爆炸，基地内的防御机器人纷纷瘫痪，东路小队圆满完成任务，开始向中路小队靠拢。
西路小队的任务更加艰巨，暗物质炮塔的能源供应来自基地下方的地热能源站，需要穿过一条布满暗物质陷阱的通道才能到达。队员们小心翼翼地避开通道内的能量感应装置，用激光切割器打开能源站的大门。能源站内布满了复杂的管道和线路，队员们按照绿星人提供的图纸，找到了主能源管道，安装了定时炸弹。设定好时间后，西路小队迅速撤离，在他们离开通道的瞬间，炸弹爆炸，地热能源站被摧毁，基地周围的暗物质炮塔全部失去了动力。
中路小队在东路和西路小队的掩护下，顺利抵达能量罩发生器附近。发生器是三座高耸的黑色尖塔，不断向能量罩输送能量。“放置高爆炸弹，同时引爆！” 绿星人首领下令，队员们在三座尖塔底部安装了足量的高爆炸弹。随着一声令下，炸弹同时爆炸，尖塔轰然倒塌，研发基地的能量罩失去了能量供应，化作无数黑色碎片消散。
“能量罩已摧毁！各小队按计划进攻！” 绿星人首领大喊着，带领中路小队向主塔发起冲锋。基地内的暗影联盟士兵发现了突击组，立刻发起反击，暗物质能量枪的光束如雨点般射来。队员们依靠隐形作战服的掩护，躲避攻击的同时进行反击，激光步枪的光束与暗物质能量束在基地内交织，战斗异常激烈。
中路小队一路冲杀，突破敌人的层层防线，终于抵达主塔底部。主塔高达百米，由暗物质合金建造，大门紧闭，上面刻着复杂的能量符文。“用等离子切割器！” 绿星人首领喊道，队员们立刻上前，用等离子切割器切割大门。但大门的硬度远超想象，切割器只能在上面留下浅浅的痕迹。
“他们在启动自毁程序！” 一名队员发现主塔顶部的能量指示灯开始闪烁红色，大喊道，“我们必须尽快进去！” 绿星人首领当机立断，取出一枚绿星人的终极武器 ——“空间坍缩弹”：“这是我们最后的希望，能在局部空间产生坍缩，打开缺口！”
队员们迅速撤离到安全距离，绿星人首领启动空间坍缩弹，将其扔向主塔大门。炸弹在接触大门的瞬间爆炸，产生强烈的空间坍缩效应，大门被撕开一道巨大的缺口。“冲进去！” 绿星人首领带领队员们冲进主塔，沿着螺旋楼梯向顶层的能量核心冲去。
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